Entrez检索实例 - NCBI

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Entrez检索实例 - NCBI

题目:已知来豆荚斑驳病毒(bean pod mottle virus,BPMV)的名字,查询BPMV基因组信息.核酸序列信息.蛋白序列信息和结构信息解答: 1.直接搜索,点genome,即可看到病毒基因组信息 2.点击Nucleotide,即可查看相关核酸信息 3.点击Protein即可查看BPMV转录相关蛋白信息 4.结构数据库查询,点击Structure即可,可以查看晶体结构 5.下载FASTA格式序列…

pubmed检索完全攻略

第一章进入PubMed魔法学校--PubMed 概述有位退休的老教授不止一次的向我感叹:"你们现在真是幸福,我们那时候要查一篇相关的文献,要到图书馆一本一本目录去检索.尤其是做一些别人不太做的课题时,要搜集几篇有用的文献,竟要花上3,4个月时间,而你们现在……."趁他打顿的时候,我告诉他,"快的话,可能只要3秒钟".从他两个厚厚的酒瓶底后面露出一丝羡慕的眼神. 我可以想见他当时在一大堆期刊中埋头查阅的情形,但对于现在的医学工作者来说,我已经无法想像,如果我们失去…

生物数据库介绍——NCBI

NCBI(National Center for Biotechnology Information,美国国家生物技术信息中心)除了维护GenBank核酸序列数据库外,还提供数据分析和检索资源.NCBI资源包括Entrez.Entrez编程组件.MyNCBI.PubMed.PudMed Central.PubReader.Gene.the NCBI Taxonomy Browser.BLAST.Pimer-Blast.COBALT.RefSeq.UniGene.HomoloGene.ProtES…

Python：利用Entrez库筛选下载PubMed文献摘要

一个不是学生物的孩子来搞生物,当真是变成了一块废铁啊,但也是让我体会到了一把生物信息的力量. 废话不多说,开整! 任务:快速高效从PubMed上下载满足条件的文献PMID.标题(TI).摘要(AB). PubMed官网 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov 此处有几种选择可以达到目的: (1)官网上匹配筛选条件(注:匹配快速,但是下载下来的数量受到限制,每次只能下载10000条数据,甚至更少.) 可以看到,我需要的数据是有三十多万条,但是每次只能下载10000条,那我岂…

如何利用efetch从NCBI中批量下载数据？

目录找序列下序列假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意…

百度地图开发之poi检索,线路规划

官方文档 http://lbsyun.baidu.com/index.php?title=androidsdk/guide/key 先去官方文档申请秘钥下载压缩文件等操作,参考百度地图的秘钥申请与sdk下载,显示地图(1) 公交,步行,驾车路线查询,附近POI查询参考文档导入所需jar包和so文件标注点,覆盖物的实现见官方文档 poi检索:1.首先获取地图,创建poi检索实例: private void initView() { //输入框 etPoi = (EditText) in…

Azure 实例元数据服务

Azure 实例元数据服务提供有关可用于管理和配置虚拟机的正在运行的虚拟机实例的信息. 这包括 SKU.网络配置和即将发生的维护事件等信息. 若要详细了解可用信息类型,请参阅元数据类别. Azure 的实例元数据服务是一个 REST 终结点,所有创建的 IaaS VM 可通过 Azure Resource Manager 访问此终结点. 该终结点位于已知不可路由的 IP 地址 (169.254.169.254),该地址只能从 VM 中访问. Important 此服务在所有 Azure 区域中提…