格式化数据库: makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -parse_seqids -out dbname 参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl -out:数据库名 蛋白序列比对蛋白数据库(blastp): blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_thre…

参考链接: FTP README 如何下载 NCBI NR NT数据库? 下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site   如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库. 脚本使用方法: perl update_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast…

详细可参考https://www.jianshu.com/p/2f125cdf8262:https://blog.csdn.net/qq_34296043/article/details/54427786两篇文章 1)下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 2)解压到文件夹.此处为E:\software\blast_2.8.0_alpha\.会自动出现一个bin文件夹(放置程序,如下图),一个doc文件夹(放置文件).然后…

1)wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.8.0alpha/ncbi-blast-2.8.0-alpha+-x64-linux.tar.gz 2)tar -zxvf ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz 3)mv  ncbi-blast-2.8.0+/ blast 4)echo 'PATH=/home/jxdong/biosoft/blast/bin:$PATH' >> ~/.ba…

1 下载程序 在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载 ncbi-blast-2.2.25+-x64-linux.tar.gz 2 解压 如解压到用户的主目录(/home/***)下,把解压后的文件夹重新命名为blast,则BLAST+的所有程序在目录/home/***/blast/bin下. 3 添加环境变量 打开终端(Terminal),切换为root用户,执行vim /etc/profile 在最末尾添加e…

1.主题 介绍如果通过Pycharm使用本地Git集. 2.准备工作 (1)PyCharm版本为2.7或更高 (2)已经创建一个工程 (3)Git插件可用,对应可执行文件在 Git page页面正确配置 3.创建一个Git集 按下Alt+`显示常用的VCS命令(也可以通过主菜单VCS→VCS Operations Popup),选择Create Git repository命令: Git通过在父目录下创建一个.git文件夹来安装本地版本库.此处我们选择在根目录下创建.git目录: 4.Pycha…

在看Android的文档时,看到了这么一个东西: Loader 究竟是什么东西呢? Introduced in Android 3.0, loaders make it easy to asynchronously load data in an activity or fragment. Loaders have these characteristics: 1.They are available to every Activity and Fragment.  //支持Activity和F…

详见:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初学者(最好还是懂得基本的linux使用),高手可直接忽视.不介绍Windows系统中的安装方法,一是因为思路一样,二是因为Linux中BLAST效率更高,系统更稳定,不会卡死.所以,请用Linux服务器,我想你也不忍心让自己心爱的本本跑几十个小时的程序吧. 请不要因为篇幅长,而觉得很困难,只是为了初学者能懂,叙述比较详(luo)细(s…

上一篇介绍了git的环境安装配置,本篇对git在工作中常用的用法进行总结,已满足大部分的日常工作需求,对于其他的一些git命令用法在今后使用到时我也会更新上来,文中如有错误,欢迎大家指出来,谢谢~ 一.git本地基础用法 1.创建代码仓库 git init 2.加入所有目录到仓库 git add . 3.提交 git commit -m "first commit" 简写 git ci 4.查看git提交状态 git status 简写 git st 5.借助diff查看具体修改的地方…

一.安装Git 在linux系统使用非常方便,只需要打开shell界面,并输入: ? 1 sudo apt-get install git-core 按下回车后输入密码,即可完成Git的安装.但我们可能更多情况下是在windows系统上操作.所以,需要先去官网把git安装包下载下来. 下载后一直下一步完成安装即可. 二.创建代码仓库 首先打开Git Bash配置一下个人身份,这样在提交代码的时候Git 就可以知道是谁提交的了,命令如下 ? 1 2 git config --global user…