笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter2

【笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter2】的更多相关文章

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter2

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi…

读书笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter5

Chapter5 HOW DO WE COMPARE DNA SEQUENCES Bioinformatics Algorithms-An_Active Learning Approach http://bioinformaticsalgorithms.com/ 一. 1983年,Russell Doolitte 将血小板源生长因子[platelet derived growth factor(PDGF),一种刺激细胞增殖的物质]和其它已知基因比对,发现它的序列和原癌基因(oncogen…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter7

一.Lloyd算法算法1 Lloyd Algorithm k_mean clustering * Centers to Clusters: After centers have been selected, assign each data point to the cluster corresponding to its nearest center; ties are broken arbitrarily. * Clusters to Centers: After data points…

笔记 Bioinformatics Algorithms Chapter1

Chapter1 WHERE IN THE GENOME DOES DNA REPLICATION BEGIN 一. ·聚合酶启动结构域会结合上游序列的一些位点,这些位点有多个,且特异,并且分布在两条链上.通过计算,找到出现频率最高的k-mer可能为为聚合酶结合位点:dnaA BOX. 但是如何定位Ori的大概位置呢? ·DNA链复制的不对称性,其导致突变速率的不对称,使得有(forward链C->T,脱氨基)的趋势.由此,依据skew增的处于forward链,skew减的处于revers…

Python Algorithms – chapter2 基础知识

一.渐进记法三个重要的记号 Ο.Ω.Θ,Ο记法表示渐进上界,Ω记法表示渐进下界,Θ记法同时提供了函数的上下界几种常见的渐进运行时间实例三种重要情况最好的情况,最坏的情况,平均情况最坏的情况通常是最有用的情况,可以对算法效率做出最佳保证实证式算法评估 Tip1:If possible, don’t worry about it. Tip2:用timeit模块进行计时 import timeit timeit.timeit("x = 2+2") #0.0032888687498…

How do I learn machine learning?

https://www.quora.com/How-do-I-learn-machine-learning-1?redirected_qid=6578644 How Can I Learn X? Learning Machine Learning Learning About Computer Science Educational Resources Advice Artificial Intelligence How-to Question Learning New Things Lea…

Protocol Informatics (PI项目)【基于网络轨迹的协议逆向工程文献学习】

Protocol Informatics[基于网络轨迹的协议逆向工程文献学习]by tsy 声明: 1)本报告由博客园bitpeach撰写,版权所有,免费转载,请注明出处,并请勿作商业用途.恕作者著作权限制,本页面仅上传图片版本的文献学习文稿. 2)若本文档内有侵权文字或图片等内容,请联系作者bitpeach删除相应部分. 3)本文档内容涉及Protocol Informatics论文主题,该论文为协议逆向工程的入门经典之作,非常值得基于网络轨迹的协议逆向工程的学习. 论文标题为<Network…