SNP 过滤（二）

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本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使用GATK对重测序结果进行SNP calling,那么可以考虑下面的标准 QD< 2.0 || FS> 60.0 || MQ< 40.0 || MQRankSum <−12.5 || ReadPosRankSum <−8.0 QUAL<30.0||QD<2.0||FS…

SNP 过滤（一）

通用过滤 Vcftools(http://vcftools.sourceforge.net) 对vcf文件进行过滤第一步:过滤最低质量低于30,次等位基因深度(minor allele count)不少于3 1 vcftools --gzvcf raw.vcf.gz --max-missing 0.5 --mac 3 --minQ 30 --recode --recode-INFO-all --out raw.g5mac3 2 3 ## 4 --gzvcf 压缩的vcf文件: 5 --max-…

PHP 过滤二维数组和三维数组

<?php $arr = [ [1,3,5,7,9], [2,4,6,8,0] ]; $arr2 = [ 'list' => [ [1,3,5,7], [2,4,6,8], [3,2,9,0], ] ]; $arr3 = [ 'list' => [ [1,3,5,7], [2,4,6,8], [3,2,9,0] ] ]; $res = array_map(function($arr){ return array_filter($arr, function($v) { return $v…

Saiku关于MDX过滤的使用（九）

Saiku查询设定:Saiku查询数据时,每次都是全量查询的,我们现在需要默认展示近一周的数据. 通过编写使用MDX表达式进行过滤通过编写MDX表达式,添加新的指标信息对一周以内的数据进行标识 (其实我也想添加新的维度信息,但是好像不生效,所以就用指标了) /** 检测日期的差值,小于7 */ IIf(DateDiff("d",CDate([SaikuUseDate].[SaikuUseDate].CurrentMember.Name), now())> 7, "ye…

【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

英文名:Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum 中文名:疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析期刊:Nature Genetics影响因子:29.352一.研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法,值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性.阻止出现更高水平的抗药性以及阻止抗药性扩散到非洲刻不容缓.为了更好同抗药性进行斗争,了解遗传因素在抗药性的混合和传播中的作用非常重要…

GWAS基因芯片数据预处理：质量控制（quality control）

一.数据为什么要做质量控制比起表观学研究,GWAS研究很少有引起偏差的来源,一般来说,一个人的基因型终其一生几乎不会改变的,因此很少存在同时影响表型又影响基因型的变异.但即便这样,我们在做GWAS时也要去除一些可能引起偏差的因素. 这种因素主要有:群体结构.个体间存在血缘关系.技术性操作. 二.怎么看数据是否需要进行质量控制下面分别为样本和SNP位点在数据中的直方图,当数据不在绝大多数的分布当中时,我们会倾向于认为那是测序.人工操作等其他方面造成的误差,而非该个体的真实情况,因此是需要将这些…

php表单数据验证类

非常好用方便的表单数据验证类 <?php //验证类 class Fun{ function isEmpty($val) { if (!is_string($val)) return false; //是否是字符串类型 if (empty($val)) return false; //是否已设定 if ($val=='') return false; //是否为空 return true; } /* ------------------------------------------------…