生物医学大数据 Methyl-SeqDNA的甲基化图谱 DNase I-Seq全基因组染色质DNA的开放程度.非基因编码区的调控元件的分布 DNase I高敏感位点:基因处于转录活性状态时,其染色质结构处于相对松散的状态,DNaseⅠ易于接触到染色体DNA,这个区域的DNA对DNase I敏感性就比无转录活性的区域高 eg:小鼠和human比对有同源性,OR gene family DNase I图谱技术 传统方法:Southern blot 细胞核提取--核酸酶提取---富集--识别 Sout…

utility.py:: FutureWarning: Using a non-tuple sequence for multidimensional indexing is deprecated; use `arr[tuple(seq)]` instead of `arr[seq]`. In the future this will be interpreted as an array index, `arr[np.array(seq)]`, which will result either…

DNA甲基化研究概述 生信技能树 已关注 2018.01.23 11:43 字数 993 阅读 183评论 0喜欢 1 DNA甲基化(DNA methylation)是最早被研究的重要表观遗传修饰之一,基于芯片和下一代测序的高通量技术为DNA甲基化的广泛检测提供了技术平台.包括,WGBS,RRBS,microarray (27K/450K/850K),MeDIP-seq,MRE-seq 甲基化芯片 Infinium HumanMethylation27 / 450 BeadChip芯片(以下简称…

seq命令简述 seq命令比较常用,在需要做循环的时候用于产生一个序列是再合适不过的工具了,常用方法也比较简单: Usage:      seq [OPTION]... LAST      seq [OPTION]... FIRST LAST      seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST Print numbers from FIRST to LAST, in steps of INCREMENT. # 以INCREMENT为步长打印从FIRST到LAST的…

# Deal with .seq format for video sequence # Author: Kaij # The .seq file is combined with images, # so I split the file into several images with the image prefix # "\xFF\xD8\xFF\xE0\x00\x10\x4A\x46\x49\x46". import os.path import fnmatch import…

seq [OPTION]... LASTseq [OPTION]... FIRST LASTseq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST seq 1000   ‘起始默认是 1,间隔默认也是1 seq 2 1000  ‘间隔默认是1 seq 1 3 10    '从1开始,到10 间隔为3 结果是:1 4 7 10…

数据集是 seq 文件的处理办法 2017-03-17 最近下了一个数据集,是 seq 格式的,第一次处理这种数据.使用了官方提供的 matlab 工具包:https://pdollar.github.io/toolbox/index.html 先下载咯: 然后,添加工具包的路径: Simply unzip, then add all directories to the Matlab path: >> addpath(genpath('path/to/toolbox/')); savepat…

之前在<深入理解并行编程>的群里,有个小米的兄弟问了一个问题,服务器A发包给服务器B,Seq是1,但是在未能收到服务器B的报文回复的情况下,发送了rst,但是rst报文中,对应的seq是1461,一堆人都在猜测,为什么seq跳变了,由于当时只看到一半的图片,所以我让他发送完整报文出来之后,我 发现其实rst的seq不是1的原因,并不是因为跳变,而是正常的,因为发送给B的报文,长度为1460,但是这个报文没有得到回复,所以在超时之后,应用程序关闭了这条连接, 导致内核协议栈发送了一个rst报文,…

seq 序列用法: seq [option]...last seq [option]...first last seq [option]...first increment last 例如:seq 5  //1-5 seq 2 5 //2-5 seq 1 2 10 //1-10 基数 seq 2 2 10 //1-10 偶数 -s指定序列的分隔符,横向展示 seq -s "=" 5 生成的序列追加的bqh.txt文件中: seq 1 2 10 >bqh.txt…

有时候可能有这样的需要:用Shell生成类似0001这样的序列作为批次号,这里整理了一下个人的方法 方法一:通过seq命令 seq命令可以生成从某个数字到递增到另一数字的序列.用法如下: # seq --help Usage: seq [选项] 尾数 or: seq [选项] 首数 尾数 or: seq [选项] 首数 增量值 尾数 Print numbers from FIRST to LAST, in steps of INCREMENT. 选项参数如下: -f, --format=格式 u…

总结: 1.ACK包可以和其他包合在一起,比如ACK包可以携带数据 2.可以接收多个数据包后,一次性给一个应答,不用每个数据包一一对应给应答 3.在通信过程中,通过接收到的包的ack值可以判断是否是上一个本机发送包的应答包(ack值与上一个本机发送包的seq有关),seq值和ack值的确定规则如下: 三次握手: 第一次握手(发送):seq为x(x为任意值),无视ack(因为是第一个包,不需要给其他包应答) 第二次握手(发送):seq为y(y为任意值),ack等于接收包seq+1(即x+1) 第三…

