1.读取蛋白问题 读取无配体pdb文件(loadpdb complex.pdb)时,出现一堆 FATAL: Atom .R<ARG >.A<HD1 > does not have a type 错误,导致 check不过关,也无法 saveamberparm: 错误原因:AMBER不能识别用户PDB文件里特定残基(<ARG 18>)的H原子 解决方法:我遇到的问题是很多H原子都无法被识别,所以解决方法比较直接,删除所有氢,再根据AMBER的规则,重新添加H: 1) 使用…

详细请见AMBER官方文档第18章第6节(18.6) Amber16.pdf The settings can be summarized as follows: imin=1  Choose a minimization run ntx=1 Read coordinates but not velocities from ASCII formatted Inpcrd coordinate file irest=0 Do not restart simulation maxcyc=2000 Ma…

很多蛋白质在行驶生物催化反应(如ATP水解,氨基酸的乙酰化,CoA的去乙酰化,甲基化等等)都需要金属离子(Mg,Zn,Ca等等)的参与,换句话说,金属离子对蛋白功能是必须的.模拟金属酶体系,现在也是分子动力学中的热点及难点,尤其现在结合量子力学与分子力学的方法(QM/MM)更是前言.以Amber为例 1.金属的参数文件(在amber中不包括): (1)Ca离子的 0 0 2 Calsium IonCALCAL INT 1CORR OMIT DU BEG0.0000001 DUMM DU M 0…

info:更多Django信息url:https://www.oschina.net/p/djangodetail: Django 是 Python 编程语言驱动的一个开源模型-视图-控制器(MVC)风格的 Web 应用程序框架.使用 Django,我们在几分钟之内就可以创建高品质.易维护.数据库驱动的应用程序. Django 框架的核心组件有: 用于创建模型的对象关系映射 为最终用户设计的完美... info:更多OpenERP信息url:https://www.oschina.net/p/o…

一．Struts2 用的版本是struts2.3.1.1 一个简单的Struts项目所需的jar包有如下8个 1. struts2-core-2.3.1.1.jar: Struts2的核心类库. 2. xwork-core-2.3.1.1.jar: XWork核心类,XWork是一个标准的command模式实现,并且完全从web层剥离出来.WebWork被构建在Xwork上,而Struts2由Struts1和WebWork两个经典的MVC框架发展而来. 3. ognl-3.0.3.jar: 支持…

CPPTRAJ作为PTRAJ的继任者,拥有比PTRAJ更强大的功能,本教程会简要的介绍CPPTRAJ的用法及注意事项. 需要的文件: trpzip2.gb.nc trpzip2.ff10.mbondi.parm7 Loading a Topology and Trajectory 使用cpptraj命令可以打开cpptraj,log文件可以在cpptraj.log中找到. $ cpptraj CPPTRAJ: Trajectory Analysis. V16. ___ ___ ___ ___ |…

hasattr()的用法和理解--hasattr(obj, target) 判断对象obj中是否含有,目标target属性,然后返回布尔值,如果有返回True,没有返回False. >>> class School: ... def __init__(self): ... self.teacher_name = self.teacher ... def teacher(self): ... return input("输入姓名:") ... >>>…

sustiva.pdb PDB: 1FKO Create parameter and coordinate files for Sustiva 1. 加氢: $ reduce sustiva.pdb > sustiva_h.pdb sed -i s/"EFZ"/"SUS"/g sustiva_h.pdb 加氢完毕后把文件内所有“EFZ”换为“SUS”. 2.转换为mol2格式: $ antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb…

Section 1: Introduction The input files required (using their default file names): prmtop - a file containing a description of the molecular topology and the necessary force field parameters. inpcrd (or a restrt from a previous run) - a file containi…

Section 1: Preparing the PDB file 1EMA是本次教程所用的pdb,可以在PDB数据库下载. pdb4amber -i 1EMA.pdb -o gfp.pdb --dry --reduce pdb4amber命令用于amber输入pdb格式文件的准备. --dry会删除晶体结构中的水分子(WATER),--reduce会对pdb加氢(H).命令执行完成后需要对产生的gfp.pdb进行手工微调,1) 需要把文件中所有MSE更换为MET:2) 把所有SE 原子(Se)…