#===============================      版本1  ===============================================InterProScan的三种使用方法Interproscan,通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能.是EBI开发的一个集成了蛋白质家族.结构域和功能位点的非冗余数据库.Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释.以下介绍3中interp…

interproscan 软件实际上将对输入的查询序列和interpro 数据库中的序列去比对,将比对上的序列对应的GO信息作为查询序列的GO注释 在interpro 数据库中,每条蛋白质序列有一个唯一的interpro 编号,类似 IPR034725 这种格式,而每条蛋白又有对应的GO注释信息: 可以通过下面的链接得到 IPR 编号和GO 注释信息之间的对应关系 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/interpro2go 这个链接中的内容如下:…

最近生产库反应出一个问题,某张表的主键ID并没有按照原计划的期望增加,而是间歇性跳号,每次跳2万多,经过研究发现是某个同步过程的merge into引起的,具体语句如下 merge into t_ifi_invest_ordplan_detail a using (select f.client_id, f.fund_account, f.fund_code, f.fund_company, f.balance, f.allotno, f.en_fund_date, f.start_date,…

转自 https://www.plob.org/article/4603.html 具体请去上面的网页查看. my $DNA="ATGCCCGGT";my $pep=&TranslateDNASeq($DNA); sub TranslateDNASeq{    use Bio::Seq;    (my $dna)=@_;    my $seqobj=Bio::Seq->new(-seq =>$dna, -alphabet =>'dna');    return…

For each row merged by a MERGE statement. The reference to NEXTVAL can appear in the merge_insert_clause or the merge_update_clause or both. The NEXTVALUE value is incremented for each row updated and for each row inserted, even if the sequence numbe…

编码 from __future__ import division def get_aa_percentage(protein, aa_list=['A','I','L','M','F','W','Y','V']): protein = protein.upper() protein_length = len(protein) total = 0 for aa in aa_list: aa = aa.upper() aa_count = protein.count(aa) total += a…

interpro 通过整合多个蛋白相关的数据库,提供了一个方便的对蛋白序列进行功能注释的平台,功能注释的内容包括蛋白质家族预测,domain 和 结合位点预测 interoro 在整合多个数据库的同时,去掉了冗余,提供了一个统一的接口,用来对序列进行功能注释:而且还提供了interproscan 这样的命令行工具,可以方便的对 大规模的蛋白序列进行注释,目前, UniprotKB 和 Gene Ontology 就是使用 interproscan 对蛋白序列进行注释的. interpro 数据库…

在 KEGG 数据库中,把功能相似的蛋白质归为同一组,然后标上 KO 号.通过相似性比对,可以为未知功能的蛋白序列注释上 KO 号. 截止到 2015 年 6 月 12 日,KEGG 数据库中共收录了 3,904 个完整的基因组.其中 304 个为真核生物,3,600 个为原核生物.在真核生物中,共有 299 个物种(一个物种可能不止一个基因组),分为 172 科,227 属:在原核生物中,共有 1,858 个物种,分为 809 属. KEGG 对这些物种的基因序列构成了一个非冗余的 KEGG…

  目前的从头预测软件大多是基于HMM(隐马尔科夫链)和贝叶斯理论,通过已有物种的注释信息对软件进行训练,从训练结果中去推断一段基因序列中可能的结构,在这方面做的最好的工具是AUGUSTUS它可以仅使用序列信息进行预测,也可以整合EST, cDNA, RNA-seq数据作为先验模型进行预测. 安装 安装较为复杂,可选用conda进行安装 使用 (1)若存在已经被训练的物种(augustus --species=help查看),则直接使用一下代码进行预测基因,以拟南芥为例: 1 augustus…

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下 尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列 默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种…

http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240102uxwy.html 一 COG简介 COG,即Clusters of Orthologous Groups of proteins.构成每个COG的蛋白都是被假定为来自于一个祖先蛋白,并且因此或者是orthologs或者是paralogs.Orthologs是指来自于不同物种的由垂直家系(物种形成)进化而来的蛋白,并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能.Paralogs是那些在一定物种中的来源于基因复制的蛋白,可…