1.seq() 用来生成一组数字的函数. Usage: ## Default S3 method:seq(from = 1, to = 1, by = ((to - from)/(length.out - 1)),length.out = NULL, along.with = NULL, ...)seq.int(from, to, by, length.out, along.with, ...)seq_along(along.with)seq_len(length.out) Arguments:…

NAME seq - print a sequence of numbers SYNOPSIS seq [OPTION]... LAST seq [OPTION]... FIRST LAST seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST DESCRIPTION Print numbers from FIRST to LAST, in steps of INCREMENT. -f, --format=FORMAT use printf style floating-po…

本文只总结一些常用的用法,更详细的说明见man seq和 seq --help. seq命令 seq命令用于输出数字序列. 语法格式 Usage: seq [OPTION]... LAST or: seq [OPTION]... FIRST LAST or: seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST options 参数 说明 -f 使用printf样式的浮点格式 -s 指定分隔符,默认是\n -w 使用0填充左边达到数字的最大宽度 实例 打印10以内的正整数 […

1. 概述 生成序列的命令 之前貌似写过 seq 命令, 这次单独拉出来再写一次吧 节操先放一放 2. 命令 1. 帮助 命令 # 输出我就不打了, # 这个命令可用, 证明组件可用 > seq --help 2. 简单序列 命令 # 输出 [1, 3] # 步长为 1 # seq 3 也可以 > seq 1 3 1 2 3 3. 序列步长 命令 # 输出 [1, 5] # 步长为 2 > seq 1 2 5 1 3 5 4. 逆序序列 命令 # 输出 [1, 3] # 步长为 -1,…

1 理论知识 先上一张图,TCP/IP详解第18章的这张图描述了一个正常的三次握手和四次挥手的状态迁移,以及seq.ack序号的变化. 基本状态看图就能了解,本文主要围绕序号的变化进行讲解. 1)seq序号 seq的初始值在不同系统实现不一样,一般为随时间增长的值.当seq超过4字节存储空间后从0开始. 在某个方向上传输N个字节的数据,序列号就+N,因此seq用于确认在某个方向上传输的字节数. 如果传输的数据字节为0,即只有首部,那序列号还加吗?当syn 或 fin被置1,序列号也会+1.其他情…

Seq简介 Seq是老外开发的一个针对.NET平台非常友好的日志服务.支持容器部署,提供一个单用户免费的开发版本. 官网:https://datalust.co/seq 使用文档:https://docs.datalust.co/docs Seq主体功能如下所示: 支持主流的编程语言,尤其对.NET非常友好 丰富的事件格式 以结构化形式记录上文信息与应用程序事件,支持消息模板将文本数据与结构话数据无缝连接.下图中所有属性都是由使用者自定义的. 支持筛选语法和SQL查询,非常简单和灵活 多种查询方…

转载Part 2  Biopython的重头戏-生物学中序列的处理 Biopyhton的Seq和Python中标准字符串有两大重要的不同之处:首先,他们的处理方法不同.Seq适用于很多不同字符串的用的方法,如translate(),但是又有所不同.而且Biopython中加入了不同字符处理中没有的方法,如reverse_complement(); 第二,Seq模块中加入了重要的特性alphabet,这个对象可以解释序列代表的意思,即这个序列是一个DNA序列还是蛋白质序等. 是alphabet对象…

例如: id name value 1 a pp 2 a pp 3 b iii 4 b pp 5 b pp 6 c pp 7 c pp 8 c iii id是主键 要求得到这样的结果 id name value 1 a pp 3 b iii 4 b pp 6 c pp 8 c iii 方法1 delete YourTable where [id] not in ( select max([id]) from YourTable group by (name + value)) 方法2 delet…

1.创建一个目录/data 记忆方法:英文make directorys缩写后就是mkdir. 命令: mkdir /data 或 cd /;mkdir data #提示:使用分号可以在一行内分割两个命令. 实践过程: 方法一: [root@oldboy66 ~]# mkdir /data #查看data目录是否创建成功,ls是list列表的意思,-ld是ls的常用参数,是长格式查看目录属性,l表示长格式,d表示目录 [root@oldboy66 ~]# ls -ld /data drwxr-x…

作为REGEX的例子,代码9.3显示了一个给定的文件有多少行,具有给定的模式,通过命令行输入(注:有更有效率的方式来实现这个功能,如Unix下的grep命令,在这里只是给出了另一种方式).这个程序像下面这样执行: program_name.py file_name pattern 这里file_name是文件的名字,pattern是需要查找的模式: 列表9.3:计算多少行包含有一个用户给定的模式 import re,sys rgx = re.compile(sys.argv[2]) counte…

