详细的使用说明:http://bedtools.readthedocs.org/en/latest/ Collectively, the bedtools utilities are a swiss-army knife of tools for a wide-range of genomics analysis tasks. The most widely-used tools enable genome arithmetic: that is, set theory on the genom…

Bedtools 是一个很好的用来处理区间的工具,很多时候用这个底层语言编写的小工具比自己写的脚本运行快很多,但是这个工具中的某些功能对输入文件有一定的要求,比如说里面的一个merge函数,这是里面的一个note: Note: bedtools merge requires that you presort your data by chromosome and then by start position (e.g., sort -k1,1 -k2,2n in.bed > in.sorted.…

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864…

我们生信技能书有一篇介绍bedtools的文章,可以在微信里搜着看下,非常有用. http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/ gtf转bed用Linux命令完全可以实现,因为gtf每一行比较规律,不像fasta和fastq. cat gffcmp.combined.gtf | grep -v exon | cut -f1,4,5,9 | cut -f1 -d";" | awk '{print $1, $2, $3, $5}' | sed -e '…

1)背景处理基因组数据中,比较基因组不同区域,例如寻找overlap等,是一种基本的且常见的问题.虽然UCSC 中‘Table Browser’或者Galaxy可以用来处理,但是当这些工具面对大的数据的时候就会显得力不从心.因此,需要一款快速.灵活的软件来批量处理数据集. bedtools是一款用C++编写的小巧且灵活的软件来处理这些复杂的问题,可以用来比较.操作.注释bed和gff文件中的genomic features.它设计主要是在linux环境下,可以和awk.grep.sort 等实现…

1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装, 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码,进行安装 由于访问不了google code,又想编译安装,就从github上下载最新版:https://github.com/arq5x/bedtools2 下载v2.25.0版本的源代码,进行安装 wget https://github.com…

问题:有两个平行测序样本,分别得到1.vcf和2.vcf两个文件,想知道这两个文件有多少个重合点. [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t1 chr1 10 10 chr1 11 11 [wangjq@mgmt CHG029194]$ cat t2 chr1 10 10 [wangjq@mgmt CHG029194]$ /online/software/bedtools-2.25.0/bin/bedtools intersect -a t1 -b t2 chr1 10 10…

原文:https://cloud.tencent.com/developer/article/1078324 前言: bedtools等工具号称是可以代替普通的生物信息学数据处理工程师的!我这里用一个专题来讲解它的用法,其实它能实现的需求,我们写脚本都是可以做的,而且我强烈建议正在学编程的小朋友模仿它的各种功能来增强自己的脚本功力. BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具.而genomic features通常使用Browser Extensib…

目录 问题 思路 问题 原问题来自:How to calculate overlapping genes between two genome annotation versions? 其实可分为两个问题: 一是我组装了一个新的基因组,做了多个注释版本,如何比较它们的feature?比如gene 二是我组装了一个新的参考基因组,并做了注释,想和其他已有的同物种参考基因组比较,如何寻找共有和特有的基因(或其他feature)? 思路 第一个问题是比较好解决的,使用bedtools即可. bedto…

简单说明: 从2.28.0版开始,bedtools使用htslib库支持CRAM格式 除了BAM文件,bedtools默认所有的输入文件都以TAB键分割 除非使用-sorted选项,bedtools默认不支持大于512M的染色体 如果没有使用-sorted参数对染色体按编码顺序进行排序(e.g., sort -k1,1 -k2,2n ),则必须使用-g参数输入相同排序染色体 bedtools要求染色体命名方案在比较文件中是相同的(例如'chr1'和'1'不能同时存在) 1 genomecov 计…