这类报错在我使用bcftools index file.vcf.gz进行index出现的. 解决办法是换用tabix进行index,命令为tabix -p vcf file.vcf.gz. 用tabix就可以成功解决.…

运行 react-native start 报错 执行这2个进行清除缓存问题 yarn start -- --reset-cache  npm start -- --reset-cache  …

产生这个报错的原因是我当时将样式写到了less文件,我在div中使用的使用应该是使用className = ,而我误写了一个style = .style里面当然没有自定义的className,所以产生报错,举个例子,你的className叫mycontent,自然style里面不会有的.所以报错,遇到此报错细心查找一下即可.…

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di…

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi…

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里…

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方…

ES进行如下聚合操作时,会报如题所示错误: ➜ Downloads curl -XPOST 'localhost:9200/bank/_search?pretty' -d ' { "size": 0, "aggs": { "group_by_state": { "terms": { "field": "state" } } } }' 提示报错如下: { "error"…

1.下载安装bedtools: 2.生成bed文件:标准的bed文件格式如下: chr7 127471196 127472363 Pos1 0 + 127471196 127472363 255,0,0 chr7 127472363 127473530 Pos2 0 + 127472363 127473530 255,0,0 chr7 127473530 127474697 Pos3 0 + 127473530 127474697 255,0,0 chr7 127474697 127475864…

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge…

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v…

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz…

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg…

vcf文件的全称是variant call file,即突变识别文件,它是基因组工作流程中产生的一种文件,保存的是基因组上的突变信息.通过对vcf文件进行分析,可以得到个体的变异信息.嗯,总之,这是很重要的文件,所以怎么处理它也显得十分重要.它的文件信息如下: 文件的开头是一堆以“##”开始的注释行,包含了文件的基本信息.然后是以“#”开头的一行,共9+n个部分,前九部分标注的是后面行每部分代表的信息,相当于表头.后面部分是样本名称,可以有多个.注释行结束后是具体的突变信息,每一行分为9+n个部…

Sahi (3) -- 压力测试Load Test以CAS SSO登陆场景为例(103 Tutorial) jvm版本: 1.8.0_65 sahi版本: Sahi Pro 6.1.0 参考来源: Sahi官网 Sahi Quick Tutorial Sahi官方文档:压力测试 Sahi社区论坛:SAHI for performance testing Sahi (1) -- 快速入门(101 Tutorial) Sahi (2) -- https/SSL配置(102 Tutorial)) Sa…

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1…

R, Bioconductor filterVcf: Extract Variants of Interest from a Large VCF File (Paul Shannon) We demonstrate three methods:  filtering by genomic region,  filtering on attributes ofeach specific variant call, and intersecting with known regions of int…

使用log4net,在win7上可以正常使用,但是在部分xp电脑上可以生成access数据库,但是无法写数据到mdb 排除了程序原因,怀疑是xp缺少什么dll之类的 偶然查到log4net的调试方法: 第1步: (1)如果是配置在app.confing等confing文件中,在appSettings节点中增加名称为“log4net.Internal.Debug”的节点,并确保值为“true" <configuration> <appSettings> <add ke…

安装compass时,提示 Fetching: sass-.gem (%) Successfully installed sass- Fetching: ffi-.gem (%) Building native extensions. This could take a while... ERROR: Error installing compass: ERROR: Failed to build gem native extension. current directory: /usr/lib…

目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f…

VCF2Dis,是一款计算根据vcf文件计算距离矩阵的小工具 1 安装 下载后 tar -zxvf VCF2DisXXX.tar.gz cd VCF2DisXXX make # 添加环境变量即可 2 示例文件进行简单使用 Usage: VCF2Dis -i <in.vcf> -o <p_dis.mat> #1.0) Parameters can used as short letter Such as : [-i] short for [-InPut], [-o] for [-Ou…

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意…

tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2…

https://blog.csdn.net/alan_liuyue/article/details/78926015 https://blog.csdn.net/ypc123ypc/article/details/69945031 Usage: bin/logstash [OPTIONS] Options: -n, --node.name NAME Specify the name of this logstash instance, if no value is given it will d…

日志显示报错如下: PHP message: PHP Warning: session_start(): open(/) 报错显示无法打开 seesion 文件,没有权限,所以需要给 /var/lib/php/session/ 添加权限 可以直接设置可读写的权限 chmod -R /var/lib/php/session/ 或者重新设置 seesion 的存储路径,修改 php.ini 中的 session.save_path = 修改为 /home/tmp/,并设置权限  0777  sess…

一.基础知识梳理MUA (Mail User Agent) MUA 既是"邮件使用者代理人",因为除非你可以直接利用类似 telnet 之类的软件登入邮件主机来主动发出信件,否则您就得要透过 MUA 来帮你送信到邮件主机上头去. 最常见的 MUA 像是 Mozilla 推出的Thunderbird ( 雷鸟 ) 自由软件, 或者是 Linux 桌面 KDE 常见的 Kmail ,及Windows 内件的 Outlook Express (OE) 等 .MUA 主要的功能就是收受邮件主机…

现在的公司由于绝大部分项目都采用分布式架构,很早就采用ELK了,只不过最近因为额外的工作需要,仔细的研究了分布式系统中,怎么样的日志规范和架构才是合理和能够有效提高问题排查效率的.经过仔细的分析和研究,确定下面的架构应该是比较合理的之一(Filebeat也支持直接写到ES),如果可以的话,Filebeat也可以不直接连到Logstash,先写到kafka,然后从kafka写到logstash的kafka插件.关于ELK的各种架构以及优缺点,可以参考https://www.ibm.com/deve…

systemctl命令是系统服务管理器指令,主要负责控制systemd系统和服务管理器,它实际上将 service 和 chkconfig 这两个命令组合到一起. CentOS 7.x开始,CentOS开始使用systemd服务来代替daemon,原来管理系统启动和管理系统服务的相关命令全部由systemctl命令来代替. Systemd是一个系统管理守护进程.工具和库的集合,用于取代System V初始进程.Systemd的功能是用于集中管理和配置类UNIX系统. 在Linux生态系统中,Sy…

0x00 简介 现在的公司由于绝大部分项目都采用分布式架构,很早就采用ELK了,只不过最近因为额外的工作需要,仔细的研究了分布式系统中,怎么样的日志规范和架构才是合理和能够有效提高问题排查效率的. 经过仔细的分析和研究,确定下面的架构应该是比较合理的之一(Filebeat也支持直接写到ES),如果可以的话,Filebeat也可以不直接连到Logstash,先写到kafka,然后从kafka写到logstash的kafka插件. 关于ELK的各种架构以及优缺点,可以参考. 首先,不管是不是分布式架…

1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq > test_2.sai bwa sampe ref.fa -r "@RG\tID:<ID>\tLB:<LIBRARY_NAME>\tSM:<SAMPLE_NAME>\tPL:ILLUMINA" test_1.sai test_2.sai test_1…