CNV: 人类主要是二倍体.如果有些区域出现3个.4个拷贝,那就是扩增了,如果只出现1个拷贝,就是缺失.所以CNV分析是依靠特定位置的测序深度来估算的,先在染色体上划窗,然后看每个窗口的平均测序深度,如果连续多个窗口的测序深度在样品/对照中都有差异,那么就判断为CNV,标准是拷贝数相除,然后取log2,log2Ratio小于-1或大于0.6即视为出现拷贝数变异,对应的ratio就是小于二分之一或者三分之二,也就是至少增加或减少一个拷贝 CNV:注释 library(biomaRt)mart <-…

DNA拷贝数变异CNV检测——基础概念篇   一.CNV 简介 拷贝数异常(copy number variations, CNVs)是属于基因组结构变异(structural variation),根据大小可分为两个层次:显 微水平(microscopic)和亚显微水平(submicroscopic).显微水平 的基因组结构变异主要是指显微镜下可见的染色体畸变, 包括 整倍体或非整倍体.缺失.插入.倒位.易位.脆性位点等结构变 异.亚微水平的基因组结构变异是指 DNA 片 段 长 度 在 1K…

背景:c-MET是肝细胞生长因子的酪氨酸激酶受体.MET 14号外显子编码部分c-MET的胞内跨膜结构域,包括重要的调节原件,比如酪氨酸1003,一个降解c-MET的相关酶的结合位点. 拥有MET 14号外显子跳跃突变的个体,可能出现c-MET活性增强,表达量增强. 目的:拥有MET 14号外显子及其内含子侧翼突变的非小细胞肺癌患者可能对c-Met抑制剂有应答.本文中探索了拥有MET 14号外显子突变的患者的临床特征,病理特征,基因特征. 从NGS数据,蛋白表达,转录本表达层面说明拥有met 1…

之前写过三篇和CNV相关的帖子,如果你做肿瘤单细胞转录组,大概率看过: 单细胞分析实录(11): inferCNV的基本用法 单细胞分析实录(12): 如何推断肿瘤细胞 单细胞分析实录(13): inferCNV结合UPhyloplot2分析肿瘤进化 其中,第三篇帖子里面有两个注释代码,可以在基因和染色体长短臂两个层面对CNV做注释 这次对tree_anno.R代码做了更新,简单来说就是对原始CNV region的长度做了限制,最后的结果会输出更少更明显的CNV 之前在我这里拿过代码的读者如果需…

目录 1.安装 2.测试 3.动植物群体检测CNV 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发,对于动植物重测序分析有些尴尬.不过好在植物群体研究不必那么精细,用同样的工具也可做分析. 地址:https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda. conda create -n cnv cnvnator conda activate cnv 查看帮助: $ cnvnator Not enough parameters. CNVnato…

感谢大佬:https://blog.csdn.net/qq_41969790/article/details/85161701 1.问题描述:电脑预装的Office2016,家庭和学生版正版.每次打开word文件编辑,点击保存时,总是弹出"word无法启动转换器RECOVR32.CNV"对话框,需要点击三次之后才能正常使用,每次都这样,比较麻烦,有时就很烦. 2.问题原因分析: 造成该问题的原因是因为注册表中"RECOVR32.CNV"路径不对或填写细节不注意导致路…

当我们想研究不同sample的某个变量A之间的差异时,往往会因为其它一些变量B对该变量的固有影响,而影响不同sample变量A的比较,这个时候需要对sample变量A进行标准化之后才能进行比较.标准化的方法是对sample 的 A变量和B变量进行loess回归,拟合变量A关于变量B的函数 f(b),f(b)则表示在B的影响下A的理论取值,A-f(B)(A对f(b)残差)就可以去掉B变量对A变量的影响,此时残差值就可以作为标准化的A值在不同sample之间进行比较. Loess局部加权多项式回归…

文章题目:Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点: 可以检测配对样本,也可以检测带reference的tumor样本.但是没有考虑肿瘤异质性问题.使用DNAcopy包的CBS分割,control-freec的GC校正方法.bin size=200bp. http://patchwork.r-forge.r-project.org/#tabr10 Patchw…

