核心程序调用 Primer3_core,基本用法: primer3_core [ -format_output ] [ -default_version=1|-default_version=2 ] [ -io_version=3|-io_version=4 ] [ -p3_settings_file= ] [ -echo_settings_file ] [ -strict_tags ] [ -output= ] [ -error= ] [ input_file ]   参数简析: *-form…

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420124131096557/ MISA工具提供批量识别和定位简单重复序列(SSR),EST序列或是基因组序列都可以.另外,还提供一个与批量设计引物Primer3的接口工具,通过这个工具,可以把MISA识别出来的SSR,转为Primer3需要的格式,从而方便批量设计引物. 网址:http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/ 下面分别介绍一下几个工具(.pl是per…

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一…

如何实现批量设计url? 1.创建Django项目 2.新建app01 和 app02 3.在models.py中创建模型 4.在settings.py中完成数据库配置.app配置等 5.数据库迁移 6.在urls.py中配置路径: from django.contrib import admin from django.urls import path, include from django.conf.urls import url from django.shortcuts import…

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,…

尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?” 小哈打开Evernote,给尹师妹看张表: “瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因:只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%: 如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%.” 尹师妹:“我的样品有30 M map…

一.准备工作 meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理 1.1 需要准备的软件 unix/Linux系统(自带) CMake(自带) PERL 5.8.1及以上(自带) BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) R 2.3.1及以上(自带) samtools 0.1.5到0.1.19(不支持新版本samtools) BWA 0.6.2.(已经可以支持新版本的BWA,但是 split read…

前言 写了多年的LabVIEW程序,你是否面临这样的问题 总是在做一些重复的工作,感觉很没有意思: 总在不停的写代码,做类似的控件,实现相同的功能,丝毫没有成就感: 总在天加班,没有时间去提高自己; 你也知道简单的重复并不能带来效率的提高,却不知道走向何方,无奈而又焦急着? 小黑今天带你聊一聊LabVIEW吸星大法,让你在工作中越来越有效率,体会一切皆可掌控的妙感~ 记住,我们的口号是 : 告别重复造车,你的就是我的,万物皆为我所用~ 引言 经过了前两篇的介绍,相信接触LabVIEW你已经了解一…

问题描述: 通过WebServer将监控数据入库到Hbase,在入库之前需要将指标与ip的列表更新到缓存中,以便前台页面随时选择查看.前两天上了一些新用户导致负载增加,逐渐发现某些用户的监控场景出现丢数据的情况,估计Tps要在1w以上.丢数据会导致前段曲线毛刺增加,体验极差,所以优化WebServer的接收程序需要立马执行. 解决过程: 查看GC,YGC频繁,但FGC基本很少发生,所以丢数据应该不是GC停顿导致的.既然是加了量导致,那么应该跟处理的性能有关.在看一遍代码,看出了问题.首先写入模块…

功能分类 功能描述 一级 二级 关系 调度控制 作业依赖关系调度 作业依赖关系调度是调度最基本的功能,指作业间具有顺序的运行,比如:a.b.c三个作业,只有当a完成后才运行b,b完成才能运行c 作业并行调度 与依赖关系对应,同样是调度的基本功能,指作业间运行不存在关系,可同时运行. 作业间互斥调度 互斥调度,指作业间不能同时运行,具有相互排斥性.比如 AB两个作业,当A运行时, B就不能运行:当B作业运行A就不能同时运行. 容错策略 错误自动重做 在一个作业流中,可以对相应作业设置重做次数.在自…