Strand Specific mRNA sequencing 之重要性与分析 发表评论 2,761 A+ 所属分类:Bioinformatics   收  藏 研究生物基因转录体的方法有许多种,而使用次代定序仪系统进行转录体定序是目前相当热门的一种方式,科学家们使用 RNA-seq 分析转录体表现主要期望能够获得三种重要信息: 1. 了解整个转录体构造.splicing 位置以及批注基因的功能. 2. 将所有转录体的表现量多寡定量. 3. 找出 alternative splicing 的可能…

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另…

一.从源代码文件到可执行文件         从C文件到可执行文件,一般来说需要两步,先将每个C文件编译成.o文件,再把多个.o文件和链接库一起链接成可执行文件.但具体来说,其实是分为四步,下面以example.c为例进行说明. #define MYINT int short addend1 = 1; static int addend2 = 2; const static long addend3 = 3; static MYINT g(MYINT x) { return x + addend…

  Gene Ontology(GO)是基因功能国际标准分类体系.GO富集分析是对差异基因等按GO分类,并对分类结果进行基于离散分布的显著性分析.错判率分析.富集度分析,得到与实验目的有显著联系的.低误判率的.靶向性的基因功能分类,该分类即导致样本性状差异的最重要的功能差别.在芯片的数据分析中,研究者可以找出哪些变化基因属于一个共同的GO功能分支,并用统计学方法检定结果是否具有统计学意义,从而得出变化基因主要参与了哪些生物功能. 1.      对mRNA进行显著性功能富集分析,得到具有显著性.…

1. 简介 因子分析是一种研究观测变量变动的共同原因和特殊原因, 从而达到简化变量结构目的的多元统计方法. 因子分析模型是主成分分析的推广, 也是利用降维的思想, 将复杂的原始变量归结为少数几个综合因子的一种多变量统计分析方法. 1.1 应用 寻求变量的基本结构, 简化变量系统. 用于分类, 根据因子得分值, 在因子轴所构成的空间中将变量或者样本进行分类 (能够分析样品间差异的原因). 1.2 类型 R型因子分析: 研究变量之间的相关关系. Q型因子分析: 研究样本之间的相关关系. 2. 因子分…

Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are gaining popularity. Several protocols and products are available for the library preparation step, and…

Near-optimal RNA-Seq quantification https://pachterlab.github.io/kallisto 文章标题:   Pseudoalignment for metagenomic read assignment   文章摘要:   We explore connections between metagenomic read assignment and the quantification of transcripts from RNA-Seq…

转载生信技能树 https://mp.weixin.qq.com/s/JB_329LCWqo5dY6MLawfEA TCGA数据源 - R包RTCGA的简单介绍 - 首先安装及加载包 - 指定任意基因从任意癌症里面获取芯片表达数据 - 绘制指定基因在不同癌症的表达量区别boxplot - 更多boxplot参数 - 指定任意基因从任意癌症里面获取测序表达数据 - 用全部的rnaseq的表达数据来做主成分分析 - 用5个基因在3个癌症的表达量做主成分分析 - 用突变数据做生存分析 - 多个基因在多…

Problem The 20 commonly occurring amino acids are abbreviated by using 20 letters from the English alphabet (all letters except for B, J, O, U, X, and Z). Protein strings are constructed from these 20 symbols. Henceforth, the term genetic string will…

核心能力素质模型数据库 1. 工作态度 通用 (1)热爱本职工作,对工作充满信心 (2)在没有明确的规定或领导指示的情况下,能够积极主动地承担职责范围内的各项工作,并能够积极地配合其他同事/部门工作 (3)工作态度认真负责,一丝不苟 (4)在特殊情况下,能够承受艰苦的工作条件,为工作牺牲一定的个人利益 (5)能够乐观地面对各种工作挑战,并勇于承担责任开拓创新通用   2.开拓创新 通用 (1)乐于接受有一定难度的任务,对有挑战性的工作感到兴奋 (2)主动要求新的任务和工作,为自己设定具有挑战性的…

featureCounts真的很厉害. 常见的参数(没什么好说的,毕竟是固定的): -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 关键是以下几个参数怎么设置: -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping meta-features -M # Multi-mapping reads will also be counted. --primary #…

