snpEff注释结果各区域统计之和大于变异总数？

目录问题一:各区域注释之和大于变异总数? 问题二:注释Region出现Gene和transcript等区域? 问题一:各区域注释之和大于变异总数? snpEff的结果很简单,但常常遇到如下问题. 我的SNP总数: 但是,注释的exon.intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数. 我大概能知道是什么原因.一个snp会落在多个基因上,所以既有可能落在exon,又有可能落在intron区,最后会大于总snp.同样,一个gene有多个转录本也会出现这样的情况.如果…

snpeff注释变异（variants）

1.进入网站http://snpeff.sourceforge.net/,下载snpeff: wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2.解压.安装 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图: 3.注释变异: /path/to/java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > te…

ArcGIS 按多边形区域统计栅格影像的一些信息

在使用ArcGIS对栅格影像进行分析时,难免要进行一些统计类的分析.如统计框选区域的像素的个数,面积.均值等内容. 下面给出使用“Spatial Analyst Tools -- > Zonal --> Zonal Statistics as Table ” 进行操作的例子,以便让GIS开发者有一个开发的思路. 以下为图示的操作过程,不再赘述,亲们只懂得大意就好.不明白的地方请留言.…

python 统计MySQL大于100万的表

一.需求分析线上的MySQL服务器,最近有很多慢查询.需要统计出行数大于100万的表,进行统一优化. 需要筛选出符合条件的表,统计到excel中,格式如下: 库名表名行数 db1 users 1234567 二.统计表的行数统计表的行数,有2中方法: 1. 通过查询mysql的information_schema数据库中INFODB_SYS_TABLESTATS表,它记录了innodb类型每个表大致的数据行数 2. select count(1) from 库名.表名下面来分析一下这2…

地上有一个m行和n列的方格。一个机器人从坐标0,0的格子开始移动，每一次只能向左，右，上，下四个方向移动一格，但是不能进入行坐标和列坐标的数位之和大于k的格子。例如，当k为18时，机器人能够进入方格（35,37），因为3+5+3+7 = 18。但是，它不能进入方格（35,38），因为3+5+3+8 = 19。请问该机器人能够达到多少个格子？

// test20.cpp : 定义控制台应用程序的入口点. // #include "stdafx.h" #include<iostream> #include<vector> #include<string> #include<queue> #include<stack> #include<cstring> #include<string.h> #include<deque> #incl…

Mysql查询优化之触发器加中间表方法优化count()统计大数据量总数问题

转载请注明原文地址:http://www.cnblogs.com/ygj0930/p/6138288.html 在上一篇博文我们提到,分页有三种方法.其中,第三种是我们最常用的.然而,在实际应用过程中我们会发现,select count(*) from tname 语句在统计某表内记录总数时,如果表内数据量达到一定规模(比如100W条),这个语句就会执行得非常慢.有什么办法可以加快统计出表内记录总数呢? 这里,我们需要借助一个中间表来记录数据库内各表记录总数.然后,在我们需要知道某表的记录总数来…

TP中统计指定字段的总数

如统计已激活设备数量和未激活设备数量 $condition = [ ['member_id', '=', $member_id] ]; $field = [ 'COUNT(IF(active_member_id > 0, 1, null)) as actived_num', 'COUNT(IF(active_member_id = 0, 1, null)) as unactived_num', ]; $list = $this->where($where)->field($field)-…

突变注释工具SnpEff,Annovar,VEP,oncotator比较分析--转载

https://www.jianshu.com/p/6284f57664b9 目前对于variant进行注释的软件主要有4个: Annovar, SnpEff, VEP(variant Effect Predictor), Oncotator, 选择合适的软件注释variants对于下游分析是很关键的, 今天我们来比较下这4种软件在variants 注释上的差异,进而帮助我们选择更合适的注释软件. 首先简要介绍下这4个软件的一些特点: Oncotator: 主要用于癌症特异性突变位点的注释,下面…

Python实现C代码统计工具(一)

