//对象是可变的键控集合, //"numbers, strings, booleans (true and false), null, and undefined" 不是对象的解释 The simple types of JavaScript are numbers, strings, booleans (true and false), null, and undefined. All other values are objects. Numbers, strings, and b…

clear load fisheriris X = meas; m = size(X,2); % load machine % load census % % X = meas; % X=X(1:2000,:); d = pdist(X,'euclidean'); Z = linkage(d,'ward');%Create a hierarchical binary cluster tree using linkage % [Hr,Tr]=dendrogram(Z, 0); %generates…

不少人都知道,C/C++语言编程时,假设要引用在别的C/C++文件里定义的变量或函数,必须extern一下,才干使用 另一些人知道,这个extern事实上能够放在函数体内声明,这么做的理由是不想让其它无关函数訪问extern对象,比如 void setOldClock() { sysTime = 87654321; } void setClock() { extern int sysTime; sysTime = 12345678; } 假设sysTime声明在函数体外,则setOldClock…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

凝聚法分层聚类中有一堆方法可以用来算两点(pair)之间的距离:欧式,欧式平方,manhattan等,还有一堆方法可以算类(cluster)与类之间的距离,什么single-linkage.complete-linkage.还有这个ward linkage.(即最短最长平均,离差平方和) 其他的好像都挺好理解,就是最后这个有点麻烦... 这个方法说白了叫离差平方和(这是个啥?).是ward写那篇文章时候举的一个特例.这篇文章是说分层凝聚聚类方法的一个通用流程.在选择合并类与类时基于一个objec…

REST Linkage 该小结主要介绍如何添加一个REST Link 函数 RYU本身提供了一个类似WSGI的web服务器功能.借助这个功能,我们可以创建一个REST API. 基于创建的REST API,可以快速的将RYU系统与其他系统或者是浏览器相连接,非常实用的一个功能. 程序解析 在案例中,实现了两个类 SimpleSwitchRest13 继承SimpleSwitch13的功能,即具备父类的三层交换机的基本功能. 注册WSGI服务 配置mac_to_port SimpleSwitch…

Linkage: Agglomerative hierarchical cluster tree(凝聚成层次聚类树) 语法: 解释: Z=linkage(x),返回Z,是一个X矩阵中行的分层聚类树(用最短距离算法生成具有层次结构的聚类树).输入的X为pdist函数输出的距离向量矩阵(pdist函数参考上篇文章) Z=linkage(x,method),使用指定的method创建树 Z=linkage(x,method,metric)利用度量来计算 Z=linkage(x,method,pdist…

Dissecting evolution and disease using comparative vertebrate genomics-The sequencing revolution   short-read sequencing (SRS) (因大规模基因组数据需要,采用Illumina paired-end,短序列)->genome assembly and long-read sequencing (LRS) (因长序列的需要)   Sequencing 和assembly两个模…

I.10 Other Measures of Linkage Disequilibrium 因为D的取值强烈地依赖于人为制定的等位基因频率(PA及PB),所以它不利于LD程度的比较.标准化的不平衡系数D'能够避免这种对等位基因频率的依赖.D'的计算方法如下: D'=D/Dmax 这样使得-1<D<1 但当其他所有概率保持不变,当D取分别取正值或负值时,D’值会有所改变,这说明D’在经历0点时会发生变化. 所以,在此加入相关系数r,推导如下: 若相关系数为0,则证明两者独立. 所以,当PA=PB…

I.9 Linkage INDEPENDENCE OF GENOTYPES AT TWO LOCI:若A,B是两个独立位点:PA是基因A的概率,PB是基因B的概率.因为基因A与基因B是相互独立的位点,所以基因型AABB的概率为PAABB=(PA)^2*(PB)^2 A RETROSPECTIVE DERIVATION.: 前提一:假设存在两个种群,这两个种群中:A的基因频率PA=1/2.B的基因频率PB=1/2.其中种群1:配子AB和ab各占1/2:种群2:配子Ab,AB,aB,ab各占1/4.…