文章转载于 Original 2017-06-12 liuhui 生信百科 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分: 基因执行的分子功能(Mole…

Gene Ontology (GO) 注释  Posted on 2017-06-11 |  In 生信 相似的基因在不同物种中,其功能往往保守的.显然,需要一个统一的术语用于描述这些跨物种的同源基因及其基因产物的功能,否则,不同的实验室对相同的基因的功能的描述不同,将极大限制学术的交流.而 Gene Ontology (GO) 项目正是为了能够使对各种数据库中基因获基因产物功能描述相一致的努力结果. 所谓的 GO,是生物学功能注释的一个标准词汇表术语(GO term),将基因的功能分为三部分:…

默认情况下,使用jd-gui反编译时会有注释. 行号注释 /* 521:502 */ 元信息 /* Location:           D:\core-1.0.0.jar * Qualified Name:     com.co * JD-Core Version:    0.7.0.1 */ jd-gui 反编译时就可以设置不加注释 Help--Preference 去掉Sources saver 下的两个复选框…

  在ORACLE数据库中,序列(SEQUENCE)是使用非常频繁的一个数据库对象,但是有时候会遇到序列(SEQUECNE)跳号(skip sequence numbers)的情形,那么在哪些情形下会遇到跳号呢? 事务回滚引起的跳号 不管序列有没有CACHE.事务回滚这种情况下,都会引起序列的跳号.如下实验所示: SQL> create sequence my_sequence   2  start with 1   3  increment by 1   4  maxvalue 99999  …

刚接触 Vim 会觉得它的学习曲线非常陡峭,要记住很多命令.所以这个系列的分享,不会教你怎么配置它,而是教你怎么快速的使用它. 本期我们要实现给 Nginx 配置文件批量注释的功能,先来看效果: 操作步骤: 1. 按 ESC 进入 Normal 模式,移动游标定位到 12 行的位置. 2. 按 ctrl+v 即进入纵向编辑模式. 3. 多次按 j 定位到 23 行(结束位置). 4. 按 I(大写的 i) 进入首行插入模式. 5. 按 # 号注释配置项,这时首行会被注释掉. 6. 在按 ESC …

安装clustalw很简单,不提了. 找了几个蛋白序列进行比对,命名为dm.fasta 1.输入 ./clustalw2  进入交互模式 2.选择1 并输入文件名字 3.输入2, 进行多序列比对 4.如果要修改输入格式,则点9 5.若要输出格式为phylip,则点4,并关闭1 6.按下回车,后退 7.选择1进行比对, 因为phylip输入文件为名infile, 所以这里直接改名字infile,并退出软件即可 安装phylip 减压后,进入src 并输入 make -f Makefile.unx…

前言 编写python程序有时候需要对代码块进行comment,本文对此介绍. 方法 python注释的三种方法: 1.井号注释单行代码: # 2.三个单引号或三个双引号注释语句块: ''' 或者" " " 3.井号加两个百分号画出语句块分界线: #%% 代码 ''' #data.csv is created by make_data.py data=pd.read_csv('data.csv') ''' #get X and y X=data.iloc[:,:-1].val…

基本概念 Biostrings包很重要的3个功能是进行Pairwise sequence alignment 和Multiple sequence alignment及 Pattern finding in a sequence 序列比对一般有2个过程: 1)构建计分矩阵公式(the scoring matrix formulation) 2)比对(alignment itself) global alignment methods (全局比对):align every  residue in…

1. Java 程序的构成 对象(object):对象是类的一个实例,有状态和行为. 类(class):类是一个模板,它描述一类对象的行为和状态. 方法(method):方法就是行为,一个类可以有很多方法.逻辑运算.数据修改以及所有动作都是在方法中完成的. 实例变量:每个对象都有独特的实例变量,对象的状态由这些实例变量的值决定. 举例 Hello World public class HelloWorld{ public static void main(String[] args){ Syst…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101nidy.html 网址:http://cd-hit.org :http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ : 下载:http://www.bioinformatics.org/cd-hit/ CD-HIT  去冗余,也可以叫做相似序列的聚类. 简介:CD-HIT stands for Cluster Database at High Identity with Toler…

