1.PED简介 PED文件格式是广泛使用的用于连锁系谱数据分析的格式,并用作plink程序的输入.PLINK是一个免费的,开源的全基因组关联分析工集,旨在以高计算效率的方式执行一系列基本的,大规模的分析.PED能够处理二倍体SNP数据. 空格(空格或制表符)分隔的文本文件*.ped 每一行对应一个individual 以下前6列是必须的(id是字母数字): o Family ID (Family ID用来表示家族,同一个家族用同一个family ID表示) o Individual ID (用来…

命令行如下: plink --file FILENAME --make-bed --out FILENAME 第一个FILENAME的后缀为.ped和.map,生成的第二个FILENAME的后缀为.bed..bim..fam 参考链接: https://www.biostars.org/p/203706/…

实验材料 构建的群体,或自然群体,如各地方品种. RAD文库构建 提取DNA后,构建文库,简要步骤如下: ① 限制性内切酶TaqI酶切: ② 连接P1接头: ③ DNA随机打断片断化: ④ 目的片段回收与末端修复: ⑤ 连接P2接头: ⑥ RAD片段富集: ⑦ 上机测序. 参考:Rapid and cost-effective polymorphism identification and genotyping using restriction site associated DNA (RAD…

转自公众号Eric生信小班.学习群体遗传套路 中科院昆明动物园吴东东研究团队联合国外研究团队2019年在Genome Biology发表题为Whole genomes and transcriptomes reveal adaptation and domestication of pistachio的研究论文,利用全基因组和转录组数据,系统研究了开心果在驯化与环境适应上的遗传机制,研究内容和方法采用群体基因组学的常规分析,包括基因组de novo.转录组.群体进化.选择位点分析,可作为群体基因…

1)将vcf转化为plink格式,假定输入的vcf文件名为:17893893-17898893.vcf,也可以参考链接:将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态 /vcftools --vcf 17893893-17898893.vcf --plink-tped --out 17893893-17898893 /plink --tfile 17893893-17898893 --recode --out 17893893-17898893 2) 用PLINK确定要研究的位点是否…

目录 问题 解决 问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅,结果也比较靠谱. 但今天报错如下: $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca.par parameter file: smartpca.par ### THE INPUT PARAMETERS ##PARAMETER NAME: VALUE genotypename: plink.ped snpname: plink.pedsnp indivname: pl…

进入http://browser.1000genomes.org/index.html网站 假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据,“6”表示6号染色体,后面的数据表示距离. 点击“Go”,进入如下界面后,再点击左栏的“Get VCF data” 弹出如下界面,再继续点击“VCF to PED converter” 再点击“Next” 接下来,弹出来的窗口让你选择种族(population),比如有中国CHB,日本JPT,挑选完感兴趣的种族,然后点击“Nex…

遗传算法 1.前言 遗传算法是一种基于生物界自然群体遗传进化机制的自适应全局优化概率搜索算法.它与传统算法不同,不依赖梯度信息,而是通过模拟自然进化过程来搜索最优解. 例子:兔子的遗传进化 有人说,现代医学阻碍了人类的进化?你怎么看? 2．发展历程 遗传算法由密歇根大学的约翰·霍兰德和他的同事于二十世纪六十年代在对细胞自动机(英文:cellular automata)进行研究时率先提出.在二十世纪八十年代中期之前,对于遗传算法的研究还仅仅限于理论方面,直到在匹兹堡召开了第一届世界遗传算法大会.随…

一.为什么要校正case和control数量比例不平衡情况 试问作为生信届人员,最怕的是什么,当然是统计结果不靠谱.统计结果不靠谱包括两方面:一个是假阴性,一个是假阳性.假阴性可以理解为白天鹅被误当成丑小鸭了,假阳性可以理解为一大堆青蛙,你不知道哪个才是你的真命天子.假阴性就罢了,最多让你错过发现真理的机会,但万一假阳性呢,你拿着一个看似完美的结果吭哧吭哧做实验验证,一年半载的周期下来,什么结果都验证不出来,岂不是坑了做实验的人.因此,我们就要在源头上,把这个不靠谱的统计结果杜绝出去. 上一篇文…

本篇讨论的现象可以从下面这段脚本体现出来: >>> x = 0.0 >>> for i in range(10): x += 0.1 print(x) 0.1 0.2 0.30000000000000004 0.4 0.5 0.6 0.7 0.7999999999999999 0.8999999999999999 0.9999999999999999 >>> 即:为什么有几行的输出看起来不对? 因为 Python 中使用双精度浮点数来存储小数.在 Py…