REPuter注释叶绿体重复序列

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REPuter注释叶绿体重复序列

REPuter可注释叶绿体重复序列,包括4种类型,Forward(F), Reverse (R), Complement (C), Palindromic (P). REPuter 是可在线注释, 详情可戳参考文献. Robert* REPuter: The Manifold Applications of Repeat Analysis on a Genomic Scale 其中重复序列的4种类型如下所示 1 示例文件操作进入网站后,点击Submission, 而后使用示例文件example…

MISA(在线)注释叶绿体基因组SSR

SSR (Simple Sequence Repeat),即简单重复序列,是一种以PCR技术为核心的DNA分子标记技术,也称为微卫星序列或者串联重复. 简单重复顾名思义就是以很短的序列为一个单元,比如5个碱基(ACGTA),连续进行重复多次的重复.根据重复单元的长短,可将其细分为如下几类. < 6 bp 微卫星DNA 10-60 bp 小卫星DNA 100-300 bp 卫星DNA 等... 今天介绍一款可用于鉴定基因组SSR的软件,MISA 对叶绿体基因组进行SSR的鉴定,因为叶绿体基因组序列…

使用BRAKER2进行基因组注释

来自:https://www.jianshu.com/p/e6a5e1f85dda 使用BRAKER2进行基因组注释 BRAKER2是一个基因组注释流程,能够组合GeneMark,AUGUSTUS和转录组数据. 在使用软件之前,有几点需要注意下尽量提供高质量的基因组.目前随着三代测序价格下降,这一点问题不大. 基因组命名应该简单,最好就是">contig1"或">tig000001" 基因组需要屏蔽重复序列默认参数通常表现效果就很好,但是也要根据物种…

植物基因组|注释版本问题|重测序vs泛基因组

生命组学: 细菌和其他物种比,容易发生基因漂移,duplication和重排. 泛基因组学研究的一般思路是通过comparison找到特殊基因区域orspecific gene,研究其调控机制(即通过一维发现特殊三维结构,再利用一维结构解释特殊结构的形成机制eg:基因保守与保守空间结构vs非保守空间结构,同时找两种不同结构的物理位置分布),并向应用上扩展. 重测序与泛基因组的差异在于,重测序是将新测得的genome与referencegenome比较,辨别其中的差异,而泛基因组是将同一个物种中不…

【基因组注释】RepeatMasker和RepeatModeler安装、配置与运行避坑

目录 1.conda安装 2.配置RepBase 3.RepeatMasker避坑 4.RepeatProteinMask避坑 5.RepeatModeler避坑 6.自定义重复序列库后记 1.conda安装 conda安装虽然简单,但还是有很多坑,而且很多都是隐形的坑. # conda install -c bioconda repeatmasker conda install -c bioconda repeatmodeler repeatmodeler依赖于repeatmasker,因此…

mVISTA 多序列比对叶绿体基因组

mVISTA可对2个或者多个DNA序列进行比较,可以对比对结果进行可视化. 详情请大力戳这里 0 输入文件说明 mVISTA 需要输入的文件有如下几类必须文件邮箱 fasta格式序列文件(或者GENBANK identifier) 上传文件不得> 10 Mb 可选文件比对程序 (一般选第3个即可) a. AVID b. LAGAN c. Shuffle-LAGAN 序列名称(序列名称会显示在结果图片中) 注释文件 (添加注释文件,可显示在结果图片中) 注释文件格式如下 < 106481…

shell注释

sh里没有多行注释,只能每一行加一个#号.只能像这样: #-------------------------------------------- # 这是一个自动打ipa的脚本,基于webfrogs的ipa-build书写: # https://github.com/webfrogs/xcode_shell/blob/master/ipa-build # 功能:自动为etao ios app打包,产出物为14个渠道的ipa包 # 特色:全自动打包,不需要输入任何参数 #------------…