02 Transcribing DNA into RNA

Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi…

2. Transcribing DNA into RNA

1.Counting DNA Nucleotides

Problem A string is simply an ordered collection of symbols selected from some alphabet and formed into a word; the length of a string is the number of symbols that it contains. An example of a length 21 DNA string (whose alphabet contains the symbol…

DNA sequence open reading frames (ORFs) | DNA序列的开放阅读框ORF预测

常见的ORF预测工具 Open Reading Frame Finder- NCBI ORF Finder - SMS OrfPredictor - YSU 基本概念开放阅读框(英语:Open reading frame:缩写:ORF:其他译名:开放阅读框架.开放读架等)是指在给定的阅读框架中,不包含终止密码子的一串序列.这段序列是生物个体的基因组中,可能作为蛋白质编码序列的部分.基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间.由于一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式,因此可能同时存在许…

单细胞RNA测序技术之入门指南

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大中小 ] 时间:2018年09月12日来源:生物通编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA…

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生

解读生命密码的基本手段 ——DNA测序技术的前世今生任鲁风于军 (中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京基因组研究所) DNA(脱氧核糖核酸)和RNA(核糖核酸)是生命体的两种最基本组成物质,其序列的组成和变化造就了形形色色的生命世界.这两种承担了生命体遗传信息载体功能的物质,一方面在生命的不断繁衍中保持了各个物种的独特面目,另一方面又通过不断的演变改变着自身性状,同时又影响着与之相关的物种,这一规律在生命科学领域被归纳为“中心法则”.笼统而言,几乎全部的生命现象均来源于A.T.C.G…

RNA sequence单分子直测技术

生命组学按照功能分类遗传物质,可能的分类有系统流.操作流.平衡流等等.下面是使用该理论解释DNA与RNA的关系: DNA和RNA有很大不同,DNA存储遗传信息,作为生命活动的最内核物质,如同操作系统内核一样,因而被称为系统流.依据中心法则得到的翻译得到RNA,RNA再翻译成蛋白质,蛋白质用于生命活动,所以RNA是随着生命活动不断转移和改变的,故被称为操作流.为了满足不同生命活动的需要,RNA变得比DNA灵活许多.但是DNA作为遗传物质的内核,必须保证一定的稳定性,否则生物形态就不可能在一段时间…

SAGE|DNA微阵列|RNA-seq|lncRNA|scripture|tophat|cufflinks|NONCODE|MA|LOWESS|qualitile归一化|permutation test|SAM|FDR|The Bonferroni|Tukey's|BH|FWER|Holm's step-down|q-value|

生物信息学-基因表达分析为了丰富中心法则,研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面,其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法,方方面面是指lncRNA的位置特征. Background:根据中心法则,发现DNA与RNA与protein之间的关系,此时认为找到的RNA全部用于编码protein,但是实验结果中:非编码RNA含量高,而coding区只占很少的一部分.研究非编码RNA,发现noncoding与protein expression有关,所以总思路变成了研究n…

样本、文库、重复、lane、run - 二代测序原理及名词解释

参考: 独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) HiSeq2000测序原理.流程与仪器 NGS文库制备的方法比较[心得点评] 各种测序文库构建方式样本:就是待测的DNA.RNA或蛋白序列,样本来源单一的就是单样本,样本来源于多处就是多样本,一般我们测序用的样本都是单样本,但有时候有特殊需求,我们会把一些样本混合在一起测序,也就是多样本测序. 文库:二代三代读长都是有限的,为此我们必须将全长的序列打断成小片段的文库才能进行测序.总的来说,在NGS分析之前,制备RNA或DNA的主要步骤包括:…

stanford NLP学习笔记3：最小编辑距离（Minimum Edit Distance）

I. 最小编辑距离的定义最小编辑距离旨在定义两个字符串之间的相似度(word similarity).定义相似度可以用于拼写纠错,计算生物学上的序列比对,机器翻译,信息提取,语音识别等. 编辑距离就是指将一个字符串通过的包括插入(insertion),删除(deletion),替换(substitution)的编辑操作转变为另一个字符串所需的最少编辑次数.比如: 如果将编辑操作从字符放大到词,那就可以用于评估集齐翻译和语音识别的效果.比如: 还可以用于实体名称识别(named entity r…

ion torrent ion proton

https://www.youtube.com/watch?v=6Is3W7JkFp8 NGS 的视频说的不错一个做癌症的教授讲的 Ion Torrent™ next-generation sequencing Next-generation sequencing (NGS) utilizes massively parallel sequencing to generate thousands of megabases of sequence information per day, op…

