Illumina的SNP芯片原理 Illumina的SNP生物芯片的优势在于: 第1,它的检测通量很大,一次可以检测几十万到几百万个SNP位点 第2,它的检测准确性很高,它的准确性可以达到99.9%以上 第3,它的检测的费用相对低廉,大约一个90万位点的芯片(每个样本的)检测费用在一.两千人民币 Illumina的生物芯片系统,主要是由:芯片.扫描仪.和分析软件组成. Illumina的生物芯片,由2部分组成:第1是玻璃基片,第2是微珠. 这个玻璃基片,它的大小和一张普通的载玻片差不多大小,它起…

一.芯片数据 此次拿到的illumina芯片数据并不是原始的数据,已经经过GenomeStudio软件处理成了finalreport文件,格式如下: 之前没处理过芯片数据,对于这种编码模式(Forward,top AB)的基因型数据很疑惑,查了很多资料,收效甚微.看过建明大神对芯片这块儿的介绍,发现里面的门门道道太多了,也有些R包可以直接处理芯片原始数据的:问题是我没有最初的原始数据啊OTZ.最后找打一个比较靠谱的工具,直接根据finalreport文件和map文件转格式. 二.工具 工具:SN…

BCM芯片有几个大的模块: VLAN.L2.L3和FP等几个,其中FP的使用也最为灵活,能解析匹配数据包文的前128字节比特级的内容,动作包括转发.丢弃.结合qos修改相应字段.分配vid.流镜像.流重定向.指定端口转发(比如CPU口).指定下一跳转发往.指定隧道转发等,往往在实现功能上有意想不到的功效.简单来说,如果硬件和BSP分别是九阳真经和九阴真经的话,那么port和vlan是少林七十二项绝技的组合,L2转发则是显得有点悠闲的峨眉派功夫,当然L3则是以太极拳为代表的武当派功夫,那么FP可以…

Nand flash 芯片型号为 Samsung K9F1208U0B,数据存储容量为 64MB,采用块页式存储管理.8 个 I/O 引脚充当数据.地址.命令的复用端口. 芯片内部存储布局及存储操作特点 一片 Nand flash 为一个设备(device), 其数据存储分层为: 1 设备(Device) = 4096 块(Blocks) 1 块(Block) = 32 页/行(Pages/rows)  ;页与行是相同的意思,叫法不一样 1 块(Page) = 528 字节(Bytes) = 数…

下面谈谈当存储字节的过程是怎样的:下面的示意图显示的也仅仅是最简单状态下的情况,当内存条上仅剩一个RAM芯片的情况.对于X86处理器,它通过地址总线发出一个具有22位二进制数字的地址编码--其中11位是行地址,11位是列地址,这是通过RAM地址接口进行分离的.行地址解码器(row decoder)将会首先确定行地址,然后列地址解码器(column decoder)将会确定列地址,这样就能确定唯一的存储数据的位置,然后该数据就会通过RAM数据接口将数据传到数据总线. 需要注意的是RAM内的部存储信…

引用自https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU4NjU4ODQ2MQ==&mid=2247484662&idx=1&sn=194668553f954e231f4526f5c944a195&chksm=fdf84cb4ca8fc5a2c0e8355377f9d6abdc4fa36b304aa8c533b5e82e49de30d443366ff3346a&mpshare=1&scene=1&srcid=09097IKbsc…

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

HapMap五周年回顾 2011-01-12 | 作者: [关闭] 作者简介:曾长青,中国科学院北京基因组所研究员,博士生导师.CUSBEA奖学金.百人计划.杰出青年基金.首批新世纪百千万人才工程国家级人选获得者.作为“十五”重大攻关项目课题组长.国际HapMap计划Steering Committee Member和 “中华单体型图协作组”召集人,负责HapMap“中国卷”的实施.主要从事疾病相关基因定位.群体遗传学和基因组多态研究,部分成果在Nature,Nature Genetics, P…

1.人类基因组的HapMap和国际HapMap计划 (1)何谓HapMap HapMap是Haplotype Map 的简称,Haplo意为单一,在基因组中专指来自父母的一对染色体中的一条.Haplotype就是单条染色体中的一段,译作单体型(有人译作单倍型),是描述遗传差异的一种主要方式.DNA作为遗传物质,不但编码了物种间的差异,物种内不同个体之间的差异也含在其中,均表现为基因组之间的DNA序列差异,也就是基因组的多态性上. DNA由四种核苷酸单个连接而成,基因组最常见的多态就是单核苷酸多态…

中国农业大学等多家单位2017年合作发表在<遗传>杂志上的综述,笔记之. 作者中还有李宁院士,不胜唏嘘. 1.概述 GS的两大难题:基因组分型的成本,基因组育种值(genomic estimted breeding value, GEBV)的准确性. 基于个体的基因组估计育种值GEBV比传统基于系谱的估计育种值(estimted breeding value, EBV)准确性更高. GS实施示意图: 基于单点SNP标记的GEBV估计方法 一类基于估计等位基因效应来计算GEBV: ①最小二乘法…