互联网加密原理 tomcat服务器启动时候会启动多个Connector(连接器),而Tomcat服务器的连接器又分为加密连接器和非加密连接器 .(一般我们使用http协议的是非加密,https的是加密的) <Connector port="8080" protocol="HTTP/1.1" connectionTimeout="20000" redirectPort="8443" /> 上面的这个Connector…

EasyUI.权限管理 这是个都快被搞烂了的组合,但是easyui的确好用,权限管理在项目中的确实用.一直以来博客园里也不少朋友分享过,但是感觉好的要不没源码,要不就是过度设计写的太复杂看不懂,也懒得去看懂,还有一些不是在推广自己的代码生成器就是在卖权限组件,看着漂亮的UI和完善的功能就是没源码学习,真是恼人. 前段时间公司项目阶段性结束了,就抽空把权限控制的部分抽取出来写了个html+js+ashx+ado.net的权限管理系统分享给一些初学者,这个权限系统demo没有MVC.没有ORM.数据…

转载于:JavaScript自动生成博文目录导航 我们在写博客的时候,如果博文里面有目录,会给人结构清晰.一种一目了然的感觉,看目录就知道这篇博文要讲解的内容,并且点击目录标题就可以跳转到 具体的内容,这样园友们在看博客的时候就可以很方便地浏览自己感兴趣的内容,但是遗憾的是博客园不支持博文目录的生成,好像也有园友给博客园提建议,希望 能够像CSDN那样能够自动生成博文目录,但是不知道是什么原因,博客园一直都没有把这个功能加上去,既然没有,那我就自己做吧,研究了2天,总算是按照 自己的设想做出来了…

我在网上收集一下文件的压缩和解压的方法,是通过ICSharpCode.SharpZipLib.dll 来实现的 一.介绍的目录 第一步:下载压缩和解压的 ICSharpCode.SharpZipLib.dll 支持库 第二步:创建一个压缩和解压的demo项目 第三步:查看压缩和解压的文件的结果 二.demo演示(包括源码和界面) 1.下载文件压缩和解压的支持库dll ,下载地址:http://pan.baidu.com/s/1pLausnL 2.创建window创建项目…

=================================版权声明================================= 版权声明:原创文章 禁止转载  请通过右侧公告中的“联系邮箱(wlsandwho@foxmail.com)”联系我 勿用于学术性引用. 勿用于商业出版.商业印刷.商业引用以及其他商业用途. 本文不定期修正完善. 本文链接:http://www.cnblogs.com/wlsandwho/p/5141395.html 耻辱墙:http://www.cnblo…

MySQL官方压缩包安装: 1:下载mysql官方版本,此处以目前最新版本5.7.14为例,下载的64位版本文件为: mysql-5.7.14-linux-glibc2.5-x86_64.tar 2:解压文件 -linux-glibc2.-x86_64.-linux-glibc2.-x86_64.tar -linux-glibc2.-x86_64.tar.gz -linux-glibc2.-x86_64 /data1/mv mysql-5.7.14-linux-glibc2.5-x86_64 m…

ORM回顾 关系对象映射(Object Relational Mapping,简称ORM). django中遵循 Code Frist 的原则,即:根据代码中定义的类来自动生成数据库表. 对于ORM框架里: 我们写的类表示数据库的表 如果根据这个类创建的对象是数据库表里的一行数据 对象.id 对象.value 是每一行里的数据 http://www.cnblogs.com/luotianshuai/p/5301343.html 梳理 首先在理解ORM的时候,我们可以把一对多.多对多 分为正向和反…

一.服务端 1.主要结构:…

转自http://www.ncnynl.com/archives/201611/1069.html ROS入门教程-编写科大讯飞语音SDK的ROS包 说明 ROS软件包xfei_asr是集成自科大讯飞的linux的DEMO 介绍xfei_asr的安装和使用 介绍如何发布文字主题转变成语音播放 介绍如何录音并转变成文字输出,并发布主题 xf-ros说明 @author ncnynl <1043931@qq.com> @time 2016-11-12 @website http://www.ncn…

类的本质: 类的本质其实也是一个对象(类对象),只要有了类对象, 将来就可以通过类对象来创建实例对象 程序中第一次使用该类的时候被创建,在整个程序中只有一份.此后每次使用都是这个类对象,它在程序运行时一直存在. 类对象是一种数据结构,存储类的基本信息:类大小,类名称,类的版本,继承层次,以及消息与函数的映射表等 类对象代表类,Class类型,保存了当前对象所有的对象方法,当给一个实例对象发送消息的时候, 会根据实例对象中的isa指针去对应的类对象中查找 如果消息的接收者是类名,则类名代表类对象…

