用blastn比对自己建立的数据库】的更多相关文章

自己感兴趣的一些序列作为数据库,然后用blastn把测序的read比对到自己建立的数据库中. 1.用fasta文件创建blast数据库 makeblastdb -in input_file -input_type type #输入的文件类型:String, `asn1_bin', `asn1_txt', `blastdb', `fasta' -dbtype molecule_type #要生成的数据库类型:String, `nucl', `prot' -title database_title…
第一步,打开PD15,找到[Database],如图所示: 第二步,点击新建按钮,创建一个新的ODBC连接. 第三步,这里选择系统数据源,并选择Oracle 第四步,这里需要注意,服务器需要写的是Oracle客户端配置的服务名,也就是PL/SQL连接时所用的名称.不是IP地址. 第5步,测试是否连接成功. 至此,建立了数据库的链接,可以断开,也可以连接,同时可用于数据库的正向工程和逆向工程. 逆向工程 File->Reverse Engineer-->DataBase 在DBMS中选择数据库类…
在EJB 2.x中.EJB有3种类型的Bean.各自是会话Bean(Session Bean).消息驱动Bean(Message-Driven Bean)和实体Bean(Entity Bean). 随着EJB 3的推出,EJB2.x中的实体Bean逐渐被JPA规范所替代,JPA不仅能在EJB环境中使用,并且能在Java SE.Java EE环境中使用.相对于EJB 2.x中的实体Bean,它的使用范围更广. 但这里我们仍然将其称做实体Bean.         与会话Bean和消息驱动Bean类…
上篇文章建立了一个空的网站.现在我们要准备正式我们的网站开发咯.那么开发的第一步是啥呢?当然是要确定做什么网站了.每个人的开发习惯可能不尽相同,有点可能是从前端开始设计,有的可能是从数据库开始设计(不得不说django在数据库操作方面是很强大的).我属于后者,因为我对前端不太熟悉,哈哈! 我要做一个公司内部团体订餐系统,方便统一订餐.功能需求很简单:公司每天要订餐,订餐每天定一家餐馆的菜. 我想到需要建立如下数据库表:餐馆(Restaurant).商品分类(Category).商品(good).…
来到公司的这段时间,在项目的开发过程中一直连接的是远程的oracle数据库,现在开始轮到自己做毕业设计了,自己想采用Oracle数据库,就想建立本地的数据库. 当然了,首先是自己先装Oracle客户端,我装的版本是Oracle10g.这个安装也是基本上不用设置什么的直接采取默认安装就可以了. 装好了oracle客户端后,接下来,就建立自己的数据库吧.点击开始->程序->Oracle- OraDb10g_home1->配置和移植工具->DatabaseConfiguration As…
最近在做一个关于云计算安全系统的项目,需要用到MySQL数据库,现在把建立数据库的步骤记录下来. 一.用命令在Ubuntu上安装MySQL # sudo apt-get update # sudo apt-get upgrade # sudo apt-get -f install 1. sudo apt-get install mysql-server 2. apt-get isntall mysql-client 3. sudo apt-get install libmysqlclient-d…
1.新建工程 2.建立类的文件夹DAL 3.建立相关类 [Student类] using System;using System.Collections.Generic;using System.Linq;using System.Text;using System.Threading.Tasks; namespace ETTest3{ public class Student { public int Id { get; set; } public string LastName { get;…
索引是快速搜索的关键.MySQL索引的建立对于MySQL的高效运行是很重要的.下面介绍几种常见的MySQL索引类型. 在数据库表中,对字段建立索引可以大大提高查询速度.假如我们创建了一个 mytable表: CREATE TABLE mytable(   ID INT NOT NULL,    username VARCHAR(16) NOT NULL  );   我们随机向里面插入了10000条记录,其中有一条:5555, admin. 在查找username="admin"的记录…
索引是快速搜索的关键.MySQL索引的建立对于MySQL的高效运行是很重要的.下面介绍几种常见的MySQL索引类型. 在数据库表中,对字段建立索引可以大大提高查询速度.假如我们创建了一个 mytable表: CREATE TABLE mytable(   ID INT NOT NULL,    username VARCHAR(16) NOT NULL  );   我们随机向里面插入了10000条记录,其中有一条:5555, admin. 在查找username="admin"的记录…
写在前面:索引对查询的速度有着至关重要的影响,理解索引也是进行数据库调优的起点.考虑如下情况,假设数据库中一个表有10^6条记录,DBMS的页面大小为4K,并存储100条记录.如果没有索引,查询将对整个表进行扫描,最坏的情况下,如果所有数据页都不在内存,需要读取10^4个页面,如果这10^4个页面在磁盘上随机分布,需要进行10^4次I/O,假设磁盘每次I/O时间为10ms(忽略数据传输时间),则总共需要100s(但实际上要好很多很多).如果对之建立B-Tree索引,则只需要进行log100(10…
