Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快. 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:      GACTGGGCGATCTCGAC…

bowtie2的功能:短序列的比对 用法:bowtie2 [options]* -x <bt2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r>} [-S <sam>] $bowtie2 -x ./index/GCF reads.fa -S ./bowtie2 #-x的写法:index文件夹下,bt2的文件名是GCF. #-S的目录必须先建立,不会自动建立. -x <bt2-idx>:参考基因组的索引路径 {-1 <…

1) 为何叫做 shell ?在介绍 shell 是甚幺东西之前,不妨让我们重新检视使用者与计算机系统的关系:图(FIXME)我们知道计算机的运作不能离开硬件,但使用者却无法直接对硬件作驱动,硬件的驱动只能透过一个称为"操作系统(Operating System)"的软件来控管,事实上,我们每天所谈的 linux ,严格来说只是一个操作系统,我们称之为"核心(kernel)".然而,从使用者的角度来说,使用者也没办法直接操作 kernel ,而是透过 kernel…

  原文链接:http://blog.csdn.net/freexploit/article/details/626660 我在 CU 的日子并不长,有幸在 shell 版上与大家结缘.除了跟众前辈学习到不少技巧之外,也常看到不少朋友的问题.然而,在众多问题中,我发现许多瓶颈都源于 shell 的基础而已.每次要解说,却总有千言万语不知从何起之感... 这次,我不是来回答,而是准备了关于 shell 基础的十三个问题要问大家﹗希望 shell 学习者们能够透过寻找答案的过程,好好的将 shell…

tips: ============================= IFS - LINUX字段分隔符,内部字段分隔符 IFS(Internal Field Seperator)在Linux的shell中预设的分隔符,用来把command line分解成word(字段). IFS可以是White Space(空白键).Tab( 表格键).Enter( 回车键)中的一个或几个. IFS是shell脚本中的一个重要概念,在处理文本数据时,它是相当有用的.内部字段分隔符是用于特定用途的定界符.IFS…

(注:关于变量概念,我们留到下两章才跟大家说明.) 好了,更多的关于 command line 的格式,以及 echo 命令的选项,就请您自行多加练习.运用了... -------------------------------------------------------------------------------------------------------------4) " "(双引号) 与 ' '(单引号)差在哪? 还是回到我们的 command line 来吧...…

""(双引号) 与''(单引号) 差在哪? http://wiki.jikexueyuan.com/project/13-questions-of-shell/double-single.html hard quote 还有 soft quote 还是回到我们的command line来吧... 经过前面两章的学习,应该很清楚当你在shell prompt后面敲打键盘, 直到按下Enter键的时候,你输入的文字就是command line了, 然后shell才会以进程的方式执行你所交给…

shell 十三问: 1) 为何叫做 shell ?  2) shell prompt(PS1) 与 Carriage Return(CR) 的关系?  3) 别人 echo.你也 echo ,是问 echo 知多少?  4) " "(双引号) 与 ' '(单引号)差在哪?   5) var=value?export 前后差在哪? 6) exec 跟 source 差在哪?  7) ( ) 与 { } 差在哪? 8) $(( )) 与 $( ) 还有${ } 差在哪?  9) $@ 与…

一.为什么用quoting 前面说到,命令行在内容上主要由literal(一般文字)和meta(元字符)组成,而meta又由IFS.CR和其他字符组成(如=,$, > 等),通常这些原元字符都有其特殊功能,假如我们需要在命令行中将这些保留字符的功能关闭的话,就需要quoting处理了. 二.使用quoting的方法 在 bash 中,常用的 quoting 有如下三种方法: hard quote:' ' (单引号),凡在hard quote中的所有meta均被关闭. soft quote: &quo…

linux shell中的单引号与双引号的区别(看完就不会有引号的疑问了) " "(双引号)与 ' '(单引号)的区别    你在shell prompt(shell 提示)后面敲打键盘.直到按下enter的时候,你输入的文字就是command line(命令行)了,然后shell才会以进程方式执行你所提交的命令.但是,你又可知道:你在command line输入的每一个文字,对shell来说,有什么类别之分呢? 简单而言,command line的每一个charactor(字符)分为…