为Web设计.实现和维护API不仅仅是一项挑战:对很多公司来说,这是一项势在必行的任务.本系列将带领读者走过一段旅程,从为API确定业务用例到设计方法论,解决实现难题,并从长远的角度看待在Web上维护公共API.沿途将会有对有影响力的人物的访谈,甚至还有API及相关主题的推荐阅读清单. 如今,API已经成为了每个重要信息技术趋势的核心内容.移动设计.云计算.物联网.大数据及社交网络等应用都依赖于一个基于web的界面与它们的分布式组件进行连接,为全球范围内的各个商业领域提供具有创新性和颠覆性的解决…

Spider,蜘蛛,又名网页网络爬虫.网络机器人,是按照一定策略不断抓取互联网网页的特定程序.蜘蛛抓回的页面创建索引后参与排名,等待用户检索.为了网站优化自然排名上首页,精灵儿工作室下面详细剖析Spider原理. 蜘蛛分类 目前网络上的蜘蛛根据其作用及特征主要可分4类:批量型蜘蛛.增量型蜘蛛.垂直型蜘蛛和Deep Web型蜘蛛. 1. 批量型蜘蛛 该类蜘蛛有确切的抓取范围和目标,一般是一次具体的任务而出发,用于批量采集指定的数据项,达到预定目标后就会停止.数据采集工具或程序,就是这类蜘蛛. 2.…

原创博文,转载请注明出处!本文代码的github地址    博客索引地址 1.数据集 数据集使用sklearn自带的手写数字识别数据集mnist,通过函数datasets导入.mnist共1797个样本,8*8个特征,标签为0~9十个数字. ### 载入数据 from sklearn import datasets # 载入数据集 digits = datasets.load_digits() # 载入mnist数据集 print(digits.data.shape) # 打印输入空间维度 pr…

elk日志收集工具 1.日志在工作当中的重要性             1 分析日志的意义: 2 1.分析日志监控系统运行的状态 3 2.分析日志来定位程序的bug 4 3.分析日志监控网站访问流量 5 4.分析日志可以知道那些sql语句需要优化 6   ...     2.使用MySQL数据库做查询可不可行             1 1.mysql查询的方式是全表扫描,用时长,效率不高 2 ​     3.收集日志工具分类             1 1.日志易:监控.审计.权限管理,收费软…

摘要:在模型的开发过程中,精度达不到预期常常让人头疼.为了帮助用户解决模型调试调优的问题,我们为MindSpore量身定做了可视化调试调优组件:MindInsight. 本文分享自华为云社区<技术干货 | 模型优化精度.速度我全都要!MindSpore模型精度调优实战(二)>,原文作者:HWCloudAI . 引言: 在模型的开发过程中,精度达不到预期常常让人头疼.为了帮助用户解决模型调试调优的问题,我们为MindSpore量身定做了可视化调试调优组件:MindInsight.我们还梳理了针对…

摘要:本文首先以现今分布式系统的复杂性和稳定性的需求引出混沌工程概念,并阐述了OpenChaos在传统混沌工程上的优化与创新. 背景 随着Serverless,微服务(含服务网格)与越来越多的容器化架构应用的出现,我们构建.交付与运维系统的方式变的越发复杂.这种复杂性增加了系统状态可观测性的难度.在已有的生产环境中,我们有不同的方式来获取信息,增强系统的可观测性.起始的时候,可能是非常简单的给定一个特定的条件,产生一个特定的指标输出.进一步的,使用结构化和关联日志,或进行分布式跟踪,引入事件总线…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

通常来说AAC的头信息在编解码过程中是可以获取到的,但今天需要根据音频参数生成相应的AAC头.项目中使用的是AAC_LC,今天先对它的结构进行分析. 项目中使用ffmpeg进行音频编码,音频编码库为FAAC,好吧,直接看代码吧. ffmpeg调用Faac_encode_init()初始化编码器:在Faac_encode_init()调用faacEncGetDecoderSpecificInfo()获取AAC_LC头信息内容及长度. ? 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13…

一些参考资料 http://www.360doc.com/content/17/0528/22/19913717_658086490.shtml https://www.cnblogs.com/triple-y/p/9338890.html 一.对miRNA进行分析  1.bowtie比对 "bowtie -q -v 2 -l 10 -k 15 /data/pub/shehb/Spinach_genome/spinach_genome_v1.fa "+fq+" -S &quo…

最近在做服务器的稳定性的相关测试,服务器的网络底层使用的是boost asio,然后自己做的二次封装以更好的满足需求. 服务器昨天晚上发现crash了一次,之前测试了将近半个多月,有一次是莫名的退出了,不过由于是新的测试服,忘记将ulimit -c进行修改了,所以没有coredump,这次又发生了. coredump如下: #0 0x0000000000000091 in ?? () #1 0x0000000000459729 in ClientHandler::HandleConnect(cp…

