Sensitivity, specificity, and reproducibility of RNA-Seq differential expression calls RNA-Seq差异表达调用的灵敏度 特异性 重复性 抽象背景:MAQC / SEQC联盟最近编制了一个关键基准,可用于测试微阵列和RNA-seq表达谱分析工具的最新发展.这些客观基准是基础研究和应用研究所需,对临床和监管结果至关重要.超越原始SEQC研究中提出的第一次比较,我们在此提出包括效果的扩展基准常见实验的典型优势.…

Differential expression analysis for paired RNA-seq data 抽象背景:RNA-Seq技术通过产生序列读数并在不同生物条件下计数其频率来测量转录本丰度. 为了鉴定两种条件之间差异表达的基因,重要的是要考虑实验设计以及数据的分布特性. 在许多RNA-Seq研究中,表达数据以多对获得,例如来自相同个体的治疗前和治疗后样品.我们寻求将配对结构纳入分析. 结果:我们提出了一个用于RNA-Seq数据的贝叶斯分层混合模型,以分别考虑变异性来自配对数据结构的…

RNA-Seq differential expression analysis: An extended review and a software tool   RNA-Seq差异表达分析: 扩展评论和软件工具 正确鉴定特定条件之间的差异表达基因(DEG)是理解表型变异的关键.高通量转录组测序(RNA-Seq)已成为这些研究的主要选择. 因此,用于RNA-Seq数据的差异表达分析的方法和软件的数量也迅速增加. 但是,对于最合适的管道还是没有达成共识用于从RNA-Seq数据鉴定差异表达基因的方…

terminology: True positive (TP); False positive (FP): originally negative; True negative (TN); False negative (FN): originally positive; True positive rate (TPR, Sensitivity): TP / (TP + FN); True negative rate (TNR, Specificity): TN / (TN + FP) = 1…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

RNA Sequencing 选择其他单元: RNA Sequencing 国内领先的转录组定序基地 Transcriptome Sequencing可全面性并快速地获得某一物种特定细胞或组织在某一状态下的几乎所有的转录体(transcriptome)及基因序列,可以用于研究物种基因结构和基因功能.选择性剪接和新的转录序列(transcript)预测等.针对转录体定序研究,与全基因体定序研究一样,可分为两种类型:一种未知参考序列  (No Referenece Genome)的物种转录体定序:另…

  欢迎关注博主主页,学习python视频资源 sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 统计项目联系QQ:231469242 用条件概率理解混合矩阵容易得多 sensitivity:真阳性…

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

seq命令Shell内建命令 seq命令用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数. 语法 : seq [选项]... 尾数 seq [选项]... 首数 尾数 seq [选项]... 首数 增量 尾数 选项 -f, --format=格式 使用printf 样式的浮点格式 -s, --separator=字符串 使用指定字符串分隔数字(默认使用:\n) -w, --equal-width 在列前添加0 使得宽度相同 实例: -f选项:指定格式 [root@cobbler6 ~]# 这样的话数字…

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质发挥功能.DNA就像一张绝密的密码图,不能随意被移动,只能被锁在细胞核里.要想知道这些密码,只能像复印一样,将密码图复印到mRNA上,由它们把这些密码带到细胞质中进一步加工成蛋白质,让蛋白质发挥生物学功能.由于这些蛋白质是由mRNA所编码的,因此我们称这些mRNA为编码RNA:相反,那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA. 长期以来,非编码RNA以及被认为是基因组上的Junk或"暗物质",然而,随着2001年人类基因组测序的完成…

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R…

7划分数列(seq.pas/c/cpp) [题目描述] 给你一个有n个元素的数列,要求把它划分成k段,使每段元素和的最大值最小 [输入格式] 第一行两个正整数n,k 第二行为此数列ai [输出格式] 一行一个数,为题目所求答案 [样例输入] 5 2 2 1 3 4 5 [样例输出] 9 [数据规模] 30%数据 n <= 30, k <= 10 100%数据 n <= 100000, k <= n, ai <= 10^9 150%数据 n <= 100000, k &l…