Django在HTML里面书写的模板语言不能使用这种方法注释,这样注释实际依然有效 <!--{% if text %}--> 第一种使用模板标签{% comment %}注释,这是块注释 {% comment %} {% if text %} xxxxxxx xxxxxx {% endcomment %} 第二种是使用#号注释,这是单行单行的注释 {#% if text %#} {#% endif %#}…

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…

转自https://www.cnblogs.com/dayouzi/p/10154815.html Django在HTML里面书写的模板语言不能使用这种方法注释,这样注释实际依然有效 <!--{% haha %}--> 第一种使用模板标签{% comment %}注释,这是块注释 {% comment %} {%haha%}{% endcomment %} 第二种是使用#号注释,这是单行单行的注释 {#% haha %#}…

pydoc是python自带的一个文档生成工具,使用pydoc可以很方便的查看类和方法结构   本文主要介绍:1.查看文档的方法.2.html文档说明.3.注释方法.   一.查看文档的方法 方法1:启动本地服务,在web上查看文档 命令[python3 -m pydoc -p 1234]   通过http://localhost:1234来访问查看文档   说明: 1.-p指定启动的服务的端口号,可以随意指定不冲突的端口号 2.只有在自建的工程根目录下使用该命令,才能看到当前工程下所有的内容,…

最近开始服务拆分,时间将近半个月.测试阶段也非常顺利,没有什么问题. 但上线之后的第二天,产品就风风火火的来找我们了,一看就是线上有什么问题.我们也不敢说,我们也不敢问,线上的后台商品忽然无法上架了,导致运营的同学删除商品后无法上架新的商品,导致APP的部分商品暂时不可见. 线上有问题,那么大家就开始迅速排查起来了.这里有一点要说一下,在上线前夕,产品临时添加一个新的需求,商品的搜索状态不可判断这个条件去掉,这个由于紧急而且对于我们来说也就是SQL中的一个条件的问题,也就没有经过测试,直接上线了…

python 单行注释 #作为代表 python 多行注释 ‘’‘ 这是三个单引号注释 ’‘’ “”“ 这是三个双引号注释 ”“”…

变量 python的变量就像一个名字,一个变量对应一个内存地址.当我们定义一个变量时,Python解释器会在内存中开辟一片空间,用于存放各种数据(字符串.列表.元组.字典.对象....). 不同的变量可以指向同一个地址,即内存会被变量引用.当内存的数据的引用数为0时,Python的垃圾回收机制会清除掉这些内存. name = “Abc” # 定义一个变量name ,它的值为字符串Abc age = 12 username = name # 把name引用过的内存地址,带给username 变量规…

目录 1 Python 注释概述 2 Python 注释的作用 2.1 调试代码 2.2 提高程序的可读性 3 Python 单行注释 3.1 Python 单行注释概述 3.2 单行注释注释单行代码的情况 3.3 单行注释注释多行代码的情况 3.4 单行注释注意事项 3.4.1 单行注释符号作为字符串的一部分存在 4 Python 多行注释 4.1 Python 多行注释概述 4.2 三个连续的单引号注释 4.3 三个连续的双引号注释 4.4 多行注释也可以为函数提供说明文档 4.5 多行注释…

以MySQL为例,首先我们知道mysql注释符有#.-- (后面有空格)./**/三种,在SQL注入中经常用到,但是不一定都适用.笔者在sqlilabs通关过程中就遇到不同场景用的注释符不同,这让我很疑惑,让我们来深入挖掘一番(篇幅比较长,省时间可以跳到最后看结论). 以第一关(GET提交方式)和第十一关(POST提交方式)为例,从前端--数据传输--数据库查询命令三方面讲解: 目录(本文篇幅较长,点击目录跳转) 一.注释符:-- (后面有空格)(也就是--+) 二.注释符:# 三.注释符:/*…