实战--利用Lloyd算法进行酵母基因表达数据的聚类分析

背景:酵母会在一定的时期发生diauxic shift,有一些基因的表达上升,有一些基因表达被抑制,通过聚类算法,将基因表达的变化模式聚成6类. ORF Name R1.Ratio R2.Ratio R3.Ratio R4.Ratio R5.Ratio R6.Ratio R7.Ratio 1 YDR025W RPS18A 0.136061549576028 -0.111031312388744 -0.189033824390017 -0.782408564927373 -0.7570232465…

实战--利用HierarchicalClustering 进行基因表达聚类分析

利用建立分级树对酵母基因表达数据进行聚类分析一.原理根据基因表达数据,得出距离矩阵 ↓ 最初,每个点都是一个集合每次选取距离最小的两个集合,将他们合并,然后更新这个新集合与其它点的距离新集合与别的集合距离的计算方法 ①两个集合之间的最短距离 ②两个集合所有点之间求距离求平均 → 把这个新集合加入距离矩阵中,原来的两个小集合就被替换掉如此循环,直到剩下一个集合,那就建立了一棵树在树的某一处横断,就可以得到6类 230个酵母基因表达数据 http://bioinformaticsal…

SA：利用SA算法解决TSP(数据是14个虚拟城市的横纵坐标)问题——Jason niu

%SA:利用SA算法解决TSP(数据是14个虚拟城市的横纵坐标)问题——Jason niu X = [16.4700 96.1000 16.4700 94.4400 20.0900 92.5400 22.3900 93.3700 25.2300 97.2400 22.0000 96.0500 20.4700 97.0200 17.2000 96.2900 16.3000 97.3800 14.0500 98.1200 16.5300 97.3800 21.5200 95.5900 19.4100…

机器学习实战之kNN算法

机器学习实战这本书是基于python的,如果我们想要完成python开发,那么python的开发环境必不可少: (1)python3.52,64位,这是我用的python版本 (2)numpy 1.11.3,64位,这是python的科学计算包,是python的一个矩阵类型,包含数组和矩阵,提供了大量的矩阵处理函数,使运算更加容易,执行更加迅速. (3)matplotlib 1.5.3,64位,在下载该工具时,一定要对应好python的版本,处理器版本,matplotlib可以认为是python…

深度实战玩转算法， Java语言7个经典应用诠释算法精髓

深度实战玩转算法,以Java语言主讲,通过7款经典好玩游戏,真正将算法用于实际开发,由算法大牛ACM亚洲区奖牌获得者liuyubobobo主讲,看得见的算法,带领你进入一个不一样的算法世界,本套课程共有10个章节,文件大小共计3.3G,官方售价248元.课程介绍:以下问题,在本课程中将会一一解答.学习这个课程将完成什么项目?算法有什么用?练习算法,一定要"刷题"吗?想找实习,想找工作,但是没有项目经验?学习本课程需要使用的语言:1.Java 语言:2.Java Swing:3.熟悉其他…

在opencv3中实现机器学习算法之：利用最近邻算法（knn)实现手写数字分类

手写数字digits分类,这可是深度学习算法的入门练习.而且还有专门的手写数字MINIST库.opencv提供了一张手写数字图片给我们,先来看看这是一张密密麻麻的手写数字图:图片大小为1000*2000,有0-9的10个数字,每5行为一个数字,总共50行,共有5000个手写数字.在opencv3.0版本中,图片存放位置为 /opencv/sources/samples/data/digits.png 我们首先要做的,就是把这5000个手写数字,一个个截取出来,每个数字块大小为20*20.直接将…

利用Apriori算法对交通路况的研究

首先简单描述一下Apriori算法:Apriori算法分为频繁项集的产生和规则的产生. Apriori算法频繁项集的产生: 令ck为候选k-项集的集合,而Fk为频繁k-项集的集合. 1.首先通过单遍扫描数据集,确定每个项的支持度.一旦完成这一步,就可以得到所有频繁1-项集的集合F1 2.接下来,该算法将使用上一次迭代的发现的频繁(k-1)-项集,产生新的候选k-项集.候选的产生使用apriori-gen函数实现. 3.为了对候选项的支持度的计算,需要再扫描一遍数据集.使用子集函数确定包含在每一个…

利用TEA算法进行数据加密

TEA(Tiny Encryption Algorithm)是一种小型的对称加密解密算法,最初是由剑桥计算机实验室的 David Wheeler 和 Roger Needham 在 1994 年设计.采用128位密钥,以8字节(64位)对数据分块进行加密 / 解密.TEA特点是速度快.效率高,实现也非常简单. TEA出现后针对它的攻击也不断出现,在被发现存在缺陷后,TEA也发展出几个版本,分别是XTEA.Block TEA和XXTEA.XTEA 跟 TEA 使用了相同的简单运算,但它采用了截然不…

