两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

Atitit.工作流系统的本质是dsl 图形化的dsl  4gl 1. 工作流系统的本质是dsl 图形化的dsl  4gl1 2. 为什么每个项目系统都需要工作流1 3. 工作流dsl与java .net 这类语言的关系1 4. 一个完整的工作流标准如下2 4.1. 增强标准2 5. BPM系统由三部分组成: 2 6. 工作流的适应性与优缺点2 7. 工作流的趋势::3 8. 现有工作流jbpm 微软wwf的情况3 9. 如何判断图灵完备3 10. 工作流节点存储结构4 11. ---end4…

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea…

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-seq数据分析指南 内容 前言 各位同学/老师,大家好,现在由我给大家讲讲我的文献阅读报告! A survey of best practices for RNA-seq data analysis ,我把它叫做RNA-seq数据分析指南.这篇文章是由佛罗里达大学等单位的研究人员在1月26日发表在Genome Biology上的,该期刊的影响因子有10.8分.这是这篇文章的通讯作者,…

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组…

RNA提取和建库流程对mRNA-Seq的影响 已有 10460 次阅读 2014-8-14 14:21 |个人分类:转录组测序|系统分类:科研笔记|关键词:转录组测序,RNA-Seq,,链特异性RNA-Seq,转录组文库构建,总RNA提取| RNA-seq, 转录组测序, 链特异性RNA-Seq, 转录组文库构建, 总RNA提取   目前RNA-Seq是挖掘不同生长时期及不同胁迫条件下.不同组织细胞中其差异表达基因通常所采用的研究方法,同时还可以鉴定获得新的转录本信息以及不同的可变剪切事件,因而…

原文链接地址:http://www.2cto.com/net/201310/251896.html TCP/IP协议三次握手与四次握手流程解析 TCP/IP协议的详细信息参看<TCP/IP协议详解>三卷本.下面是TCP报文格式图 上图中有几个字段需要重点介绍下:   (1)序号:Seq序号,占32位,用来标识从TCP源端向目的端发送的字节流,发起方发送数据时对此进行标记.   (2)确认序号:Ack序号,占32位,只有ACK标志位为1时,确认序号字段才有效,Ack=Seq+1.   (3)标志…

* 本文主要介绍一些Linux Shell 常用的流程控制语句* 1. if 条件语句:if-then/if-elif-fi/if- else-fi if [条件判断逻辑1];then command1 elif [条件判断逻辑2];then command2 else command3 fi 上面多个语句写在一行的话需要使用;分隔. fi是if的字母反过来写,代表结束if代码块. 条件逻辑判断参照: [链接]: http://www.cnblogs.com/chengmo/archive/20…

# 1 准备工作### 1.1 添加以太网址添加以太网地址,使得gio017可以访问到需要安装的节点.修改gio017上的/etc/hosts,将需要批量操作的节点名以如下方式添加.```[gio017:/etc/hosts]......20.0.2.15 gio01520.0.2.16 gio016......```### 1.2 配置c3配置c3使得可以在gio017上进行批量操作.修改gio017上的/etc/c3.conf,将需要批量操作的节点名以如下方式添加.```[gio017:/e…

第一步:下载Annovar 上Annovar官网下载(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/),现在要邮件注册后才能下载.邮件注册后会给你最新版软件下载地址, 下载后文件为annovar.latest.tar.gz. 第二步:安装Annovar linux系统下用该命令解压 tar zxvf annovar.latest.tar.gz 解压后生成annovar文件夹,里面有6个perl脚本程序和两个…

转自:http://blog.csdn.net/zhenwenxian/article/details/4677604 浅析firmware完整生存和使用流程 1. http://blog.chinaunix.NET/u1/38994/showart_1288259.html request_firmware=>_request_firmware=>fw_setup_device=>fw_register_device=>static int fw_register_device(…

在上一篇的获得我的申请中,可以看到js代码中还包含了预览和完成任务的代码,既然上一篇已经罗列了相关代码,这里也就不重复. 那么需要补充的是,在上边的完成任务的js代码中,我们还调用了getTaskForm请求,目的是从后台获取提交任务时的其他数据,例如指定下一个处理人等,当然了,根据不同的业务逻辑可能有所变化. 那么这个请求对应的后台代码如下,如果弄明白了整个数据库的设计,那么对于这些代码就很容易明白. @RequestMapping(value = "/getTaskForm.do"…

http://www.cnblogs.com/chengmo/archive/2010/10/14/1851434.html nux shell有一套自己的流程控制语句,其中包括条件语句(if),循环语句(for,while),选择语句(case).下面我将通过例子介绍下,各个语句使用方法. 一.shell条件语句(if用法) if语句结构[if/then/elif/else/fi] if 条件测试语句 then action [elif 条件 action else action ] fi 如…

导读 和Java.PHP等语言不一样,linux shell有一套自己的流程控制语句,其中包括条件语句(if),循环语句(for,while),选择语句(case).下面我将通过例子介绍下,各个语句使用方法. 一.shell条件语句(if用法) if语句结构[if/then/elif/else/fi] if 条件测试语句 then action [elif 条件 action else action ] fi shell命令,可以按照分号分割,也可以按照换行符分割.如果想一行写入多个命令,可以通…

连接的三次握手: 1握.client向server发送连接请求,发送的报文是:syn=1,seq number=生成的随机数x .  这时client的状态是SYN_SEND 2握.server从syn=1知道client要进行连接. 然后向客户端回复信息,即ack number=x+1(x是client向server发送的seq number),syn=1,ack=1,seq=随机数y ,同时在server中为client分配系统资源.  这时server的状态是SYN_RECV 3握.cli…

linux shell有一套自己的流程控制语句,其中包括条件语句(if),循环语句(for,while,until),选择语句(case/select).下面我将通过例子介绍下,各个语句使用方法. 1:在shell 中$() 与 ``等效.执行中间包含的命令语句,返回执行结果.2:从效率来说let==(()) > expr > bc.let和(())运行是内建命令,使用相同的算法.3:let 和 expr 的运算是整数运算,不包括浮点预算.4:expr和bc是外部程序,expr的体积几乎等于b…