学习Protel99 SE的第一步,是建立一个DDB文件,也就是说,使用protel99se进行电路图和PCB设计,以及其它的数据,都存放在一个统一的DDB数据库中的 一.打开protel 99se后,选择file菜单下的new菜单 第二步.选择新建的项目存放方式为DDB以及文件存放目录 第三步.新建好DDB文件后,就可以在Documents目录下创建SCH文件.PCB文件.PCB库.SCH元件库. 第四步.新建后SCH项目后,在默认的一个protel99se元件库中,可以选择元件放到电路图中了…
今天刚刚开通博客,想要把我这几天完成小任务的过程,记录下来.我从事软件开发的时间不到1年,写的不足之处,还请前辈们多多指教. 上周四也就是2016-04-14号上午,部门领导交给我一个小任务,概括来讲是根据Access(待拆分库,以下简称A)库中表a字段“分包序号”,在程序运行目录下建立以“序号“值命名的小库,a1,a2,a3,……,将A库中表a的数据根据“分包序号{”分组,分别插入到a1,a2,a3……各个小库下的a表中. 首先,我整理了下这个小任务的需求,分以下几步: 1)     确定在指…
这一系列操作需要powerDesigner,PL/SQL工具 1.首先使用powerDesigner建立概念模型 2.概念模型界面例子 3.其中建立概念模型操作图标详解 4.建立物理模型 5.生成数据字典 6.生成sql语句 7.进入pl/sql工具建立表空间,账户,给账户赋权限 8.将powerDesigner工具生成的sql文件用cmd执行 (1)用cmd连接oracle数据库,使用之前建立的账户和密码 (2)执行sql语句,直接在命令输入框中输入@,然后将sql文件拖入cmd中 出现一下界…
1)新建一个数据库 2)添加几个文件组 3)回到“常规”选项卡,添加数据库文件 看到用红色框框起来的地方没?上一步中建立的文件组在这里就用上了.再看后面的路径,我把每一个文件都单独放在不同的磁盘上,而且最好都是单独的放在不同的物理盘上,这样会大大提高数据的性能. 点击“确定”数据库就算创建完成了. 4)接下来要做的是建立一个分区行数,SQL语句如下:大家学习的时候最好不要直接COPY,动手把它抄一遍也好. 以下是代码片段: create partition function PartFuncFo…
基本是翻译官方教程 django-admin startproject mysite 创建工程的命令 来看一下django的结构图 manage.py 和工程交互的多种方式 inner mysilte 是需要import的包 init.py是定义这里是py 的package settings.py 设置 urls.py 声明? wsgi.py Web Server Gateway Interface python manger.py migrate 大概是配置吧 然后就是 python mana…
必备条件 要完成本演练,需要安装 Visual Studio 2010 或 Visual Studio 2012. 如果使用的是 Visual Studio 2010,还需要安装 NuGet. 1.创建应用程序 简单起见,我们将构建一个使用 Code First 执行数据访问的基本控制台应用程序. 打开 Visual Studio “文件”->“新建”->“项目…” 从左侧菜单中选择“Windows”和“控制台应用程序” 输入 CodeFirstNewDatabaseSample 作为名称 选…
以前在开发中一直使用IOS源生的数据库,通过传递消息的形式在与Unity3D中进行交互.本文我在详细说说如何使用C#语言来在MAC 操作系统下创建Unity本地数据库,我是C#控哇咔咔--- 首先你需要得到Mono.Data.Sqlite.dll 文件 与System.Data.dll文件.如果你在Mac 操作系统下使用Unity那么很悲剧,找不到这两个文件,至少我没能找到.后来我在Windows下的Unity安装路径中找到了它.为了方便大家我将这两个文件上传至网盘中,如果没有这两个文件的朋友请…
---恢复内容开始--- 1.确定主/从数据库地址; 2.将主数据库的database dump出来 windows平台用workbench; 其他可以参考: 这位同仁写的比较详细了.我就不谢了.打开以下网址: http://blog.csdn.net/thelastperfect/article/details/50788831…
MySQL的ini文件中的默认编码设置utf-8不用改 loose-default-character-set = utf-8 注意:需要改动部分 1.如图所示 建立schema时改变字符编码 改变为utf-8 建表时改变为utf-8 这样就ok了注意 jsp代码也需要为utf-8…
sqoop对hdfs导入导出怎么操作这里我就不多说了 现在说下sqoop导入导出时针对mysql后面用户手动创建的数据库导入到处遇到的问题 首先我这里搭建的是3节点集群 master slave1 slave2 我的sqoop  mysql安装在master节点上,在mysql里自己创建了tv,study数据库 tv数据库对应的表是channellog_count(这个数据量比较大)   study里面对应的表是djt_user(这个数据量小,来做测试用) 在运行sqoop的import 和 e…