SSIS从理论到实战,再到应用(7)----常用的数据类型转换操作

原文:SSIS从理论到实战,再到应用(7)----常用的数据类型转换操作上期回顾: SSIS从理论到实战,再到应用(6)----SSIS的自带日志功能在抽取各种应用的数据时候,经常会遇到数据需要转换类型的操作,比如日期在源数据库是dbtime类型,在本地需要用到字符串,这个时候有两种常用的方案来解决: 1.通过语法在源数据库进行类型转换,类似sqlserver的convert(要转换的类型,长度).... 2.利用ssis自带的组件进行类型转换本期选用第二种方案做演示.(背景,将excel…

利用KMP算法解决串的模式匹配问题（c++) -- 数据结构

题目: 7-1 串的模式匹配 (30 分) 给定一个主串S(长度<=10^6)和一个模式T(长度<=10^5),要求在主串S中找出与模式T相匹配的子串,返回相匹配的子串中的第一个字符在主串S中出现的位置. 输入格式: 输入有两行: 第一行是主串S: 第二行是模式T. 输出格式: 输出相匹配的子串中的第一个字符在主串S中出现的位置.若匹配失败,输出0. 输入样例: 在这里给出一组输入.例如: aaaaaba ba 输出样例: 在这里给出相应的输出.例如: 6 分析: 这里就是在主串里面找是否存在…

【数据结构】最小生成树（四）——利用kruskal算法搞定例题×3+变形+一道大水题

在这一专辑(最小生成树)中的上一期讲到了prim算法,但是prim算法比较难懂,为了避免看不懂,就先用kruskal算法写题吧,下面将会将三道例题,加一道变形,以及一道大水题,水到不用高级数据结构,建树,画图,最短路径什么的,统统不需要.废话不多说,直接看题: 1.例题精讲 T1: 1348:[例4-9]城市公交网建设问题时间限制: 1000 ms 内存限制: 65536 KB提交数: 2094 通过数: 650 [题目描述] 有一张城市地图,图中的顶点为城市,无向边代…

【数据分析 R语言实战】学习笔记第三章数据预处理（下）

3.3缺失值处理 R中缺失值以NA表示,判断数据是否存在缺失值的函数有两个,最基本的函数是is.na()它可以应用于向量.数据框等多种对象,返回逻辑值. > attach(data) The following objects are masked fromdata (pos = 3): city, price, salary > data$salary=replace(salary,salary>5,NA) > is.na(salary) [1] FALSEFALSE TRUE…

吴裕雄--天生自然python机器学习实战：K-NN算法约会网站好友喜好预测以及手写数字预测分类实验

实验设备与软件环境硬件环境:内存ddr3 4G及以上的x86架构主机一部系统环境:windows 软件环境:Anaconda2(64位),python3.5,jupyter 内核版本:window10.0 实验内容和原理 (1)实验内容: 使用k近邻算法改进约会网站的配对效果.海伦使用约会网址寻找适合自己的约会对象,约会网站会推荐不同的人选.她将曾经交往过的的人总结为三种类型:不喜欢的人.魅力一般的人.极具魅力的人.尽管发现了这些规律,但依然无法将约会网站提供的人归入恰当的分类.使用KNN算…

Tensorflow从0到1（3）之实战传统机器算法

计算图中的操作 import numpy as np import tensorflow as tf sess = tf.Session() x_vals = np.array([1., 3., 5., 7., 9.]) x_data = tf.placeholder(dtype=tf.float32) m_const = tf.constant(3.) my_product = tf.multiply(x_data, m_const) for x_val in x_vals: print(se…

C#利用SqlDataAdapte对DataTable进行批量数据操作

C#利用SqlDataAdapte对DataTable进行批量数据操作,可以让我们大大简化操作数据的代码量,我们几乎不需要循环和不关心用户到底是新增还是修改,更不用编写新增和修改以及删除的SQL语句,适配器都帮我们在后台进行了很好的处理. 如果您要通过 SQL Server 存储过程使用 DataAdapter 来编辑或删除数据,请确保不要在存储过程定义中使用 SET NOCOUNT ON.这将使返回的受影响的行数为零,DataAdapter 会将其解释为并发冲突.在许多情况下,以何种顺序向数据…

利用Manacher算法寻找字符串中的最长回文序列（palindrome）

寻找字符串中的最长回文序列和所有回文序列(正向和反向一样的序列,如aba,abba等)算是挺早以前提出的算法问题了,最近再刷Leetcode算法题的时候遇到了一个(题目),所以就顺便写下. 如果用正反向遍历的方法的话时间复杂度将会是O(N^2),而利用Manacher算法将会是O(N),在处理长序列的时候能显著提高速度. 算法原理回文序列的左右是对称的,也就是说在找到一个回文序列的时候,回文序列的右半部份将会是左半部分的镜像,在符合一定条件的时候可以直接判断以当前字符为中心的回文序列的长度以…