Nanopore sensors for nucleic acid analysis 论文阅读笔记

Nanopore sensors for nucleic acid analysis Bala Murali Venkatesan and Rashid Bashir 用于核酸分析的纳米孔传感器纳米孔分析技术是使用电压使得分子通过一个在两电极之间的电解液中的纳米孔,监测当单个分子穿过纳米孔时离子电流如何变化的技术. 这个方法允许充电的聚合物(包括单链DNA.双链DNA和RNA)来在亚纳米级别被分析而且不需要标记和放大.最近的发展显示,基于纳米孔的传感器与第三代基因测序技术相比具有竞争性,而且很…

HDU 5590 ZYB's Biology 水题

ZYB's Biology Time Limit: 20 Sec Memory Limit: 256 MB 题目连接 http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=5590 Description ZYB(ZJ−267)在NOIP拿到600分之后开始虐生物题,他现在扔给你一道简单的生物题:给出一个DNA序列和一个RNA序列,问它们是否配对. DNA序列是仅由A,C,G,T组成的字符串,RNA序列是仅由A,C,G,U组成的字符串. DNA和RNA匹配当且仅当每…

HIV T2

甲学者将HIV病毒的遗传物质彻底水解后得到A.B.C三种化合物,乙学者将组成T2噬菌体的遗传物质彻底水解后得到了A.B.D三种化合物.你认为C.D两种化合物分别指的是 A．尿嘧啶.胸腺嘧啶 B．胸腺嘧啶.尿嘧啶 C．核糖.脱氧核糖 D．尿嘧啶.腺嘌呤答案: C [解析]HIV病毒的遗传物质是RNA,噬菌体病毒是DNA,RNA彻底水解的产物是磷酸.碱基.核糖,DNA水解的产物是碱基.磷酸和脱氧核糖,所以C.D分别为核糖和脱氧核糖,所以C选项正确.…

BestCoder Round #65 hdu5590(水题)

ZYB's Biology Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) Memory Limit: 131072/131072 K (Java/Others)Total Submission(s): 713 Accepted Submission(s): 522 Problem Description After getting 600 scores in NOIP ZYB(ZJ−267) begins to work with biological…

【bioinfo】生物信息学——代码遇见生物学的地方

注:从进入生信领域到现在,已经过去快8年了.生物信息学包含了我最喜欢的三门学科:生物学.计算机科学和数学.但是如果突然问起,什么是生物信息学,我还是无法给出一个让自己满意的答案.于是便有了这篇博客. 起源据说在1970年,荷兰科学家Paulien Hogeweg和Ben Hesper最早在荷兰语中创造了"bioinformatica"一词,英语中的"bioinformatics" 在1978年首次被使用.这两位科学家当时使用该词来表示: The study of…

全面解读第四代基因测序技术Oxford Nanopore--转载

纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术.目前测序长度可以达到150kb.这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一.单分子DNA从纳米孔通过:二.纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制:三.单核苷酸的测序精度控制.目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies(ONT)公司的MinION纳米孔测序仪.它的特点是单分子测序,测序读长长(超过150kb),测序速度快,测序数据实时监控,机器方便携带等.这篇综述重…

mismatch详解

mismatch到底只是一个碱基替换,还是也包括了插入缺失? If two sequences in an alignment share a common ancestor, mismatches can be interpreted as point mutations and gaps as indels (that is, insertion or deletion mutations) introduced in one or both lineages in the time sin…

biopython

转载Part 2 Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象…

PCR技术

qRT-PCR是指先由RNA进行反转录生成cDNA,然后以cDNA为模板进行检测,检测的是该cDNA的含量,而cDNA由特定的RNA逆转录而来,所以间接地检测了RNA的含量. 基因表达: 转录:DNA到RNA 翻译:RNA到氨基酸.蛋白一般认为RNA, mRNA的量和最后的蛋白量一致「不考虑转录后调控」: 当然目前绝大数研究基因表达的都是qPCR和WB一起来. 基因表达水平一定意义上就是转录水平,转录出来的RNA经反转录成cDNA,荧光定量PCR时经多次复制扩增,使得其含量到达一定值, 所以复…

Real-time qPCR So Easy?