一.数据库 SQL: SQL是Structured Query Language(结构化查询语言)的缩写.SQL是专为数据库而建立的操作命令集, 是一种功能齐全的数据库语言. 二.数据库管理系统 数据库特征: 1.以一定方式存储在一起 2.能为多个用户共享 3.具有尽可能少的冗余代码 4.与程序彼此独立的数据集合 三.表 表是数据库中一个非常重要的对象, 是其他对象的基础根据信息的分类情况, 一个数据库中可能包含若干个数据表…

在学习网页"换肤"效果时:对background-position的理解更深了. 这是我使用的一整张图片:…

一:模式 模式是一个通用问题的解决方案,可以提供一个更好的实践经验.有用的抽象化表示和解决一类问题的模板. 本书主要讨论如下三种类型的模式 1 设计模式:可复用面向对象软件的基础,包括singleton.factory.decorator.observer等 2 编码模式:是js特有的模式,它提供了关于该语言独特的很好的体验 3 反模式:并不是bug或者编码错误,而是常见的,引起的问题比解决的问题更多的一种方法 二:JS:基本概念 2.1:面向对象 1 js是一门面向对象的语言,只有5种基本类型…

20150814 Created By BaoXinjian…

---恢复内容开始--- 使用后的总结 git config --global user.name "" #设置和查看用户名git config --global user.email "" #设置和查看用户邮箱git clone 地址 #克隆代码库到本地git status #查看本地库状态git add #把未追踪的文件(修改或者新添加的文件)变成追踪的文件git commit #把已add的文件提交到本地工作区git push #把本地工作区文件提交到服务器端…

Hibernate配置文档有框架总部署文档hibernate.cfg.xml 和映射类的配置文档 ***.hbm.xml hibernate.cfg.xml(文件位置直接放在src源文件夹即可) (在配置属性时也可使用hibernate.properties文件来部署,hibernate5.0官方文件在目录hibernate-release-5.2.1.Final\project\etc  下.但在实际开发中一般使用hibernate.cfg.xml) hibernate.cfg.xml 中hi…

最近由于项目需要,简单研究了一下.NET WCF编程. 首先,简单说下WCF是什么,WCF 本质上,是一种开发框架.它用来开发类似COM+ .WEB SERVICE 这样“远程方法调用” 功能. 普通情况想,一个进程中,A模块调用B模块的方法. 有了COM+ .Webservice 这些,可以实现A进程 调用 B进程的方法. 更好的是,A,B可以不在同一个机器上.WCF就用来开发这样的“功能” WCF 比 COM+ WebService 灵活,(高效不知道,没有实际案例测试) 能在http\tc…

有一种方式是:下载rabbitmq-server-generic-unix压缩包,是不用编译的.是已经编译好的源码了 下面介绍编译源码安装   总括: 需要以下步骤:   1.安装erlange.因为rabbitmq是使用erlange语言编写.所以需要安装erlange.   2.安装python.自动化安装脚本是使用一个python脚本-setup.py来自动安装.所以要能够运行python语言.   3.安装simplejson.py 官网提到了:RabbitMQ requires a r…

从网上看了一些资料,为了方便自己理解,于是把它的编码原理,自己放在excel表格中清晰列出来,方便以后查阅.做的图如下:…

Navicat for MySQL连接MYSQL…

使用织梦系统最经常是为了仿站,那么模板应该怎么改? 这里主要谈谈关于比较常用的几个模板页 网站主页.列表页.内容页.栏目的调用 1.主页模板 常用组合方法:index.htm + head.htm + footer.htm 嵌套语句:{dede:include filename="head.htm"/} head.htm :网站头部(顶部+导航栏),所以也可继续拆分.一般顶部内容为从body后开始至导航栏. 导航栏 (自动获取栏目信息)<div id="navtabs&…

今天写问卷的时候遇到个label点击的时候,监听的click事件被执行两次:产生这个的原因么...事件冒泡 <div class="questionBox checkBox"> <div class="title"> 2.你如何理解创新意识的重要性?</div> <div class="checkBoxList" data-more="2"> <label> <…