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利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

首先,下载SHAPEIT. 按照里面的步骤安装完后,将vcf文件进行基因型定相,分四步走. 第一步,将vcf文件转化为plink二进制文件(.bed, .bim, .fam). 这一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具,见如下命令: java -Xmx8g -jar GenomeAnalysisTK.jar -T VariantsToBinaryPed -R GRCh37.fa -V file.vcf --metaData sampleID.fam -mgq 0 -bed…

基因组与Python --PyVCF 好用的vcf文件处理器

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部…

利用vcftools比较两个vcf文件

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s…

bcftools或vcftools提取指定区段的vcf文件（extract specified position ）

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

iOS开发- 生成/解析.vcf文件

vcf, 通讯录导出的一种格式. 一.生成vcf文件 假设要把我们iPhone通讯录里的数据, 生成vcf格式文件. 我们能够借助iCloud. 小技巧:通过iCloud导出iPhone通讯录的方法 当然, 假设你想在应用中, 利用代码生成, 全然能够.先导出通讯录数据, 再解析, 再生成vcf文件就可以. 參考以下代码: -(NSString*)generateVCardStringWithContacts:(CFArrayRef)contacts { NSInteger counter =…

python通用读取vcf文件的类（可以直接复制粘贴使用）

前言   处理vcf文件的时候,需要多种切割,正则匹配,如果要自己写其实会比较麻烦,并且每次还得根据vcf文件格式或者需要读取的值不同要修改相应的代码.因此很多人会选择一些python的vcf的库,但是首先你得安装这个库, 并且有一些库它固定了能够读的内容,如果你的vcf的信息不在它固定的里面,就读不出来.比如最近我想读一个样本的AF,但是它放在最后样本的GT那列,不在INFO那一列,有一些库竟然无能为力.   因此我写了这个通用的读vcf的类,直接复制粘贴这部分代码就可以方便的用这个类进行vc…

Linux 利用进程打开的文件描述符(/proc)恢复被误删文件

Linux 利用进程打开的文件描述符(/proc)恢复被误删文件 在 windows 上删除文件时,如果文件还在使用中,会提示一个错误:但是在 linux 上删除文件时,无论文件是否在使用中,甚至是还是在写入,都可以被 rm 简单地删除 :-< 不过,rm 删除时并非是被真正地擦除,特别是当文件还在被进程打开时,是可以完整地恢复的. linux 的每个文件对应一个 inode 号,它有两个计数 i_count (内存引用计数,当前使用这个文件的进程数量) 和 i_nlink (磁盘引用计数,硬链…

利用Socket远程发送文件

思想: 1.注意使用两个通道,一个普通对象通信通道,另一个纯净的文件字节流通道 2.利用通信通道发送文件请求,新建字节流通道,开始发送文件…

(Unity)Unity自定义Debug日志文件，利用VS生成Dll文件并使用Dotfuscated进展混淆，避免被反编译

Unity自定义Debug日志文件,利用VS生成Dll文件并使用Dotfuscated进行混淆,避免被反编译. 1.打开VS,博主所用版本是Visual Studio 2013. 2.新建一个VC项目,选择类库,取名为JefferyChan,具体步骤如下图: 3.因为要调用Unity中的相关文件,所以这里要引入外部文件.首先在Unity的安装文件夹中找到UnityEngine.dll,我的路径是:D:\Program Files (x86)\Unity\Editor\Data\Managed 如…

使用XML序列化器生成XML文件和利用pull解析XML文件

首先,指定XML格式,我指定的XML格式如下: <?xml version='1.0' encoding='utf-8' standalone='yes' ?> <message> <sms> <body> 陈驰0 </body> <date> 1462162910995 </date> <address> 1380 </address> <type> 1 </type> &…