Real-time qPCR So Easy? [2016-05-27] 实时荧光定量PCR技术是在定性RCR技术基础上发展起来的核酸定量技术,于1996年由美国Applied biosystems公司推出.是目前确定样本中DNA(或cDNA)拷贝数最敏感.最准确的方法.实时荧光定量PCR法最大的优点是克服了终点PCR法进入平台期或饱和期后定量的较大误差,实现DNA/RNA的精确定量.该技术具有灵敏度和特异性高.能实现多重反应.自动化程度高.无污染.实时和准确等特点,所以该技术从产生…

study design of ADNI

AD(Alzheimers disease):不可逆的神经退化,患病人员会由于脑部问题的恶化而导致心智功能不健全. ADNI:阿尔茨海默氏症神经成像项目 ADNI的总体目标是验证用于阿尔茨海默病临床治疗试验的生物标记物 Study Design 该研究支持关于减慢和停止AD的恶化进程的治疗方案的发展和研究.最终目标是确证在老年痴呆症的临床治疗中使用的生物指标(生物标记物) 通过研究来自多种形式的ADNI剖面的和纵向的数据已经得到的知识: AD病理在人们外表正常且没有记忆丢失的时候就已经出现,而…

ADNI以及study design简介

相关名词: MCI:轻度认知功能障碍 EMCI:早期认知障碍 MCI:轻度认知障碍 LMCI:晚期认知障碍 CN:认知正常的志愿者 DTI:doppler tissue imaging,多普勒组织显像,是一种描述大脑结构的新方法,是核磁共振成像(MRI)的特殊形式. 一.认识ADNI 1.ADNI主要用于早期发现与追踪阿尔茨海默病,同时提供一个平台,方便全球人员之间能够共享数据. 2.ADNI研究的总体目标: (1)在尽可能早的阶段(痴呆前)检测AD,并确定用生物标志物跟踪疾病进展的方法. (2…

hmm 软件的使用

1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例,简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas) hmmbuild: 用多重比对序列构建HMM模型:hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库: 步骤1:pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS.txt)如果没有就用多条参考序列进行多重比对,然后用hmmbuild构建模型(NOS基因为例)/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux…

fasta/fastq格式解读

1)知识简介--------------------------------------------------------1.1)测序质量值首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是质量值.phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值,这个质量值的计算与测序预期错误率相关(estimated probability of error): Phred Quality Score Probability of incorrect bas…

RNA-seq连特异性

RNA-seq连特异性 Oct 15, 2015 The strandness of RNA-seq analysis 前段时间一直在研究关于illumina TrueSeq stranded RNA-seq中的strand如何判断的问题.之后我又查了很多资料,终于弄懂了.现在写下来,如果我有错误,欢迎继续指正. 以下文字和图片的引用链接都已经给出,如果图片在邮件中无法显示,可以打开链接的. 先说结论:对于Illumina TrueSeq stranded RNA protocol,主要采用的是…

ChemDraw 16最新版本发布更效率科研的首选

ChemDraw一直是全球领先的科学绘图软件,致力于为科学家.教师以及学生提供最新的智能应用程序.ChemDraw 16版本相较于15版本做出了较大的改进,大大缩短科研时间,提高科研效率.扩展Name-to-Structure库, 完美兼容win10和Office 365.3D建模等. ChemDraw 16最新版体验地址:http://www.chemdraw.com.cn/xiazai.html ChemDraw 16主要有以下产品: ChemOffice Professional 16.0…