PhiX Control v3 is a reliable, adapter-ligated library used as a control for Illumina sequencing runs. The library is derived from the small, well-characterized PhiX genome, offering several benefits for sequencing and alignment. The versatile PhiX C…

http://support.illumina.com/help/BaseSpace_App_WGS_BWA_help/Content/Vault/Informatics/Sequencing_Analysis/Apps/swSEQ_mAPP_WGS_BWA_VCFEntries.htm…

大家基本都知道什么是 FASTA 和 FastQ 格式了,但这是不够的. 我们还需要了解世界上最大的测序公司自己定制的 FastQ 格式,因为你可能会经常用到,有时还会亲自去处理它们. 本文主题:Illumina 测序数据中的 Index Fastq格式详解 @FCHCGKFBCXY:1:1101:1110:2162#AACAGCACCTAGCA_GTAGTGCG/1 ATGTATACTATTGTATGTGAAATGGATCACCAGTCCAGGTTCAACGCCCGAGACAGGGTGCTCA…

illumina SBS测序详解 2018年01月02日 09:33:56 sixu_9days 阅读数:9789 标签: 生物信息学二代测序 更多 个人分类: 测序原理   最近回头重新看了illlumina paired end sequence的测序原理视频,发现了以前没有注意的一些问题,而这些问题也是大家平时容易搞错的,因此花了几天时间将illumina 的paired end sequence 从构建文库到上机测序的整个过程以及原理较为详细的写了出来. 基础知识:illumina测序的…

Illumina Nextseq500 Miseq HiseqXten 测序仪 Q-score均采用下面的编码格式,仅作简要介绍. Q-score Q-score 在fastq中每个序列的第4行,代表测序错误的概率. Quality Score Q(X) ## Error Probability P(~X) Q40 ## 0.0001 (1 in 10,000) Q30 ## 0.001 (1 in 1,000) Q20 ## 0.01 (1 in 100) Q10 ## 0.1 (1 in 1…

illumina技术: 工具:flowcell(流动池):8通道,每个通道都有 2种DNA引物 种在玻璃表面(用共价键连到Flowcell上),这引物和文库中的接头互补    Flowcell:8个line,,line:上下两个表面,,面:3个扫描通道swath,,swath:16个方块tile 文库制作:超声打断DNA,用酶补平,用Klenow酶加碱基,用连接酶 在双端 加特定接头,形成DNA混合物 称为DNA文库. 特点1,中间为待测序列: 特点2,两端接头序列人工加上去,已知,大有文章可做…

一些常用基本概念的介绍: flowcell流动池 是指Illumina测序时,测序反应发生的位置,1个flowcell含有8条lane lane通道 每一个flowcell上都有8条泳道,用于测序反应,可以添加试剂,洗脱等等 tile 每一次测序荧光扫描的最小单位 reads 指测序的结果,1条序列一般称为1条reads bp base pair碱基对,用于衡量序列长度 双端测序 指一条序列可能比较长如500bp,我们可以两端每端各测150bp junction 上面说的双端测序,中间会留有20…

蕾妮·瓦林特(Renee Valint)的女儿谢尔碧(Shelby)在2000年出生时.看起来虚弱无力,就如同一仅仅耷拉着的布娃娃.谢尔碧学着走路和说话,但学得很慢.错过了儿童发展的重要阶段.到4岁时.她还仅仅能坐在轮椅上.到五年级时,她開始要用电子语音设备与人交流.绝望无助的蕾妮把女儿从菲尼克斯带到明尼苏达州罗切斯特的梅奥诊所(Mayo Clinic).进行最后一周的检查.并与美国最好的一些医生讨论病情. "他们都把手一摊,说:'我们不知道她出了什么问题.'"蕾妮说道,"那…

解析Illumina+PacBio组装策略 (2016-12-08 13:21:58) 转载▼     基于Illumina和PacBio平台的“二加三”组装策略,巧妙的融合了PacBio平台超长读长.无PCR扩增和Illumina平台成本低等优势,成为目前基因组研究最经济有效的方式.那么问题来了,这个“二加三”策略究竟是如何利用两种平台测序数据的?是以二代数据为主还是以三代数据为主?今天,小编将为您揭晓答案. 方案一:以三代数据为主,通过三代数据进行组装,使用二代数据对三代数据进行纠错. 这是…

一.芯片数据 此次拿到的illumina芯片数据并不是原始的数据,已经经过GenomeStudio软件处理成了finalreport文件,格式如下: 之前没处理过芯片数据,对于这种编码模式(Forward,top AB)的基因型数据很疑惑,查了很多资料,收效甚微.看过建明大神对芯片这块儿的介绍,发现里面的门门道道太多了,也有些R包可以直接处理芯片原始数据的:问题是我没有最初的原始数据啊OTZ.最后找打一个比较靠谱的工具,直接根据finalreport文件和map文件转格式. 二.工具 工具:SN…