Dnasp计算LD Table of Contents 1 Dnasp 计算LD 1 Dnasp 计算LD Dnasp有很多的功能,现在主要来记录其计算LD的功能. 首先File——然后打开data——然后在Data中Format里设 置格式,也就是你读入的文件是什么样子的,进行一个 描述.我们这里选DNA,Haploid(单倍体),然后OK,然后到Ana lysis找到Linkage Disequilibrium.这里要注意的是 生成的文件会非常的大.因为这是两两对比得到的结果. 得到的结果,…

这篇文章是对之前啊啊救救我,为何我的QQ图那么飘(全基因组关联分析)这篇文章的一个补坑. LD SCore除了查看显著SNP位点对表型是否为基因多效性外,还额外补充了怎么计算表型的遗传度和遗传相关性. 1 下载.安装ldsc git clone https://github.com/bulik/ldsc.git cd ldsc 2 安装ldsc依赖的环境 conda env create --file environment.yml source activate ldsc 3 测试是否安装成功…

一个如何识别相似语句的问题,于是上网找了找,一个叫Levenshtein Distance的算法比较简单,就写了段代码实现了一下,效果还不错. 这个算法是一个俄国人Lvenshtein提出的,用于计算两个字符串之间,由一个转换成另一个所需的最少编辑操作次数.次数越少,表示两个字符串相似度越高. 用实例来讲解算法最直观,我们假设有两个字符串:test和est,需要经过以下几个步骤来获取LD值. 1.初始化一个矩阵 ┌──┬───────────┐ │ │test t e s t │ ├──┼───…

现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp,大多数都找到了很多的snp,而且snp都落在非编码区了,这就导致对这些snp的解读非常的困难. 目前,已经有非常傻瓜式的GWAS pipeline了,比如:A tutorial on conducting genome‐wide association studies: Quality contr…

常见算法是js实现汇总 /*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.length; for(var i=0;i<len;i++){ for(var j=i+1;j<len;j++) { if(arr[i]==arr[j]) { ++i; } } newArray.push(arr[i]); } return newArray; } var arr=new Array(&…

/*去重*/ <script> function delRepeat(arr){ var newArray=new Array(); var len=arr.length; for(var i=0;i<len;i++){ for(var j=i+1;j<len;j++) { if(arr[i]==arr[j]) { ++i; } } newArray.push(arr[i]); } return newArray; } var arr=new Array("red&quo…

PLINK提供了“--ld”的参数计算两个SNP位点的连锁不平衡值. 命令如下: plink --file file --ld rs123 rs134 --out rs123_rs134 生成如下数据: --ld rs123 rs134: R-sq = 0.0313386       D' = 1 Haplotype Frequency Expectation under LE --------- --------- -------------------- TG 0 0.022549 CG 0…

/**  *  计算上次日期距离现在多久  *  *  @param lastTime    上次日期(需要和格式对应)  *  @param format1     上次日期格式  *  @param currentTime 最近日期(需要和格式对应)  *  @param format2     最近日期格式  *  *  @return xx分钟前.xx小时前.xx天前  */ + (NSString *)timeIntervalFromLastTime:(NSString *)lastT…

1.首先将word文档解压缩为zip /** * 修改后缀名 */ public static String reName(String path){ File file=new File(path); String filename=file.getAbsolutePath(); if(filename.indexOf(".")>=0){ filename=filename.substring(0,filename.lastIndexOf(".")); }…

最近手头的项目基本上已经完结,历经了5个月的开发和迭代,各种的需求调整,想对自己的代码量进行一个客观的计算,于是抽了点时间写下了这个小demo,朋友们有需要的可以看看,很简单. 基本的思想就是:根目录->递归的遍历所有文件夹>计算具体某一文件的代码行数 具体流程如下: #pragma mark---------------------->递归文件夹下文件 - (void)recordFilePathWithPath:(NSString *)path{ /*        文件管理器  …