目录 1.准备本地数据库文件 1.1 NR库下载 1.2 Taxonomy数据库下载 2.按物种拆分NR库 2.1 第一步:获得Aceesson和分类物种的对应关系 2.2 第二步:获得分类物种的序列 2.3 第三步:建库和比对 1.准备本地数据库文件 NR(Non-Redundant Protein Sequence Database)非冗余蛋白库,是所有GenBank+EMBL+DDBJ+PDB中的非冗余蛋白序列.Taxonomy物种分类数据库,包括大于7万余个物种的名字和系谱,这些物种都至…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

目录 KEGG本地库文件 按物种拆分KEGG数据库 1.获得物种分类信息 2.获得物种分类的序列信息并建库 3.获得物种分类的K-ko对应文件 根据相似性原理,序列相似,功能相似,所有功能注释无非是用比对工具将输入序列比对到数据库序列,再将输入ID对应数据库ID,进一步对应到功能条目的关系. 数据库要么建到本地,要么联网调用API,一般的软件或包做注释都是通过联网来获得,或者调用依赖的一些专门注释的包(文件较大).工业生产中,一般需要构建本地数据库. 如果不对原始数据库按物种或其他分类来进行拆分…

目前有很多的数据库都存储了蛋白序列,比如NCBI Refseq, protein, swissprot 等,在各个数据库之间,或者是在某个数据库中,蛋白序列有大量冗余:为了方便使用,ncbi 构建了nr 库, 全称是 RefSeq non-redundant proteins: Non-redundant protein sequences from GenPept,  Swissprot, PIR, PDF, PDB, and NCBI RefSeq 完整的nr 数据库的蛋白序列和预先构建好的…

saiku数据库的表和用户默认创建是在启动项目的时候,通过初始化 saiku-beans.xml 中的 h2database 这个 bean 执行org.saiku.service.Database类的init方法来初始化数据表和默认用户的. 具体修改如下: 1/修改web.xml 中 数据连接配置信息 将数据库链接修改为本地mysql配置信息: <context-param> <param-name>db.url</param-name> <param-valu…

 1.将服务器上的Oracle数据库导入到本地 在CMD模式下执行以下命令:   exp username1/password@服务器端数据库 file=本地硬盘:/文件名.dmp   例如: exp admin/123123@DB file=e:db.dmp 2.建立本地数据库(默认已经安装Oracle客户端并且建立了本地数据库) 3.创建一个新用户,并赋予DBA权限  //创建一个用户名为test,口令(密码)为123456,默认表空间为users,并且该用户使用users表空间不受限制  …

如题:把远程的数据库对应表里的数据转移到本地数据数据库的对应表里 比如把192.168.188.160的DB的A表的数据转移到本地的DB的A表里 第一步:连接远程服务器前准备 exec sp_addlinkedsrvlogin 'LWServer ', 'false ',null, 'sa', 'kinginfo' --获取连接远程服务器的权限 exec sp_addlinkedserver 'LWServer', ' ', 'SQLOLEDB ', '192.168.188.160' --注册…

第一篇技术博客,写下来和大家分享今天所学,其次自己也巩固一下. 整个下午的时间用来钻研如何用cordova调用移动端本地SQLite数据库.首先我并不是用eclipse来编程的,而是用cordova建立project后直接用notepad编辑www下的index文件. 一.cordova的下载安装和建立project的方法 该部分不是文章重点,抽空另开一篇文章详细介绍.官网上有相关教程:http://cordova.apache.org/docs/en/5.0.0/guide_cli_index…

android使用Sqlite做本地存储非常常见(打个比方就像是浏览器要做本地存储使用LocalStorage,貌似不是很恰当,大概就是这个意思). SQLite 是一个软件库,实现了自给自足的.无服务器的.零配置的.事务性的 SQL 数据库引擎.SQLite 是在世界上最广泛部署的 SQL 数据库引擎.SQLite 源代码不受版权限制. 如果不是很熟悉Sqlite,建议花点时间看看鸟巢sqlite基础教程. 下面我们就开始学习一下在Xamarin android中如何使用Sqlite呢?首先我…

WebService访问oracle数据库本地调试-一步一个坑 上篇文章提到我们额数据库挂了,重装了数据库,然后呢我需要在本地调试WebService,看看那些数据结构缺失,迁移到新数据库中去.踩坑之路正式开始,当然这不是WebService这个项目埋下的坑,应该是每个使用oracle开发WebService要踩的坑,我踩过了,希望你看到后可以轻松过去. 我的连接字符串是这样的 <add name="oracle" connectionString="Data Sour…