现在我就开始进入学习之路的第二步——Data Access模块,这个模块是企业库中被使用频率最高的模块,它很好的封装了数据库操作应用,为我们进行多数据库系统开发提供了便利,只需更改配置文件就 可以很快的切换数据库访问(可惜还是要重写SQL语句,没法和ORM比). 下面是我在配置企业库的时候碰到问题,如果没有碰到可以略去不看(可能有点小白) 注意:此处切换数据库配置必须是计算机中已经安装好相应的数据库访问模块,如需要进 行从MS SQL向SQLite数据库的变更时,计算机中必须安装好SQLite数…
一般在安装目录下的data文件夹下,或者在C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.1\data(你的可能是C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\MySQL\MySQL Server 5.0\data)…
1.在服务器端建立新空间,方便封装库以及数据库的归档存放 服务器路径:\\192.168.1.234\Share\STG_LIB,文件夹内容如下,其中Datesheet存放物料数据手册,Pcb_Lib存放Allegro封装,Schematic_Lib存放Capture封装,STG_Datebase存放数据库文件. 2.构建Access数据库 1)打开Access软件,执行新建命令,弹出如下窗口.在右下角选择存放路径并设置文件名称,点击创建.(2007以上版本文件后缀为"accdb",2…
简介 之前也在linux下安装过oralce,可每次都是迷迷糊糊的,因为大脑一片空白,网上随便看见一个文档就直接复制,最后搞了乱七八糟,虽然装上了,却乱得很,现在记录下来,希望能给其他网上朋友遇到问题时提供点帮助,该篇文件借鉴大量网友的总结,首先谢谢他们! 安装环境 Linux 服务器: SuSe11-linux      64/32位 Oracle服务器: Oracle11gR2      64/32位 系统要求 内存: 必须高于1G的物理内存 交换空间: 一般为内存的2倍,例如:1G的内存可…
索引是对数据库表中一列或多列的值进行排序的一种结构,使用索引可快速访问数据库表中的特定信息. 什么是索引 数据库索引好比是一本书前面的目录,能加快数据库的查询速度. 例如这样一个查询:select * from table1 where id=44.如果没有索引,必须遍历整个表,直到ID等于44的这一行被找到为止:有了索引之后(必须是在ID这一列上建立的索引),直接在索引里面找44(也就是在ID这一列找),就可以得知这一行的位置,也就是找到了这一行.可见,索引是用来定位的. 第一,通过创建唯一性…
(01) 连接数据库 mysql -uroot -p 之后输入密码 ******.(由于我的密码设置的是111,所以输入的是111) (02) 退出数据库 exit (03) 查看数据库 show databases; (04) (重点) 建立数据库 create database test1; 如果想查看刚刚建立的数据库,依然输入create databases; 从8行到9行,多了一个刚刚建立的数据库 (05) 删除一个数据库 drop database test1; (06) 把数据库改名…
正式服务器中,为了安全.互不干扰,会给个DB库分配不同的账号,A库有ARead\AReadWrite\AOwn账号,B库有BRead\BReadWrite\BOwn账号.需要配置出来,甚至还能限制AReadUserTable只能对A库的User表读取权限. 以下操作有问题.不能完整实现需求!我抽空改 有UI操作和代码命令行操作2种. 需要区分好:账号.数据库角色.数据库用户等概念(参考https://www.cnblogs.com/xwdreamer/archive/2012/06/25/256…
简要说明一个基本概念:MongoDB中的三要素:数据库(database).集合(collection)和文档(document). 文档:类似于JSON对象,由字段(field)和值(value)组成的对构成 集合:文档的组合 数据库:集合的组合 安装.启动.连接 安装和启动的步骤见此MongoDB的安装与使用 安装MongoDB后,首先要启动MongoDB服务,在命令行运行MongoDB的bin目录下的"mongod.exe",这个是mongodb的守护程序(windows平台下)…
欢迎和大家交流技术相关问题:邮箱: jiangxinnju@163.com博客园地址: http://www.cnblogs.com/jiangxinnjuGitHub地址: https://github.com/jiangxincode知乎地址: https://www.zhihu.com/people/jiangxinnju 原作:陈敏  2008-05-21 熟悉IBM DB2 UDB的都知道,构筑DB2数据库对象的层次关系,既每台物理机器可以配置多个实例,而每个实例是一个独立的运行环境,…
先建立抽象数据库 from django.db import models class BaseModel(models.Model): """为模型类补充字段""" create_time = models.DateTimeField(auto_now_add=True, verbose_name="创建时间") update_time = models.DateTimeField(auto_now=True, verbos…