期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年9月) IF:3.78 (2018) 单位:巴塞尔大学,瑞士 物种:人细胞系 技术:冷冻电子显微镜(Cryo-EM),单粒子电子显微镜 一. 概述: 本文描述了一种“差异视觉蛋白质组学”(DVP)方法,在蛋白质组学层面研究不同样本间蛋白质和蛋白质复合体的结构变化.细胞裂解后,用无损方式制备成单粒子电子显微镜的上机样品,扫描成像.图像中的单个蛋白质粒子被提取出来,排列,归类,用定量分析法找到阴.阳性对照样品间蛋…

文献名:Down-Regulation of a Male-Specific H3K4 Demethylase, KDM5D, Impairs Cardiomyocyte Differentiation 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年12月 IF:3.78 单位:Shahid Beheshti医科大学等 一.概述: 除了决定性别,Y染色体上的基因充分表达对转录.翻译和蛋白质稳定性必不可少.本文作者观察到Y染色体上的KDM5D基因及其X染色体…

期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:德国Robert Koch 研究所 物种:多种 技术:新蛋白提取和酶解方法 一. 概述: 本文设计了一种仅需要三步——酸化,中和及酶解——就能完成蛋白提取和酶解的实验方法,命名为简单的蛋白提取和酶解法(SPEED).SPEED使用三氟乙酸(TFA)做裂解液,适用于不同类型的样本,包括难以裂解的样本类型.文章评估了SPEED方法对大肠杆菌,小鼠肝脏和金黄色葡萄球菌的效果,又将该方法与5种不同原理…

期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年10月) IF:3.78 单位: 里约热内卢联邦大学 坎皮纳斯州立大学 坎皮纳斯州立大学神经生物学中心 卡拉博大学 慕尼黑大学 物种:人类脑部眶额叶皮层组织 技术:iTRAQ标记非靶相对定量,SRM靶向相对定量   一. 概述: 该研究选取了12例精神分裂病人和8例对照健康人群的眶额叶皮层(OFC)组织,通过iTRAQ标记非靶相对定量以及SRM靶向相对定量,进行了组织细胞中线粒体,粗提细胞核以及细胞质三大类亚…

发表时间:(2019年4月) 一. 概述: 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法.作者通过激光捕获显微切割技术(LCM)从逝者大脑中分离出目的神经元细胞,接着尝试了一系列不同的样品收集方法,裂解液和酶解方法,最终从10 um厚,60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定到了稳定重复的1500蛋白.用此方法,作者从分出的贝兹细胞(Betz)和浦肯野细胞(Purkinje)分别得到了高度特异表达的2800-3600个蛋白. 二. 研究背景: 蛋白质组学研究通常需要毫克级…

期刊名:JPR 发表时间:(2019年12月) IF:3.780 单位:Grupo de Investigación de Reumatología (GIR), Unidad de Proteómica, INIBIC − Complejo Hospitalario Universitario de A Coruña, SERGAS, Universidad de A Coruña, A Coruña 15006, Spain 研究对象:风湿和自身免疫疾病 技术:文献挖掘   一.…

文献名:Lipidomics reveals similar changes in serum phospholipid signatures of overweight and obese paediatric subjects(用脂质组学方法揭示了超重和肥胖儿童血清磷脂水平的变化类似) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年7月 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00249 IF: 3.95 单位: 1. 阿威罗大学 2.…

文献名:iHPDM: In Silico Human Proteome Digestion Map with Proteolytic Peptide Analysis and Graphical Visualizations 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2019年12月) IF:3.86 单位: 资讯科学研究院,中央研究院,台湾 物种:人 技术:蛋白质组生物信息学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 在有关丢失蛋白(MP,m…

文献名:Proteomic and N-Terminomic TAILS Analyses of Human Alveolar Bone Proteins: Improved Protein Extraction Methodology and LysargiNase Digestion Strategies Increase Proteome Coverage and Missing Protein Identification(人类牙槽骨蛋白的蛋白质组学和n端分析:改进的蛋白质提取方法和Ly…

文献名:SAAVpedia: identification, functional annotation, and retrieval of single amino acid variants for proteogenomic interpretation(SAAVpedia:蛋白质基因组解释的单氨基酸突变的识别.功能注释和检索) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019年10月 IF:3.78 单位: 韩国基础科学研究所,生物融合分析研究中心 韩…

文献名:Proteomic Profiling of Rhabdomyosarcoma-Derived Exosomes Yield Insights into Their Functional Role in Paracrine Signaling(源于横纹肌肉瘤的外泌体的蛋白质组学分析用于深入了解其在旁分泌信号转导中的作用) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年8月) IF:3.78 单位: 黎巴嫩大学,黎巴嫩 贝鲁特美国大学儿童和青少年…