2017-03-02 09:47:42   # seq 1 10结果是1 2 3 4 5 6 7 8 9 10例二:#!/bin/bashfor i in `seq 1 10`;doecho $i;done或者用for i in $(seq 1 10)也可以seq-f, --format=FORMAT      use printf style floating-point FORMAT (default: %g)-s, --separator=STRING   use STRING to se…

一.set 查看set 帮助: bash -c "help set" 选项: -e:任何命令执行失败(非0 status)直接退出 -x: 打印执行过程的命令行.参数 +e:命令执行失败不会中断退出 +x:不打印执行过程的命令行.参数 二.seq seq: 打印数字序列 用法:seq first [incr] last NAME seq -- print sequences of numbers SYNOPSIS seq [-w] [-f format] [-s string] [-t…

seq [OPTION]... LASTseq [OPTION]... FIRST LASTseq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST seq 1000   ‘起始默认是 1,间隔默认也是1 seq 2 1000  ‘间隔默认是1 seq 1 3 10    '从1开始,到10 间隔为3 结果是:1 4 7 10…

//test.py list1 = [1, 2, 3]list2 = [4, 5, 6] print cmp(list1, list2)print len(list1), len(list2)print max(list1), max(list2)print min(list1), min(list2) seq = (7, 8, 9)print seqseql = list(seq)seql.append(10)print seql print seql.count(3)seql.extend(…

前言 我们公司在日志管理方面一直没有统一,主要痛点有: 每个开发人员都是各用各的,存储日志的形式也是五花八门,如:本地文件,数据库,Redis,MongoDB 由于公司访问服务器要通过堡垒机,所以本机无法直连测试或生产环境.如果测试日志是写入本地文件,就需要开发人员只能登录服务器上查看日志,查看非常不方便. 综合以上所述有三种选择: 自己写一个日志系统 找一个现成的 不记录日志了 综合考虑,第三点肯定是不靠谱的,第一点成本太高,公司本来就比较忙,那就只能去找一个现成的了… Seq简介 Seq是运…

之前在<深入理解并行编程>的群里,有个小米的兄弟问了一个问题,服务器A发包给服务器B,Seq是1,但是在未能收到服务器B的报文回复的情况下,发送了rst,但是rst报文中,对应的seq是1461,一堆人都在猜测,为什么seq跳变了,由于当时只看到一半的图片,所以我让他发送完整报文出来之后,我 发现其实rst的seq不是1的原因,并不是因为跳变,而是正常的,因为发送给B的报文,长度为1460,但是这个报文没有得到回复,所以在超时之后,应用程序关闭了这条连接, 导致内核协议栈发送了一个rst报文,…

视频  https://www.bilibili.com/video/av7973580/ 教材 Molecular biology of the gene 7th edition  J.D. Watson et. al 调控RNA 一.细菌中RNA介导的调控 sRNA对翻译的激活与抑制 色氨酸trp操纵子 色氨酸浓度高时: 先导核糖体顺利通过先导RNA的两个Trp密码子 占据位置2 位置3.4形成发夹 形成衰减子(4后面有polyU终止信号) 色氨酸浓度低时: 先导核糖体被两个Trp密码子阻滞…

seq 序列用法: seq [option]...last seq [option]...first last seq [option]...first increment last 例如:seq 5  //1-5 seq 2 5 //2-5 seq 1 2 10 //1-10 基数 seq 2 2 10 //1-10 偶数 -s指定序列的分隔符,横向展示 seq -s "=" 5 生成的序列追加的bqh.txt文件中: seq 1 2 10 >bqh.txt…

seq 是Linux 中一个预设的外部命令,一般用作一堆数字的简化写法. 常用参数: # 不指定起始数值,则默认为 1 -s # 选项主要改变输出的分格符, 预设是 \n -w # 等位补全,就是宽度相等,不足的前面补 0 -f # 格式化输出,就是指定打印的格式 常用操作 seq -s ' ' 1 10 # 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 空格隔开seq 10 100 # 列出10-100 seq 1 10 |tac # 倒叙列出 seq -s '+' 90 100 |bc # 从9…