目录 Python实现C代码统计工具(一) 声明一. 问题提出二. 代码实现三. 效果验证四. 后记 Python实现C代码统计工具(一) 标签: Python 代码统计声明本文将基于Python2.7脚本语言,实现一个简易的C代码统计工具. 本文同时也发布于作业部落,视觉效果略有不同. 一. 问题提出代码规模较大时,不易对其做出准确的评估.通过代码统计工具,可自动分析和统计软件项目中的文件行数.有效代码行数.注释行数及空白行数,提供准确而直观的代码量报告.基于这种定量报告,可以有…

java内存区域与内存溢出

JVM的内存区域划分: jvm的内存区域分为5部分:程序计数器,虚拟机栈,本地方法栈,堆跟方法区. 程序计数器,虚拟机栈,本地方法栈三部分是线程私有的,堆跟方法区是公共的. 1.程序计数器是一块较小的内存区域,用于记录当前线程运行的位置,可以看做是程序所执行的字节码的行号指示器.如果正在执行的是一个java方法,则计数器记录的是正在执行的虚拟机字节码指令地址:如果正在执行的是native方法,则计数器值为undefined.该部分也是jvm中唯一不会内存溢出的区域.说白了,以jvm规范的设计来…

PHP统计当前在线用户数实例

HTML 我们在页面上放置一个显示当前在线人数的div#total以及一个用于展示访客地区分布的列表#onlinelist,默认我们在列表中放置一张与加载动画图片,后面我们用jQuery控制当鼠标滑向时展示详细列表. <div class="demo"> <div id="total">当前在线:<span id="onlinenum"></span></div> <ul id=&…

2. Sentinel源码分析—Sentinel是如何进行流量统计的？

这一篇我还是继续上一篇没有讲完的内容,先上一个例子: private static final int threadCount = 100; public static void main(String[] args) { initFlowRule(); for (int i = 0; i < threadCount; i++) { Thread entryThread = new Thread(new Runnable() { @Override public void run() { whi…

《深入理解java虚拟机》读书笔记-第二章Java内存区域和内存溢出异常

java1.7和java8的jvm存在差异,本文先按照<深入理解java虚拟机>的讲解内容总结,并将java8的改变作为附录放在文末一丶运行时数据区域图:java虚拟机运行时数据区 1.程序计数器概念与作用: 一块较小的内存空间,可以看作时当前线程执行字节码的行号指示器,字节码解释器通过控制改变这个计数器的值来选取下一条需要执行的字节码指令,它是程序控制流的指示器,分支,循环,跳转,异常处理,线程恢复等基础功能都需要依赖程序计数器完成. 线程私有的为什么要设计成线程私有的: jav…

[LeetCode] Minimum Size Subarray Sum 最短子数组之和

Given an array of n positive integers and a positive integer s, find the minimal length of a subarray of which the sum ≥ s. If there isn't one, return 0 instead. For example, given the array [2,3,1,2,4,3] and s = 7,the subarray [4,3] has the minimal…

[LeetCode] 3Sum 三数之和

Given an array S of n integers, are there elements a, b, c in S such that a + b + c = 0? Find all unique triplets in the array which gives the sum of zero. Note: Elements in a triplet (a,b,c) must be in non-descending order. (ie, a ≤ b ≤ c) The solut…

基于GIS的旅游辐射区人口统计

在旅游规划中,考虑旅游景点周边的人口负载量是很重要的一个方面,这将直接影响资源的投入和配置,开发潜力和规模等.基于GIS可以将人口信息进行空间化的展示,还可以通过空间分析的方法计算出旅游景点辐射区的人口负载量,从而为规划提供依据.我们需要的就是去找到人口数据和旅游景点的数据,让ArcGIS来帮助我们统计出旅游辐射区的人口信息. 一.数据获取我们可以从该网站上下载到GRID格式的人口密度栅格数据,http://sedac.ciesin.columbia.edu/data/set/gpw-v3-p…

Java内存区域 - 深入Java虚拟机读后总结

Java虚拟机在执行Java程序的过程中会把所管理的内存划分为若干个不同的数据区域,这些区域有各自的用途,有各自的创建时间和销毁时间,有的区域随着虚拟机进程的启动而存在,有的区域则是依赖用户线程的启动和结束进行建立或销毁.Java虚拟机第二版规定,虚拟机管理的内存包含以下几个运行时数据区域程序计数器:程序计数器(Program Counter Register)是一块较小的内存空间,作用可以理解为是当前线程所执行的字节码的行号指示器.Java虚拟机的多线程是通过线程切换以及分配处理器执行时…

java运行时数据区域

数据区域有:程序计步器,虚拟机栈,本地方法栈,java堆,方法区程序计步器: 它是一块较小的内存空间,它的作用可以看做是当先线程所执行的字节码的信号指示器. 每一条JVM线程都有自己的PC寄存器,各条线程之间互不影响,独立存储,这类内存区域被称为“线程私有”内存在任意时刻,一条JVM线程只会执行一个方法的代码.该方法称为该线程的当前方法(Current Method) 如果该方法是java方法,那PC寄存器保存JVM正在执行的字节码指令的地址如果该方法是native,那PC寄存器的值是un…

