简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析】的更多相关文章

简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析 Posted: 五月 07, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq2和EdgeR都可用于做基因差异表达分析,主要也是用于RNA-Seq数据,同样也可以处理类似的ChIP-Seq,shRNA以及质谱数据. 这两个都属于R包,其相同点在于都是对count data数据进行处理,都是基于负二项分布模型.因此会发现,用两者处理同一组数据,最后在相同阈值下筛选出的大部分基因都是一样的,但是…
简单使用limma做差异分析 Posted: 五月 12, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先需要说明的是,limma是一个非常全面的用于分析芯片以及RNA-Seq的差异分析,按照其文章所说: limma is an R/Bioconductor software package that provides an integrated solution for analysing data from gene expressi…
简单使用DESeq做差异分析 Posted: 五月 06, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments DESeq这个R包主要针对count data,其数据来源可以是RNA-Seq或者其他高通量测序数据.类似地,对于CHIP-Seq数据或者质谱肽段数据也是使用的. 由于DESeq是一个R包,因此使用它需要一点点R基础语法. 首先需要读入一个数据框,列代表每个sample,行代表每个gene database_all <- read.tab…
没事做水了一道POJ的简单BFS的题目 这道题的数据范围是20,所以状态总数就是(1<<20) 第一次提交使用STL的queue,并且是在队首判断是否达到终点,达到终点就退出,超时:(其实这里我是很不明白的,,TM状态总数就只有1e6怎么也不应该超时的,,,,只能说STL的queue的常数实在是太大,完全没法弄...) #include <map> #include <set> #include <stack> #include <queue>…
<!DOCTYPE html><html><head lang="en"> <meta charset="UTF-8"> <title>用jquery做遮罩</title> <style> .all{ width:100%; height:500px; background: red; position: relative; } .mask { width:100%; height:…
今天在搞那个用aspose words for java做导出word的功能,顺便简单介绍这个怎么用,我有两个版本的破解版,就都做简单介绍怎么用 警告:请勿用于商业用途,仅供学习研究使用,如有任何版权纠纷,本人概不负责! 由于aspose比较吃内存,操作大一点的文件就会堆溢出,所以请先设置好java虚拟机参数:-Xms1024m -Xmx1024m(参考值) 首先你可以去官网下载jar包也可以,我的是用jar包引进的 ​​​ 顺带一提,这两个版本都是pojieban的,15.8.0需要加那个as…
Set 接口是 Java Collections Framework 中的一员,它的特点是:不能包含重复的元素,允许且最多只有一个 null 元素.Java 中有三个常用的 Set 实现类: HashSet: 将元素存储在哈希表中,性能最佳,但不能保证元素的迭代顺序 LinkedHashSet: 维护一个链表贯穿所有元素,按插入顺序对元素进行迭代 TreeSet: 将元素存储在一个红黑树中,按元素大小排序的序列迭代 JDK 在实现时,这 3 个 Set 集合的核心功能其实分别委托给了: Hash…
说明 魔方大家应该是不会陌生的,这次我们来一起用CSS实现一个魔方旋转的特效,先来看看效果图! 解释 我们要做这样的效果,重点在于怎么把6张图片,摆放成魔方的样子,而把它们摆放成魔方的样子,重点在于用好CSS的transform,这是非常重要的,好的,我们先拼出一个魔方的样子. 效果图 代码(代码比较长,朋友们可以直接粘贴复制到电脑看效果) <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="utf-8"…
最近工作中需要做TCP层面的负载均衡,以前网站用的反向代理nginx只支持应用层的负载均衡,对于TCP协议是无能为力的,需要使用LVS(linux虚拟服务器). LVS的特点是高性能和极复杂的配置.对网络环境的要求比较高.最近苦于LVS的配置测试,网上的文档和社区都比较少,按照各种教程配置,TCP报文均无法连通,再往下深究就要去研究公司虚机的网络结构了... 在寻找LVS配置调试方法时,看到一篇最近的文章讲4月28日刚刚发布的nginx1.90,添加了支持TCP协议的负载均衡的,如果只是需要做T…
数据是一个集合,显示也是一个集合.例如一篇<西游记>的文章,所有的文字就是数据集合,展示方式就是显示的集合,可以以书本的形式,也可以以电纸书的形式,更可以用视频的方式展现. 下面是将一个二维数组中的数据显示到TableView控件中. 1.声明一个model类,继承于QAbstractTableModel #define ROW 3#define COL 2 class TableModel : public QAbstractTableModel{ Q_OBJECTpublic: Table…