文献名:Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish (Danio rerio)(斑马鱼赖氨酸琥珀酰化的全球蛋白质组学分析(斑马鱼)) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年10月) IF:3.86 单位: 庆北国立大学 国立首尔科学技术大学 中国科学院上海药物研究所 物种:斑马鱼 技术:全蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究…

文献名:An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative proteomic assays of microbes(一种基于高通量的,自动的由细胞制备多肽的样品自动处理工作体系的微生物蛋白组定量实验) 期刊名:Journal of Proteome Research 影响因子:3.86 单位: 联合生物能源研究所,劳伦斯伯克利国家实验室,埃默里维尔,加利福尼…

文献名:Proteomic analysis of Rhizobium favelukesii LPU83 in response to acid stress.(酸胁迫下根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii)的蛋白质组学分析) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: 2019年10月 IF:3.78 单位:国立拉普拉塔大学,阿根廷 物种:根瘤菌LPU83(Rhizobium favelukesii) 技术:非标定量蛋白质组学(Lab…

题目:Clinically Applicable Deep Learning Algorithm Using Quantitative Proteomic Data 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:August 2, 2019 DOI:: 10.1021/acs.jproteome.9b00268 分享人:翁海玉 内容与观点: 本研究描述了一种优化的基于深度学习(DL)的胰腺癌诊断方法并测试了该方法的分类能力. 1.实验设计 1.1数据集构建:该方法使用…

Title: Single-Shot Capillary Zone Electrophoresis−Tandem Mass Spectrometry Produces over 4400 Phosphopeptide Identifications from a 220 ng Sample Journal: Journal of Proteome Research Published Date: June 10, 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00244 R…

题目:Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:June 28, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00965 分享人:张霞 内容与观点: 1. 文章研究概述 桑蚕是一种重要的经济昆虫,并作为鳞翅目模式昆虫用于基础研究.作者通过以往的研究发现,目前对于桑蚕的基因测序和组装研究已基本解决,在基因注释…

题目:Prediction of an Upper Limit for the Fraction of Interprotein Cross-Links in Large-Scale In Vivo Cross-Linking Studies 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:July 3, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.9b00189 作者及单位: Andrew Keller——Department of Genome S…

文献名:Quantifying Protein-Specific N-Glycome Profiles by Focused Protein and Immunoprecipitation Glycomics(聚焦和糖组学免疫沉淀法定量N-糖图谱) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:2019 Aug 2 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00232 IF: 4.173 单位: 1.日本札幌北海道大学医学研究生院胃肠和肝病学系 2.…

文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Proteome Res 发表时间: (2019年10月) IF:3.78 技术:宏蛋白质组综述   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 过去的十年中,宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据.尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据,但是对其功能的认识还不清楚,最重要的是,这些蛋白质分子…

文献名:Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schistosoma mansoni Pinpoints Secreted Proteins for Vaccine Development(从人类血吸虫曼氏血吸虫中富集的食道和肠道组织的定量蛋白质组学确定了用于疫苗开发的分泌蛋白) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:…

文献名:Mass Spectrometry-Compatible Subcellular Fractionation for Proteomics(质谱兼容的蛋白质组学的亚细胞分离) 期刊名:Jpornal of Proteome research 发表时间:(2020年1月) IF:4.173 单位: 熊本大学 京都大学 庆应大学 物种:人的细胞 技术:磷酸化蛋白质组学和蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究选取细胞进行免疫印迹法和间接免疫荧光法.Nano…

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙  质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan​ 1,2,*​ , Michael F. Moran​ 2,3 ​, and Bin Ma​ 1 单…

文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

文献名:Proteomics Analysis of Extracellular Matrix Remodeling During Zebrafish Heart Regeneration(斑马鱼心脏再生过程中胞外基质重塑的蛋白质组学分析) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 西班牙巴塞罗那再生医学中心 巴塞罗那生物材料和纳米医学网络生物医学研究中心 物种:斑马鱼 技术:非靶向蛋白组学   一. 概述: 本研究选取斑马鱼心脏不同再生时期的心室样本,通过所建立一…

文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 单位: 台湾桃园长庚大学医学院 台湾桃园林口长庚纪念医院 台湾台中国立中兴大学 物种:人唾液 技术:非靶向和靶向组学组学…

文献名:Utilization of the Proteome Data Deposited in SRMAtlas for Validating the Existence of the Human Missing Proteins in GPM(利用SRMAtlas中的已有的蛋白质组数据验证GPM中人类缺失蛋白的存在) 期刊名:journal of proteome 发表时间:2019.10.24 IF:3.780 单位: 1.日本Niigata大学 2.开罗Al-Azhar大学 物种:人类…