资源: sci-hub paper CellBench package - github CellBench_data - code for the paper 现在单细胞领域的突出问题就是工具过多,但缺乏gold-standard benchmark datasets,没有一定的标准来衡量工具的好坏. 另外人们也不容易根据自己的问题来选择合适的工具,所以保险起见,现在大家都只用最有名气的那几个工具:seurat.monocle.SC3等. 算法是无穷的,随便套几个方法就能组成一个分析方法,做生…

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

单细胞测序技术(single cell sequencing) 2018-03-02 11:02   来源: 一呼百诺  点击次数:6587关键词:   前言 单细胞生物学最近几年是非常热门的研究方向.在这一领域中,最前沿的则是单细胞测序技术.传统测序方法一次处理成千上万个细胞,得到的变异水平也是成千上万个细胞的平均后水平.但是,就如同世界上没有完全相同的两片树叶一样,没有两个细胞是完全相同的.所以,单细胞测序对于研究单个细胞就显得至关重要. 单细胞测序可以揭示出每个细胞独特的微妙变化,甚至可以…

业界良心啊,开源的单细胞课程. 随便看了几章,课程写得非常用心,非常适合新手. 课程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源码地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course…

Title:  Multiclonal Invasion in Breast Tumors Identified by Topographic Single Cell Sequencing 课题的目的和意义: Ductal carcinoma in situ (DCIS,原位导管癌)是一种早期的乳腺癌,很少发展成invasive ductal carcinoma(IDC,浸润型导管癌).由于瘤内异质性和导管中肿瘤细胞数量低,因此很难刻画在侵袭期间的基因组进化过程.为了克服这个障碍,作者开发了To…

生物医疗大数据 安吉丽娜朱莉发现抑癌基因事件,BRCA突变与乳腺癌关联. 个体化测序商品23 and me 多组学数据研究:eg:太空和地球双胞胎发现生化指标差不多. 研究模式和工业模式相结合. 研究模式: 工业模式: 热点:量子计算其实没有研究成果. 未来方向: 传染病预警的技术,eg:flu tracking 抗生素危机 自免疫挑战 微生物群落和健康.eg:iHMP 新生儿/早产儿微生物群落失调,导致慢性疾病,可以使用移植的方法治疗. Cancer:eg:CAR-T 健康的衰老:衰老的迹象…

许多分析软件 : https://github.com/seandavi/awesome-single-cell#software-packages Smart-seq.CEL-seq.SCRB-seq和Drop-seq.Smart-seqSMART(Switching mechanism at 5’ end of the RNA transcript)是一个具有里程碑意义的重要技术.实际上,能够从单细胞生成全长cDNA的测序方案并不多,Smart-seq就是其中之一.对于等位基因特异性表达或者…

The single-cell transcriptional landscape of mammalian organogenesis 老板已经提了无数遍的文章,确实很nb,这个工作是之前我们无法想象得,想想如何把我们的数据和他们的数据整合到一起. 文献阅读 | Molecular Architecture of the Mouse Nervous System 这篇侧重强调的是神经系统的单细胞发育过程测序. Mouse Organogenesis Cell Atlas (MOCA) - 所有…

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另…

周五实验室有同学报告了ICCV2013的一篇论文group sparsity and geometry constrained dictionary learning for action recognition from depth maps.这篇文章是关于Sparsing Coding的.Sparse coding并不是我的研究方向.在此仅仅是做个文献阅读后的笔记,权当开拓下我的视野. 从标题就能够看出,这篇论文试图通过学习到group sparsity和geometry constrain…