【转】asp.net中利用session对象传递、共享数据[session用法]

来自:http://blog.unvs.cn/archives/session-transfer-method.html 下面介绍Asp.net中利用session对象传递.共享数据用法: 1.传递值: 首先定义将一个文本值或单独一个值赋予session,如下: session[“name”]=textbox1.text:将文本1的值赋给了session变量name,当调查到其它页面时,此值可以传递,依然存在,下面是调用或判断此值. If(session[“name”]==null) {} El…

asp.net中利用session对象传递、共享数据[session用法]

下面介绍Asp.net中利用session对象传递.共享数据用法: 1.传递值: 首先定义将一个文本值或单独一个值赋予session,如下: session[“name”]=textbox1.text:将文本1的值赋给了session变量name,当调查到其它页面时,此值可以传递,依然存在,下面是调用或判断此值. If(session[“name”]==null) {} Else { lable1.text=session[“name”].tostring(); //将session变量传递…

利用jQuery接受和处理xml数据

使用jQuery+Servlet接受和处理xml数据,模拟判断用户名是否存在,效果如下: 服务器端 package com.ljq.test; import javax.servlet.http.HttpServlet;import javax.servlet.http.HttpServletRequest;import javax.servlet.http.HttpServletResponse;import javax.servlet.ServletException;import java…

利用python将mysql中的数据导入excel

Python对Excel的读写主要有xlrd.xlwt.xlutils.openpyxl.xlsxwriter几种. 如下分别利用xlwt和openpyxl将mysql数据库中查询的数据保存到excel中(注意:xlwt不支持.xlsx文件): 一.从mysql查询数据 import mysql.connector conn=mysql.connector.connect(host='xx.xx.xx.xx',user='root', passwd='password', db='test')…

opencv利用hough概率变换拟合得到直线后,利用DDA算法得到直线上的像素点坐标

图片霍夫变换拟合得到直线后,怎样获得直线上的像素点坐标? 这是我今天在图像处理学习中遇到的问题,霍夫变换采用的概率霍夫变换,所以拟合得到的直线信息其实是直线的两个端点的坐标,这样一个比较直接的思路就是利用DDA算法来获取. 一.算法简介 DDA算法是计算机图形学中最简单的绘制直线算法.其主要思想是由直线公式y = kx + b推导出来的. 我们已知直线段两个端点P0(x0,y0)和P1(x1,y1),就能求出 k 和 b . 在k,b均求出的条件下,只要知道一个x值,我们就能计算出一个y值.如果…

[20170623]利用传输表空间恢复部分数据.txt

[20170623]利用传输表空间恢复部分数据.txt --//昨天我测试使用传输表空间+dblink,上午补充测试发现表空间设置只读才能执行impdp导入原数据,这个也很好理解.--//这样的操作模式仅仅减少expdp生成原数据的过程. --//我想一下,rman也支持建立传输表空间的命令.我仔细看了以前的笔记,发现这样最大的有点不用设置只读,实际上它是通过建立辅组实--//例来建立传输文件,理论讲可以恢复到特定的scn,这样可以利用它解决一些误操作的问题,还是通过例子来说明问题. 1.环境:…

(转)利用WPF的ListView进行大数据量异步加载

原文:http://www.cnblogs.com/scy251147/archive/2012/01/08/2305319.html 由于之前利用Winform的ListView进行大数据量加载的时候,诟病良多,所以今天试着用WPF的ListView来做了一下,结果没有让我失望,我将一个拥有43000行,510列的csv文件导入到了ListView中,总共耗时在10s左右,并且在导入的过程中,软件界面上的提示信息一直在提示当前导入了多少条.在整个导入的过程中没有感觉到ListView的闪烁.…

Effective STL 学习笔记 Item 34：了解哪些算法希望输入有序数据

Effective STL 学习笔记 Item 34: 了解哪些算法希望输入有序数据 */--> div.org-src-container { font-size: 85%; font-family: monospace; } pre.src { background-color:#f8f4d7 } p {font-size: 15px} li {font-size: 15px} 有些个算法对有序的和无序的数据都能应用,但多数情况下,他们在输入数据有序时才最有用. 下列算法要求输入数据必须有序…

[Python爬虫] 之十六：Selenium +phantomjs 利用 pyquery抓取一点咨询数据

本篇主要是利用 pyquery来定位抓取数据,而不用xpath,通过和xpath比较,pyquery效率要高. 主要代码: # coding=utf-8 import os import re from selenium import webdriver import selenium.webdriver.support.ui as ui import time from datetime import datetime from selenium.webdriver.common.action…