主要作用:输出联系变化的数字格式:Seq 分割符号 开始 间隔 结束开始默认是1,间隔默认是1,分隔符默认回车一位是结束,两位首末,三位首间隔末,没有四位,开始可以是负数主要参数:-f 指定格式打印-s:用来指定分隔符号[root@localhost shell]# seq 212[root@localhost shell]# seq 1 512345[root@localhost shell]# seq 1 2 5135[root@localhost shell]# seq 1 3 5 23s…

第三章 RNA测序   RNA测序(RNA Sequencing,简称RNA-Seq,也被称为全转录物组鸟枪法测序Whole Transcriptome Shotgun Sequencing,简称WTSS),是基于二代测序技术研究转录组学的方法,可以快速获取给定时刻的一个基因组中RNA的种类和数量. RNA-Seq有助于查看基因的不同转录本.转录后修饰.基因融合.突变/SNP和基因表达随时间的变化,或在不同组中基因表达的差异. RNA-Seq除了可以查看mRNA转录本,还可以查看总RNA.小RN…

功能: seq命令用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数. 语法: seq [选项]... 尾数 seq [选项]... 首数 尾数 seq [选项]... 首数 增量 尾数 选项: -f, --format=格式 使用printf 样式的浮点格式 -s, --separator=字符串 使用指定字符串分隔数字(默认使用:\n) -w, --equal-width 在列前添加0 使得宽度相同 实例: -f选项:指定格式 [root@Gin scripts]# seq -f "%3g"…

用法及参数:  -f, --format=格式      使用printf 样式的浮点格式,默认是g%  -s, --separator=字符串     使用指定字符串分隔数字(默认使用:\n)  -w, --equal-width     在列前添加0 使得宽度相同 -f,指定打印格式 seq默认的格式输出是g%,如果省略了首数,则默认从1开始 [root@Director test]# 指定整型宽度 [root@Director test]# 指定浮点数 [root@Director tes…

1.seq() 用来生成一组数字的函数. Usage: ## Default S3 method:seq(from = 1, to = 1, by = ((to - from)/(length.out - 1)),length.out = NULL, along.with = NULL, ...)seq.int(from, to, by, length.out, along.with, ...)seq_along(along.with)seq_len(length.out) Arguments:…

题意 请你写一个数据结构,支持: 子序列同加 子序列同乘 统计子序列和 题目 线段树裸题,但对于我这种初学者还是非常难写. 我们维护两个标记,一个是在这个节点上作过的所有乘法操作,一个是加法操作,始终保持乘法优先级在前,这就说明,如果原来已经有了加法,那么我们需要把加法让位,即把加法×乘法,然后乘法搞一下原来的值. 对于如果一个操作与一个区间不完全覆盖,我们需要把lazy标记下传,对于下传操作,也需要按照上面的方法计算优先级,同时更新节点sum值. 注意在加法操作时,不要使用节点的add值更新s…

序列(seq) 题目描述 给定 N,A,BN,A,B,构造一个长度为 NN 的排列,使得: 排列长度为 N: 最长上升子序列长度为 A: 最长下降子序列长度为 B. 我们有 SPJ,有解任意给出一组,否则说明无解. 输入 第一行一个整数 TT (1≤T≤101≤T≤10), 表示数据组数. 接下来 T 行,每行三个正整数 N.A.B. 输出 对每组数据: 如果有解,输出两行,第一行一个字符串 Yes,接下来一行 N 个整数,表示排列. 否则, 输出一行一个字符串 No. 样例输入 3 4 2 2…

NAME seq - print a sequence of numbers SYNOPSIS seq [OPTION]... LAST seq [OPTION]... FIRST LAST seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST DESCRIPTION Print numbers from FIRST to LAST, in steps of INCREMENT. -f, --format=FORMAT use printf style floating-po…

本文只总结一些常用的用法,更详细的说明见man seq和 seq --help. seq命令 seq命令用于输出数字序列. 语法格式 Usage: seq [OPTION]... LAST or: seq [OPTION]... FIRST LAST or: seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST options 参数 说明 -f 使用printf样式的浮点格式 -s 指定分隔符,默认是\n -w 使用0填充左边达到数字的最大宽度 实例 打印10以内的正整数 […