【iOS】7.4 定位服务->2.1.3.3 定位 - 官方框架CoreLocation 功能3:区域监听

本文并非最终版本,如果想要关注更新或更正的内容请关注文集,联系方式详见文末,如有疏忽和遗漏,欢迎指正. 本文相关目录: ================== 所属文集:[iOS]07 设备工具 ================== 7.4 定位服务->1.0 简介 7.4 定位服务->2.1.1 定位 - 官方框架CoreLocation: 请求用户授权 7.4 定位服务->2.1.2 定位 - 官方框架CoreLocation: CLLocationManager位置管理器 7.4 定…

深入理解JAVA虚拟机之JVM性能篇---基础知识点（运行时数据区域）

一. 运行数据区域划分各个数据区域功能如下: 1. 程序计数器: 较小的一块内存空间,可以看做是当前线程所执行的字节码的行号指示器,每条线程都有一个独立的程序计数器,各条线程之间计数器互不影响,独立存储,这类内存区域称为"线程私有"的内存. 如果线程正在执行的是一个Java方法,这个计数器记录的是正在执行的虚拟机字节码指令的地址: 如果正在执行的是Native方法,这个计数器值则为空: 此内存区域是唯一一个在JAVA虚拟机规范中没有规定任何OutOfMemoryError情况的区域.…

详细分析du和df的统计结果为什么不一样

今天有个人问我du和df的统计结果为什么会不同.给他解析了一番,后来想想还是写篇文章从原理上来分析分析. 我们常常使用du和df来获取目录或文件系统已占用空间的情况.但它们的统计结果是不一致的,大多数时候,它们的结果相差不会很大,但有时候它们的统计结果会相差非常大. 例如: ##### df的统计结果 [root@xuexi ~]# df -hT Filesystem Type Size Used Avail Use% Mounted on /dev/sda2 ext4 18G 1.7G 15G…

Java内存区域和内存溢出异常

前言对于java程序员来说,在虚拟机自动内存管理的机制的帮助下,不再需要为每一个new操作去写配对的delete/free代码,不容易出现内存泄漏和内存溢出的问题,由虚拟机管理内存,这一切看起来都很美好.不过,也正是因为java程序员把内存控制的权利交给了java虚拟机,一旦出现内存泄漏和溢出方面的问题,如果不了解虚拟机是怎样使用内存的,那么排查错误将会成为一项艰难的工作.所以本篇博文主要介绍java虚拟机内存的各个区域. 运行时数据区域运行时数据区域就是指虚拟机在运行java程序时,把虚拟…

[Swift]LeetCode363. 矩形区域不超过 K 的最大数值和 | Max Sum of Rectangle No Larger Than K

Given a non-empty 2D matrix matrix and an integer k, find the max sum of a rectangle in the matrix such that its sum is no larger than k. Example: Input: matrix = [[1,0,1],[0,-2,3]], k = 2 Output: 2 Explanation: Because the sum of rectangle [[0, 1],…

按照不规则多边形shp文件分割底层栅格文件tif,统计不同栅格的属性值

我想做到,按照voronoi多边形分割地图土地利用类型文件,统计每个多边形内不同地物的种类和数量.-----如图: 我的第一个想法是:首先用上层多边形将下层栅格图切割开来,然后就可以分别统计栅格内的地物总数了. 矢量分割栅格目前可能有三种方法: 方法1:data management ----raster----split raster 按多边形分割栅格数据--我的电脑并不能出结果,统一坐标系也不能,无解,,, 方法2:先用split将voronoi多边形矢量文件的多边形全部切分开成一个一个的多…

leetcode 刷题（1）--- 两数之和

给定一个整数数组和一个目标值,找出数组中和为目标值的两个数. 你可以假设每个输入只对应一种答案,且同样的元素不能被重复利用. 示例: 给定 nums = [2, 7, 11, 15], target = 9 因为 nums[0] + nums[1] = 2 + 7 = 9 所以返回 [0, 1] 应该注意问题:1.数组是否可以改变原来顺序.2.同样的元素是否可以被重复利用.3.是否存在多组解.4.时间复杂度.5.空间复杂度. 方法1:利用 map,时间复杂度 O(n),空间复杂度 O(n). c…