上节介绍了String,提到如果字符串修改操作比较频繁,应该采用StringBuilder和StringBuffer类,这两个类的方法基本是完全一样的,它们的实现代码也几乎一样,唯一的不同就在于,StringBuffer是线程安全的,而StringBuilder不是. 线程以及线程安全的概念,我们在后续章节再详细介绍.这里需要知道的就是,线程安全是有成本的,影响性能,而字符串对象及操作,大部分情况下,没有线程安全的问题,适合使用StringBuilder.所以,本节就只讨论StringBuild…

前言 面向对象的思想已经非常成熟,而使用C#的程序员对面向对象也是非常熟悉,所以我就不对面向对象进行介绍了,在这篇文章中将只会介绍面向对象在F#中的使用. F#是支持面向对象的函数式编程语言,所以你用C#能做的,用F#也可以做,而且通常代码还会更为简洁.我们先看下面这个用C#定义的类,然后用F#来定义. //定义一个二维点 [DebuggerDisplay("({X}, {Y})")] public class Point2D { // 用于统计已实例化的数量 private stat…

F# 项目 在之前的几篇文章介绍的代码都在交互窗口(fsi.exe)里运行,但平常开发的软件程序可能含有大类类型和函数定义,代码不可能都在一个文件里.下面我们来看VS里提供的F#项目模板. F#项目模板有以下几种类型(以VS2015为例): Silverlight库创建Silverlight的类库 教程模板是一个控制台应用程序,里面包含了F#的示例,可通过这个项目快速了解F#相关内容. "可移植库"则可创建用于多平台的库,支持的平台在括号里说明. "库"用于创建类库…

函数式编程其实就是按照数学上的函数运算思想来实现计算机上的运算.虽然我们不需要深入了解数学函数的知识,但应该清楚函数式编程的基础是来自于数学. 例如数学函数\(f(x) = x^2+x\),并没有指定返回值的类型,在数学函数中并不需要关心数值类型和返回值.F#代码为let f x = x ** 2.0 + x,F#代码和数学函数非常类似,其实这就是函数式编程的思想:只考虑用什么进行计算以及计算的结果(或者叫"输入和输出"),并不考虑怎样计算. 其实,你可以把任何程序看成是一系列函数,输…

在上篇随笔<基于Metronic的Bootstrap开发框架经验总结(12)--页面链接收藏夹功能的实现>上,我介绍了链接收藏夹功能的实现,以及对收藏记录的排序处理.该篇随笔主要使用功能按钮的方式移动收藏记录,功能虽然实现的还算不错,不过文章出来后,有读者同行指出可以利用直接拖动的方式实现排序更方便,因此对其中列表记录的排序进行了研究,从而介绍了如何利用Sortable开源JS组件实现拖动排序的处理,本篇随笔介绍了该组件在连接收藏夹排序中的应用. 1.收藏记录的排序处理回顾 上篇随笔介绍的收藏…

Scala Macros对scala函数库编程人员来说是一项不可或缺的编程工具,可以通过它来解决一些用普通编程或者类层次编程(type level programming)都无法解决的问题,这是因为Scala Macros可以直接对程序进行修改.Scala Macros的工作原理是在程序编译时按照编程人员的意旨对一段程序进行修改产生出一段新的程序.具体过程是:当编译器在对程序进行类型验证(typecheck)时如果发现Macro标记就会将这个Macro的功能实现程序(implementation…

相信用python的同学不少,本人也一直对python情有独钟,毫无疑问python作为一门解释性动态语言没有那些编译型语言高效,但是python简洁.易读以及可扩展性等特性使得它大受青睐. 工作中很多同事都在用python,但往往很少有人关注它的性能和惯用法,一般都是现学现用,毕竟python不是我们的主要语言,我们一般只是使用它来做一些系统管理的工作.但是我们为什么不做的更好呢?python zen中有这样一句:There should be one-- and preferably onl…

Check whether the original sequence org can be uniquely reconstructed from the sequences in seqs. The org sequence is a permutation of the integers from 1 to n, with 1 ≤ n ≤ 104. Reconstruction means building a shortest common supersequence of the se…

资源描述框架(Resource Description Framework),一种用于描述Web资源的标记语言.RDF是一个处理元数据的XML(标准通用标记语言的子集)应用,所谓元数据,就是"描述数据的数据"或者"描述信息的信息".也许这样解释元数据有些令人难以理解,举个简单的例子,书的内容是书的数据,而作者的名字.出版社的地址或版权信息就是书的元数据.数据和元数据的划分不是绝对的,有些数据既可以作为数据处理,也可以作为元数据处理,例如可以将作者的名字作为数据而不是…