本文是马克思普朗克心肺研究所的三名研究者Marina Kiweler.Mario Looso和Johannes Graumann发表在8月刊的MCP的一篇文章. 由于Omics实验经常涉及数百个数据文件,元数据信息对于结果的评估和再现至关重要:然而数据通常以二进制或专有文件格式存在,元数据信息提取过程繁琐.以Thermo Fischer Scientific质谱仪生产的RAW文件为例,除了光谱数据之外,还包括了仪器设置,这都是实验评估和结果再现所必需的.目前提取RAW文件信息的方法是使用特定供应…

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy…

题目:Associations of the Fecal Microbial Proteome Composition and Proneness to Diet-induced Obesity 期刊:Mol Cell Proteomics IF:5.236 发表日期:2019年9月 单位:乔治亚州立大学生物医学科学研究所,加州大学圣地亚哥分校等 物种:小鼠 技术:16S rRNA,TMT 10-plex宏蛋白质组 一. 研究背景 高脂肪低纤维饮食促进肥胖的发展,尽管遗传因素在决定对这种致肥胖饮…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

文献名:利用靶向质谱策略进行上皮性卵巢癌病例的蛋白质组生物标志物研究 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年7月) IF:5.41 单位: 苏黎世联邦理工学院 美国东北大学 隆德大学 苏黎世大学附属医院 普渡大学 巴塞尔大学附属医院 巴赛尔大学生物医学系 法兰克福大学附属医院 哈佛医学院 斯科讷大学附属医院 苏黎世大学 物种:小鼠卵巢组织,小鼠卵巢肿瘤组织,人类血浆,人类卵巢组织,人类良性卵巢肿瘤组织,人类上皮卵巢癌组织 技术:非靶糖蛋白质…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics 上的一篇关于人胃肠道间质瘤亚群蛋白质组图谱的文章,题目是Proteomic maps of human gastrointestinal stromal tumor subgroups,通讯作者是四川大学生物治疗国家重点实验室的戴伦治. 胃肠道间质瘤(Gastrointestinal stromal tumor, GIST)是一种起源于胃肠道间叶组织的肿瘤,也是最为常见的胃肠道肉瘤(Gastrointest…

期刊:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:June 16, 2019 通讯作者:Michel Salzet,Isabelle Fournier 一.  概述 作者在大鼠不同脑区域构建中度受控皮质损伤模型(CCI),并在受损后不同时间段使用 空间分辨的蛋白质组学检测技术来观测创伤性脑损伤(TBI)中蛋白的量和质的改变.发现了已知与帕金森病(PD)有关的主要蛋白质家族的过度表达,(例如同侧黑质中的GPR158,HGMB1,突触结合蛋白和谷氨酸脱羧酶),因此揭示了…

题目:Cancer cell derived small extracellular vesicles contribute to recipient cell metastasis through promoting HGF/c-Met pathway 期刊:MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS 发表时间:June 13, 2019 DOI:10.1074/mcp.RA119.001502 分享人:廖文丽 内容与观点: 一.概述 本研究旨在揭示小细胞外囊泡蛋白(sEV…

大家好,本周分享的是发表在MCP(MOLECULAR&CRLLULAR PROTEOMICS)上的一篇关于质谱数据处理和识别的文章,题目是psims - A Declarative Writer for mzML and mzIdentML for Python,通讯作者是波士顿大学的Joseph Zaia. 质谱中数据处理和识别方法的激增导致需要描述其结果的工具的复杂性不断增加. 在过去的十五年中,两种质谱数据mzML 和mzIdentML ,已成为计算方法开发的核心. 目前有基于C/C++的…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于人的尿蛋白质组学的文章,题目是Comprehensive analysis of individual variation in the urinary proteome revealed significant gender differences,通讯作者是北京师范大学的Youhe Gao,北京肾病临床研究中心的Di Wu和北京协和医学院的Wei Sun. 尿液是一种无创可得的生物样本,它积累…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics. 上的一篇关于阿尔兹海默病临床前期生物标志物鉴定的文章,题目是Changes in synaptic proteins precede neurodegeneration markers in preclinical Alzheimer’s disease cerebrospinal fluid,通讯作者是巴塞罗那Hospital de la Santa Creu i Sant Pau的Olivia Bel…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics.上的一篇关于富马酸二甲酯在脑细胞蛋白质中新作用靶点的鉴定及功能性验证的文章,题目是Identification of Novel Protein Targets of Dimethyl Fumarate Modification in Neurons and Astrocytes Reveals Actions Independent of Nrf2 Stabilization,通讯作者是南卡罗来纳大学的N…

大家好,本周分享的是发表在MCP上的一篇关于鸟枪蛋白质组学中的错误率的文章,题目是Integrated identification and quantification error probabilities for shotgun proteomics,作者是瑞典皇家理工学院的Matthew The 和Lukas Kall. 鸟枪法蛋白质组学中蛋白的无标定量存在诸多误差.蛋白的鉴定就是其中的一个来源.然而人们经常忽略某些错误源,且在后续步骤中认为过滤得到的列表是完全正确的,这两个错误的累加很…

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics. 上的一篇关于蛋白质组学样本质谱分析前处理方法改进的文章,题目是Protein aggregation capture on microparticles enables multi- purpose proteomics sample preparation,通讯作者是丹麦哥本哈根大学的Jesper V. Olsen. 对于蛋白质组学研究人员来说,在进行质谱分析之前,一个良好的蛋白样本制备方法可以有效降低…

通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙  质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan​ 1,2,*​ , Michael F. Moran​ 2,3 ​, and Bin Ma​ 1 单…

