一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,…

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.…

中文名称:江中微型统计分析软件 英文名称: 项目名称:JXUTCMMSAS 项目地址:保密 在研究生最后历时1年的时间里,完成了江中微型统计分析软件V1.0,后续还在不断更新中,将自己的改进算法.机器学习中的常用算法全部集成到该软件中,并通过对外提供调用接口,提供可视化界面,立志让其成为一款普通人可用.机器学习算法研究者调用的软件,让算法研究者们,不需要再重新做重复工作,着眼于算法本身,在已有基础上研究. 1.开发环境 MCR——项目中调用到MATLAB2014A(32bite)的MCR环境的j…

<玩转Django2.0>读书笔记-Django建站基础 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.网站的定义及组成 网站(Website)是指在因特网上根据一定规则,使用HTML(标准通用标记语言下的一个应用)等工具制作并用于展示特定内容相关网页的集合.简单地说,网站是一种沟通工具,人们可以通过网站来发布自己想要公开的咨询,或者利用网站来提供相应的网络服务,也可以通过网页浏览器来访问网站,获取自己需要的咨询或者享受网络服务. 在早期,域名,空间服务器与程序是网站的…

说明:这里是借鉴:晓风残月前辈的博客,他是将泰然网的跑酷教程,用cocos2d-x 2.X 版本号重写的,眼下我正在学习cocos2d-X3.0 于是就用cocos2d-X 3.0重写,并做相关笔记 OK,到昨天为止,我们已经将游戏基本上写完了,这里本来就是别人开源的东西,我这里重写,当然要发布源代码.那么这里有两种方式: 第一种:将我执行成功的整个项目打包,VS2012+win7下的,这样的方式就比較大,可是能够打开打开 Run/proj.win32/Run.sln 就能够啦 另外一种:就是我…

<玩转Django2.0>读书笔记-探究视图 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 视图(View)是Django的MTV架构模式的V部分,主要负责处理用户请求和生成相应的响应内容,然后在页面或其他类型文档中显示.也可以理解为视图是MVC架构里面的C部分(控制器),主要处理功能和业务上的逻辑. 一.构建网页内容 1>.视图函数的retrurn的多种响应类型 在上一个篇博客里我们看到视图函数都是通过return方式返回数据内容的,然后生成响应的网页内容呈现在浏览…

<玩转Django2.0>读书笔记-编写URL规则 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. URL(Uniform Resource Locator,统一资源定位符)是对可以从互联网上得到对资源位置和访问方法对一种简介对表示,是互联网砂锅标准资源的地址.互联网上的每个文件都有一个唯一的URL,用于指出文件的路径为孩子.简单地说,URL就是常说的网址,每个地址代表不同的网页,在Django中,URL也称为URLconf. 一.URL编写规则 如下图所示,在讲解URL编写…

<玩转Django2.0>读书笔记-Django配置信息 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 项目配置是根据实际开发需求从而对整个Web框架编写相应配置信息.配置信息主要由项目对“setting”实现,主要配置有项目路径,密钥配置,域名访问权限,App列表,配置静态资源,配置模板文件,数据配置,中间件和缓存配置. 一.基本配置信息 一个简单对项目必须具备对基本配置信息有:项目路径,密钥配置,域名访问权限,App列表和中间件.以“MyWeb”项目为例,setting…

从零开始搭建.NET Core 2.0 API(学习笔记一) 一. VS 2017 新建一个项目 选择ASP.NET Core Web应用程序,再选择Web API,选择ASP.NET Core 2.0版本 二. 添加API帮助页面 API项目添加 NuGet NSwag.AspNetCore 引用, 然后在添加NSwag设置 运行项目 http://localhost:prot/swagger 即可打开帮助页. public void Configure(IApplicationBuilder…

USB包类型和传输过程  USB是一种串行总线,因此数据都是一位一位传输的,如同串口那样,但是USB在真实物理电路上却不是TTL电平,而是一种差分信号采用NRZI编码,就是用变化表示0,不变表示1,同时在USB中数据时低字节先发送的即LSB.USB中的数据交互最小单位是包一个包由许多域组成,但是统一的是每个包都有同步域开始,然后紧接着PID,这里的PID不是指PID,而是指类似包命令码这么一个意思.PID只用到了低四位,高四位是低四位的取反用于校验PID字段,常见的PID由USB标准中查到如下,…