单细胞数据高级分析之构建成熟路径 | Identifying a maturation trajectory

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其实就是另一种形式的打分. 个人点评这种方法: 这篇文章发表在nature上,有点奇怪,个人感觉创新性和重要性还不够格,工具很多,但是本文基本都是自己开发的算法(毕竟satji就是搞统计出身的). 但是仔细看了代码之后,发现这些方法确实是有点artificial! 而且算法原创性不高,多半是基于现有的一些工具的二次开发. Identifying a maturation trajectory. To assign each cell a maturation score that is prop…

单细胞数据高级分析之初步降维和聚类 | Dimensionality reduction | Clustering

个人的一些碎碎念: 聚类,直觉就能想到kmeans聚类,另外还有一个hierarchical clustering,但是单细胞里面都用得不多,为什么?印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类.(10x就是先做PCA,再用kmeans聚类的) 鉴于单细胞的教程很多,也有不下于10种针对单细胞的聚类方法了. 降维往往是和聚类在一起的,所以似乎有点难以区分. PCA到底是降维.聚类还是可视化的方法,t-SNE呢? 其实稍微思考一下,PCA.t-SNE还有下面的diffusion…

单细胞数据高级分析之消除细胞周期因素 | Removal of cell cycle effect

The normalization method described above aims to reduce the effect of technical factors in scRNA-seq data (primarily, depth) from downstream analyses. However, heterogeneity in cell cycle stage, particularly among mitotic cells transitioning between…

PLUTO平台是由美林数据技术股份有限公司下属西安交大美林数据挖掘研究中心自主研发的一款基于云计算技术架构的数据挖掘产品，产品设计严格遵循国际数据挖掘标准CRISP-DM（跨行业数据挖掘过程标准），具备完备的数据准备、模型构建、模型评估、模型管理、海量数据处理和高纬数据可视化分析能力。

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