期刊:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:June 17, 2019 DOI:10.1074/mcp.RA119.001456 分享人:任哲 内容与观点: 大家好,本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于蛋白质组基因组学工具的文章,题目是FusionPro, a Versatile Proteogenomic Tool for Identification of Novel Fusion Transc…

大家好,本次分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics上的一篇关于糖蛋白基因组学的文章,题目是Glycoproteogenomics: A Frequent Gene Polymorphism Affects the Glycosylation Pattern of the Human Serum Fetuin/α-2-HS-Glycoprotein,通讯作者是乌特勒支大学的Vojtech Franc和Albert J. R. Heck. 人胎球蛋白,也叫α-2…

文献名:Integration and analysis of CPTAC proteomics data in the context of cancer genomics in the cBioPortal 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Pamela Wu1,2,3, Zachary J Heins4, James T Muller3, Lizabeth Katsnelson3, Ino de Br…

文献名:Proteomics Analysis of Extracellular Matrix Remodeling During Zebrafish Heart Regeneration(斑马鱼心脏再生过程中胞外基质重塑的蛋白质组学分析) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 西班牙巴塞罗那再生医学中心 巴塞罗那生物材料和纳米医学网络生物医学研究中心 物种:斑马鱼 技术:非靶向蛋白组学   一. 概述: 本研究选取斑马鱼心脏不同再生时期的心室样本,通过所建立一…

文献名:Identification of salivary biomarkers for oral cancer detection with untargeted and targeted quantitative proteomics approaches 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 单位: 台湾桃园长庚大学医学院 台湾桃园林口长庚纪念医院 台湾台中国立中兴大学 物种:人唾液 技术:非靶向和靶向组学组学…

文献名:Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenocarcinoma and validate a novel somatic mutation CDK12-G879V(利用定量质谱技术探究转移性肺腺瘤的蛋白质组异质性及验证新体细胞突变CDK12-G879V) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.23…

文献名:Data-independent acquisition improves quantitative cross-linking mass spectrometry (DIA方法可提升定量交联质谱分析) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.232 单位: 1.      德国柏林技术大学生物技术研究所 2.      英国爱丁堡大学生命科学学院 3.      瑞典 Biognosys 公司 技术:DIA交联质谱定量 一.概述:(用精炼…

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…

文献名:Data-independent acquisition mass spectrometry in metaproteomics of gut microbiota - implementation and computational analysis(DIA技术在肠道宏蛋白质组研究中的方法实现和数据分析) doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00606 期刊名:Journal of Proteome Research 作者:Juhani Akakko, Sami…

文献名:Development of a High Coverage Pseudotargeted Lipidomics Method Based on Ultra-High Performance Liquid Chromatography−Mass Spectrometry(基于超高效液相色谱-质谱法的高覆盖拟靶向脂质组学方法的开发) 期刊名:Analytical Chemistry 发表时间:(2018年5月) IF:6.38 单位: 中国科学院大连化学物理研究所 中国科学院大学 生物材料…

Title: Single-Shot Capillary Zone Electrophoresis−Tandem Mass Spectrometry Produces over 4400 Phosphopeptide Identifications from a 220 ng Sample Journal: Journal of Proteome Research Published Date: June 10, 2019 DOI: 10.1021/acs.jproteome.9b00244 R…

景杰学术 | 报道 泛素化修饰作为主要的蛋白质翻译后修饰之一,与细胞周期.应激反应.信号传导和DNA损伤修复等几乎所有的生命活动密切相关[1].泛素分子通常含有7个赖氨酸残基,通过这些残基可以和其他泛素分子的甘氨酸C端相连形成多聚泛素化修饰.线性泛素化修饰是一类新型的泛素化修饰,这是由泛素N端甲硫氨酸和另一个泛素分子C端首尾相连的直链泛素链修饰形式.迄今为止,线性泛素化修饰被发现与炎症.免疫.细胞程序性坏死.血管发育等关系密切,但线性泛素化对于血管发育,尤其是内皮细胞稳态调控背后的分子机制尚不清…

蛋白质琥珀酰化修饰 (succinylation) ,作为赖氨酸酰化修饰家族的重要一员,于2011年由芝加哥大学赵英明教授团队在Nature Chemical Biology 发文被首次报道,并被评为该杂志创刊10年39篇精品论文之一 [1].随后,关于琥珀酰化的调控酶系统(转移酶writer和去修饰酶eraser)和生物学功能也有了越来越多的报道.如浙江大学转化医学研究院吕志民教授课题组在Nature发文,首次发现了组蛋白琥珀酰化修饰的转移酶--KAT2A,可以调节组蛋白H3K79位点琥珀酰化…

期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.232   概述 20S蛋白酶体是一种多亚基蛋白质复合物,参与许多组织细胞生命活动过程.本研究基于SILAC标记的蛋白酶体的MRM技术,以监测人体不同组织细胞中20S蛋白酶体亚型的绝对表达量.并将这种高准确性的SILAC标记的多重LC-选择反应监测(SRM)定量质谱分析方法,应用于对不同培养条件下体外扩增脂肪来源间充质干细胞(ADSCs)中的20S蛋白酶体表达量的监测,结果发现IFNγ刺激或20%常氧环境培养…

文献名:High-density peptide arrays help to identify linear immunogenic B cell epitopes in individuals naturally exposed to malaria infection(高密度肽段阵列有助于在自然暴露于疟疾感染的个体中识别线性免疫原性B细胞表位) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.236 单位: 1海德堡大学附属医院寄生虫学感染中心,德国…