很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary…

1.prefetch SRRxxxxxx         -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad…

最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"…

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi…

WireShark数据包分析数据封装 数据封装(Data Encapsulation)是指将协议数据单元(PDU)封装在一组协议头和尾中的过程.在OSI七层参考模型中,每层主要负责与其它机器上的对等层进行通信.该过程是在协议数据单元(PDU)中实现的,其中每层的PDU一般由本层的协议头.协议尾和数据封装构成本文选自WireShark数据包分析实战详解清华大学出版社. 为了帮助用户更清楚的理解数据封装过程,下面通过一个实例来说明这个过程.假设某个公司局域网使用以太网,当员工从局域网的FTP服务器下…

CSDN泄漏数据完整分析 2011-12-22 08:59:26 53391 次阅读 0 条评论 感谢mayee的投递 昨天CSDN的用户数据库被人在网上公布.我下载分析了下里面的数据,得出了一些很有意思的现象.泄漏出来的数据只有三列:用户名.密码和邮箱.先来看看密码: 1.最常用的前50个密码 数量           密码 235037    123456789  212761    12345678  76349    11111111  46054    dearbook  34953 …

在HDInsight中从Hadoop的兼容BLOB存储查询大数据的分析 低成本的Blob存储是一个强大的.通用的Hadoop兼容Azure存储解决方式无缝集成HDInsight.通过Hadoop分布式文件系统(HDFS)接口,完整的组件集合在HDInsight能够 在Blob存储数据的直接操作.在本教程中,学习怎样建立一个容器的Blob存储,然后在里面处理的数据. 在BLOB存储中存储的数据能够用于计算的HDInsight集群被安全地删除,而不会丢失用户数据. 注意: 该ASV://语法中不支持…

Elasticsearch简介 什么是 Elasticsearch? Elasticsearch 是一个开源的分布式 RESTful搜索和分析引擎,能够解决越来越多不同的应用场景. 本文内容 本文主要是介绍了ES GEO数据写入和空间检索,ES版本为7.3.1 数据准备 Qgis使用渔网工具,对范围进行切割,得到网格的Geojson 新建索引设置映射 def set_mapping(es,index_name="content_engine",doc_type_name="e…

数据分析一般分为两种,一种是在线一种是离线 流程: 一般都是对于日志文件的采集和分析 场景实例(某个电商网站产生的用户访问日志(access.log)进行离线处理与分析的过程) 1.需求: 基于MapReduce的处理方式,最后会统计出某一天不同省份访问该网站的uv与pv(pv就是点击量,uv是独立访客量). 上图比较典型的Nginx负载均衡+KeepAlive高可用集群架构,访问的信息日志就存在每台web服务器上 日志文件内容如下: 1001 211.167.248.22 eecf0780-2…

气象netCDF数据可视化分析 2019-09-19 15:34:22 自走棋 阅读数 162更多 分类专栏: web前端   版权声明:本文为博主原创文章,遵循CC 4.0 BY-SA版权协议,转载请附上原文出处链接和本声明. 本文链接:https://blog.csdn.net/u013270065/article/details/101024796 前言 NetCDF(network Common Data Form)网络通用数据格式是由美国大学大气研究协会(University Corp…