趁着周末,大好的日子,总结了一下外显子分析的思路(套路)…

题目是这样的: Observe that its base and height are both equal to , and the image is drawn using # symbols and spaces. The last line is not preceded by any spaces. Write a program that prints a staircase of size . Function Description Complete the staircase…

虽然不可能对庞大的日志文件进行逐条的阅读,但是在这些日志文件中,确实会包含一些非常重要的信息.例如,在什么时间.有哪些ip地址访问了网站中的什么资源,等等. 通过对日志文件的分析,可以获得如下信息. #1 分析网站用户的访问时间,总结出网站在那段时间的访问量最大. #2 判断ip地址的地域性,总结出网站经常被来自哪个区的人群访问. #3 检查被访问的资源名称,分析出网站的具体哪个内容最受欢迎. #4 检查用户访问的返回代码,分析出网站是否存在错误. 通过对日志文件分析可以获取到网站的一些访问信息…

很多企业在做BI项目时,一开始的目标都是想通过梳理管理逻辑,帮助企业搭建可视化管理模型与深化管理的精细度,及时发现企业经营管理中的问题. 但在项目实施和验收时,BI却变成了报表开发项目,而报表的需求往往和个人习惯有关,一旦人员发生变动,尤其是新入职的高层,会把前公司的内容搬过来,这就需要重新开发一大堆报表. 如果不从源头进行控制,被动服务模式下的IT不可能满足所有人的报表需求.接下来我们要讲的这个案例就真实反应了这个过程,同时也为大家解析问题产生的原因并找到解决问题的方法,建议所有有计划或已经实…

客户管理系统(CRM)是企业核心应用软件之一,对于提高企业业绩起着至关重要的作用,现在很多企业都在客户发展方面投入大量的资金,以求获得更好的回报. 关于CRM CRM是一个客户数据中心,在CRM中,你可以处理公司各部门与客户相关的各种细节,包括跟踪和管理每个与你的品牌.网站或产品有过互动的潜在客户和客户的旅程.这种模式适用于多种行业的业务场景:技术.业务服务.零售.银行.制造.安保.通信和媒体等. CRM为何重要 CRM系统之所以重要,是因为它收集.处理和管理所有与客户相关的信息.CRM系统通过…

原文地址:http://www.webkaka.com/blog/archives/how-to-set-Vary-Accept-Encoding-header.html 在webkaka的网站速度诊断性能优化里有一项叫指定“Vary:Accept-Encoding”标头,可能很多人不太明白这是什么意思,不知道它对网站的影响有多大,不知道如何进行优化,为此,本文将给大家阐述下“Vary:Accept-Encoding”标头的意义以及设置方法. 指定“Vary:Accept-Encoding”标头…

米尔Z-Turn Board 7Z010(20)板卡体验有感:IF"> FPGA的电源需求通常很复杂,因为FPGA有多达至少三种供电要求,为了实现可靠的系统性能,必须对这些要求排序. FPGA制造商常常要指定内核和I/O的上电顺序或跟踪该顺序.不指定上电顺序或不跟踪上电顺序所面临的后果是常常会对系统中的器件造成不可挽回的破坏.FPGA.PLD.DSP和微处理器通常在内核与I/O电源之间放置二极管作为ESD保护元件.如果电源违反了跟踪要求并超过了保护二极管的正向偏置,那么该器件就可能被损坏.…

参考:产品手册 PacBio三代全长转录组有什么优势? 近年来,随着高通量测序技术的发展,转录组测序已经成为研究基因表达调控的主要手段.但二代的转录本重构准确率很低,三代可以直接得到全长转录本,无需组装.可改善基因表达定量结果,发现新的基因和转录异构体,鉴定可变剪切及基因融合现象. Google第一个就是官网介绍,可以立马理解Iso-Seq的字面意思了. Iso-Seq 就是 isoform sequencing,中文就是同源异构体测序,其实也是一种 RNA 测序技术. The challeng…

万子惠 + 原创作品转载请注明出处 + <Linux内核分析>MOOC课程http://mooc.study.163.com/course/USTC-1000029000 实验部分 选择24号getuid /getuid/ #include <unistd.h> #include <stdio.h> int main() { pid_t uu; uu=getuid(); printf("uu = %d \n", uu); return 0; } 执行…