1.          Summary The document is about the general idea of the architecture design of the Bitizens game, the detail logic is more complicated than what is documented here, and the actual logic will be somewhat different from what is documented her…

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

路由类 Gene\Router 介绍 Gene\Router 是gene框架的核心类之一,本框架区别于其他常见框架的最大地方就是独特.强大.简单的路由定义等.路由强大灵活,支持回调.类方法:支持rest.http请求方式(get,post,put,patch,delete,trace,connect,options,head)等: 支持定义全局.局部钩子,每个方法可以定义清理全局钩子等. 实例化 初始化路由,传递缓存key,将会把路由配置缓存起来.Gene\Router如果作为gene_appl…

欢迎使用Gene框架 最新版本:V1.2.2 开源地址:https://github.com/sasou/php-gene 作者:sasou 文档地址:http://php-gene.com/doc 概览 介绍 Gene 是一个灵活.强大.简单.高效的c扩展框架.通过精心的设计与高效的技术实现,配合数据库.缓存等类库,带来新的开发体验. 特点概述 简单 :入门快,配置简单: 灵活 :灵活安全的路由,前置.后置注入等: 强大 :配置进程级缓存,路由配置简单强大.支持函数回调.支持rest风格等.…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS Memory Limit: 10000K Total Submissions: 18053 Accepted: 10046 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four let…

题目地址:http://poj.org/problem?id=1080 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C, G, and T. Biologists have been interested in identifyi…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 17206   Accepted: 9568 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four…

Problem Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C, G, and T. Biologists have been interested in identifying human genes and  determin…

Description Input Output Sample Input 3A+00A+A+ 00B+D+A- B-C+00C+ Sample Output bounded Hint 题解 //It is made by Awson on 2017.9.19 #include <map> #include <set> #include <cmath> #include <ctime> #include <queue> #include <…

RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧). 普通的转录组套路并不多,差异表达基因.富集分析.WGCNA network以及一些没卵用的花式分析.DEG分析是基础,up and down,做个富集,了解一下处理后到底是什么通路被改变了:WGCNA主要就是根据相关性来找出一些co-express的gene module. 单细胞的转录组的玩法就比较多了,可以理解为超多样本的普通转录组,普通转录…

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro…

在做单细胞的时候,有很多基因属于noise,就是变化没有规律,或者无显著变化的基因.在后续分析之前,我们需要把它们去掉. 以下是一种找出highly variable gene的方法: The feature selection procedure is based on the largest difference between the observed coefficient of variation (CV) and the predicted CV (estimated by a no…

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte…

题目描述 As a gene engineer of a gene engineering project, Enigma encountered a puzzle about gene recombination. It is well known that a gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C,…

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI…

参考:高通量测序相关名词 Isotig 指在转录组de novo测序时,用454平台测序完成后组装出的结果,一个isotig可视为一个转录本. Isogroup 指转录组de novo测序中,用454平台测序完成后组装出的结果获得的可聚类到同一个基因的转录本群. alternative splicing:可变剪切 gene loci:基因座(wiki), 转录表达谱:又叫基因表达谱,翻译表达谱的话,就是蛋白表达谱. 表达谱差异分析(differential expression profilin…

Human Gene Functions Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others)    Memory Limit: 65536/32768 K (Java/Others) Total Submission(s): 3103    Accepted Submission(s): 1761 Problem Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence,…

MicroRNA in Control of Gene Expression:An Overview of Nuclear Functions微RNA控制基因表达:核功能概述 抽象:小的非编码RNA(ncRNA)能够以序列特异性方式控制基因表达的发现对生物学产生了巨大影响.最近的改进很高吞吐量排序和计算预测方法已经允许发现和几种类型的ncRNA的分类.基于它们的前体结构,生物发生途径和作用模式,ncRNA被分类为小干扰RNA(siRNAs),microRNAs(miRNA),PIWI相互作用的R…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

bitizens.bitguild.com 首个区块链3D艺术品. https://mybitizens.bitguild.com/#/igo https://www.youtube.com/watch?v=MiEFHUgOvMk https://twitter.com/BitGuildPLAT 蔡坚安 AndyC365…

描述 How can millions of different and complex structures be built using only a few simple building blocks? Just ask your DNA. DNA (short for deoxyribonucleic acid) spells out the genetic codes of millions of species, using just four molecules: adenine…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 17805   Accepted: 9917 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four…

题目链接:http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemId=76 解题报告: 1.类似活动安排问题. 2.输出格式要注意. #include <stdio.h> #include <string.h> #include <algorithm> using namespace std; struct gene { int s;///起始 int f;///结束 int index;///编号 } a[];…

题目链接:http://acm.zju.edu.cn/onlinejudge/showProblem.do?problemCode=1027 http://poj.org/problem?id=1080 解题报告: 1.类似于LCS 2.gene[i][j]表示str1[i-1]和str2[j-1]的分值串没有,则应该扣分 3.递推公式 temp1=gene[i-1][j-1]+score[_map[str1[i-1]]][_map[str2[j-1]]]; temp2=gene[i-1][j]…

[POJ 1080] Human Gene Functions 相似于最长公共子序列的做法 dp[i][j]表示 str1[i]相应str2[j]时的最大得分 转移方程为 dp[i][j]=max(dp[i-1][j-1]+score[str1[i]][str2[j]], max(dp[i-1][j]+score[str1[i]]['-'],dp[i][j-1]+score['-'][str2[j]]) ) 注意初始化0下标就好 代码例如以下: #include <iostream> #inc…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS   Memory Limit: 10000K Total Submissions: 19573   Accepted: 10919 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four…

转载: https://github.com/twbattaglia/RNAseq-workflow Introduction RNAseq is becoming the one of the most prominent methods for measuring celluar responses. Not only does RNAseq have the ability to analyze differences in gene expression between samples,…

Gene Expression Omnibus(GEO)是一个公共存储库,可以存档和自由分发由科学界提交的全套微阵列,新一代测序和其他形式的高通量功能基因组数据. 除数据存储外,还提供一系列基于Web的界面和应用程序,以帮助用户查询和下载存储在GEO中的研究和基因表达模式. GEO的数据储存方式 GEO数据库具体存放四类数据:GSE.GDS.GSM.和GPL. 一个GSE号(GSExxx)对应的是整个研究项目的系列的数据,可能涉及不同平台: 一个GDS号(GDSxxx)对应的一个同一平台的数据集…