Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:…

1)背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息,其中许多基因信息在基因组之间是共享的,而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方,因此这些格式会显得格外冗余.这就迫切需要一种新的格式来记录高效的记录这些变异信息.VCF(Variant Call Format)就是这样一种用来贮存基因序列变异信息的文本文件(通常是压缩格式). 2)VCF格式简介 VCF 格式文件包含有2部分:1)…

Android sdk 支持vcf处理的(忘记最低哪个版本开始支持的了,可以查一查) 备注:此代码来自Stack Overflow(原地址找不到了,o(╥﹏╥)o) 1. 导出联系人为vcf格式 Contact provider中有ContactsContract.Contacts.CONTENT_VCARD_URI的定义,说明他是支持vCard规范的 package com.mygmer.contactstest; import java.io.File; import java.io.Fil…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_7110867f0101njf5.html http://www.cnblogs.com/liuhui0622/p/6246111.html http://vcftools.sourceforge.net/specs.html http://en.wikipedia.org/wiki/Variant_Call_Format http://blog.sina.com.cn/s/blog_74cbb8e80101f8ic.html…

最近在整理文件,准备把vcf文件转化为Excel格式,或者CSV格式,网上搜了一堆资料,还真有人专门开发出转化格式的工具:叫vcf2csv(下载地址http://vcf2csv.sourceforge.net/#links),赶紧下载安装,开始转化,结果弹出行列不一致的错误,遂放弃. 尝试了一堆无用的工具以后,想着能不能用R的write.csv来实现转化,结果顺利解决.现将示例代码演示一下: data<-read.table("/path/data.vcf",header=F)…

项目中经常会用到将JS日期格式化输出为 标准格式(2020-11-01 22:33:44)的问题.写个精简版的,代码如下: function formatDate(d){ d = d || new Date(); let f = (v) => ('0' + v).substr(-2); return d.getFullYear() + '-' + f(d.getMonth() + 1) + '-' + f(d.getDate()) + ' ' + f(d.getHours()) + ':' +…

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz…

Atitit.常见软件 数据 交换格式 标准 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio1 2. 通用格式json yaml phpstr1 3. 专用格式1 4. 用户信息vcf 通讯录导出的一种格式1 5. News  ,rss vs atom2 6. 商品信息excel2 1. 常见的数据格式txt ,doc ,pic,music ,vodio 2. 通用格式json yaml phpstr 3. 专用格式 作者::  ★(attilax)>>>   …

ez-vcard https://github.com/mangstadt/ez-vcard 目前最新的版本已经更新到0.9.8 起初使用该jar包的时候,是0.9.3,当时遇到一个很尴尬的问题, 就是在将联系人转化为vcf卡片文件之后, 用Android手机原生的vcf导入联系人的功能进行导入, 结果是不支持头像的解析. 高兴的是,目前0.9.8版本,已经修复了这方面的问题. 通过VCF格式传输完整的联系人信息,再也不是梦了 感谢这个开源项目的作者,希望该项目越来越完善. 关于这个jar包的如…

PS:尽量不要用什么豌豆荚啊.微信啊.QQ啊之类的通讯录备份,那就等于把自己的通讯录免费送给腾讯他们了....还是自己手动的好一些,但是小白用户或者经常丢手机的卖就卖吧,总比联系人都丢了要好~~~ 默认的 什么诺基亚PC套件啊,什么windows通讯录啊,豌豆荚啊 之类的到处的VCF格式的文件编码都不一样,所以再导入到手机的时候中文部分就会出现乱码. 先说下把多个VCF文件合并成一个. 导出的vcf联系人是一个人一个VCF文件,一个一个导入太慢了.现有如下方法合并VCF文件:1.C盘根目录下建c…