3D Slicer Reconstruct CT/MRI 1. Load DCM file of your CT/MRI 2. Go to Volume Rendering, click the eye button to show volume 3. Go to Editor -> Threshold Effect -> Change Threshold (only include the head) -> Apply 4. Go to Editor - > Make Model…

在进行深度学习之前,我们需要图像进行一些预处理操作,其中配准是很重要的一环,以下将介绍使用软件3D Slicer来进行图像配准 3D Slicer是(1)一个软件平台,用以图像分析(包括配准和实时编辑),图像可视化以及图像引导治疗:(2)是一个免费.开源软件,并适用于Linux.MacOSX和windows操作系统:(3)拥有强大的可扩展性,可以通过模块嵌入方式来增加新的功能和应用.3D slicer的主要特征有:(1)适用于从头到脚的各个组织器官:(2)兼容MRI.CT.US(超声).核医学以…

在3D Slicer中,当我们导入.mha/.mhd等格式的volume文件后,那么我们就可以在Axial, Sagittal, Coronal三个方向来观察我们的MRI或者CT的图像了.3D Slicer界面提供了很多交互的功能,比如正上方就有一个滑动条slider,可以用来滑动切片观察,如果我们不想手动来滑动slider,而是通过事件触发,或者其他功能来触发时,那么我们就是要通过代码来对切片进行交互.Slicer的用户界面是Qt写的,所有我们能通过用户交互触发的功能,都可以通过代码来触发.我…

1.中值滤波概念 中值滤波是对一个滑动窗口内的诸像素灰度值排序,用其中值代替窗口中心象素的原来灰度值,它是一种非线性的图像平滑法,它对脉冲干扰级椒盐噪声的抑制效果好,在抑制随机噪声的同时能有效保护边缘少受模糊.中值滤波可以过滤尖峰脉冲.目的在于我们对于滤波后的数据更感兴趣.滤波后的数据保留的原图像的变化趋势,同时去除了尖峰脉冲对分析造成的影响. 以一维信号的中值滤波举例.对灰度序列80.120.90.200.100.110.70,如果按大小顺序排列,其结果为70.80.90.1000.110.1…

一.STL文件简介 STL(立体平版印刷术的缩写)是由3D Systems创建的立体平版印刷CAD软件原生的文件格式STL有“标准三角语言”和“标准镶嵌语言”等几个事后回溯.这种文件格式是由许多其他软件包支持的;它被广泛用于快速成型,3D打印和计算机辅助制造.STL文件只描述三维物体的表面几何图形,没有任何颜色,纹理或其他常见CAD模型属性的表示. STL格式指定了ASCII和二进制表示.二进制文件更常见,因为它们更紧凑. STL文件使用三维笛卡尔坐标系统,通过三角形的单位法线和顶点(按右手规则…

1.安装MatlabBridge插件 (1)在工具栏找到Extension,点击进入Extension Manager (2)找到MatlabBridge,安装 2.配置MATLAB环境 (1)在模块处找到Developer Tools——Matlab——Matlab Modules Generator (2)在Matlab executable处配置matlab.exe的路径(请确保计算机上安装有matlab,并且可以找到matlab.exe文件的位置):Matlab script direc…

3D Slicer在分割后三维重建的图像,效果很好,但是存在一定的不足,默认的颜色并不是很合适,这时手动设置三维视图下的需要的颜色就很有必要了.如下图所示,默认的三维重建后的颜色. 这样的颜色显然不是颅骨正常的颜色,需要设置颜色,设置步骤如下: (1)模块选择窗口——Segment Editor (2)点击图中1位置Logical Operators,点击2位置的颜色块 (3)得到下图所示窗口,选择Tissue(数字标签1)——Bone(数字标签2)——颜色设置位置(数字标签3)——确定即可 (…

1.数据获取 (1)下载3D Slicer自带的样本数据 (2)选择自由的数据 (3)网上数据库等其他方式下载数据 2.分割工具 Segment Editor是一个用于分割的模块.细分(也称为轮廓)描绘感兴趣的结构.一些工具模仿像Photoshop或者gimp这样的绘画界面,但是可以在三维数组体素上而不是二维像素上工作.改进module_editor模块后的新模块.编辑器包含许多相同的功能和更多新功能,包括:交替细分,2D和3D视图中的显示,每段可视化选项,3D视图编辑,通过在几个切片上插值或外…

1.打开数据与保存数据 (1)打开数据 ——可以将数据拖拽到3D Slicer应用窗口或者从菜单栏工具栏打开. ——多种方式加载大量数据. 有关DICOM数据,请参阅DICOM模块文档. 对于几乎所有其他(包括场景),您可以使用添加数据对话框. 有关支持的数据格式的列表,请参阅此列表. 请注意,仅部分支持列出的某些格式. ——对于一些更复杂的格式(特别是DWI),建议首先使用DICOM到nrrd转换器将DICOM数据转换为nrrd格式,然后将nrrd文件加载到Slicer中. 许多供应商正在使用…

3D Slicer是用于医学图像信息学,图像处理和三维可视化的开源软件平台. 通过国家卫生研究院和全球开发人员社区的支持,二十多年来,Slicer为医生,研究人员和公众提供了免费,强大的跨平台加工工具.在多种医疗应用中,包括孤独症,多发性硬化,系统性红斑狼疮,前列腺癌,精神分裂症,矫形生物力学,COPD,心血管疾病和神经外科应用. 3D Slicer作为1998年布里格姆妇女医院外科规划实验室和麻省理工学院人工智能实验室的硕士论文项目开始.3D Slicer版本2已经下载了几千次. 2007年,…