目录 1.原理的区别 2.实操比较 UPGMA NJ法 保存树文件 更深理解 1.原理的区别 主要区别在于,非加权组平均法(UPGMA)是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法,而邻接法(NJ)是基于最小演化准则的迭代聚类法. UPGMA的假定条件是:在进化过程中,每一世系发生趋异的次数相同,即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的. UPGMA生成有根树,而NJ生成无根树.由于UPGMA方法假定演化速率相等,因此分支末端相等,NJ方法允许不相等的演化速率,因此分支长度与变化量成正比. UPGMA示…

简介: B+树中只有叶子节点会带有指向记录的指针,而B树则所有节点都带有 B+树索引可以分为聚集索引和非聚集索引 mysql使用B+树,其中Myisam是非聚集索引,innoDB是聚集索引 聚簇索引索引的叶节点就是数据节点:而非聚簇索引的叶节点仍然是索引节点,只不过有一个指针指向对应的数据块. B树: B+树: B+ 树的特点: (1)所有关键字都出现在叶子结点的链表中(稠密索引),且链表中的关键字恰好是有序的; (2)不可能在非叶子结点命中; (3)非叶子结点相当于是叶子结点的索引(稀疏索引)…

转载:http://www.plob.org/2012/12/02/4927.html 一.序列文本的准备 构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用">基因名称"作为第一行,然后重起一行 编辑基因序列),序列只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母).文件名名称可以已经您的想法随意编辑. 二.序列导入到Mega 5软件 (1)打开Mega 5软件,界面如下 (2)导入需要构建系统发育树的目的序列 OK 选择分析序列类型(…

今天遇到一个正则匹配的问题,忽然翻到有捕获组的概念,手册上也是一略而过,百度时无意翻到C#和Java中有对正则捕获组的特殊用法,搜索关键词有PHP时竟然没有相关内容,自己试了一下,发现在PHP中也是可行的,于是总结一下,分享的同时也希望有大神和细心的学习者找到我理解中出现的问题. 什么是捕获组 我们先看一下PHP的正则匹配函数 int preg_match ( string $pattern , string $subject [, array &$matches [, int $flags =…

熟练掌握正则表达式是每个程序员的基础要求,对于每个初学者来说会被正则表达式一连串字符弄得头晕眼花.博主便会如此,一直对正则表达式有种莫名的恐惧.近来看到另一位博友写的 <php正则表达式>一文获益良多,对其通配符以及捕获数据两个章节颇感兴趣.这两个章节正好涉及到的是正则表达式的捕获组与非捕获组的知识,因而本文来细细探讨下这部分知识. 我们知道,在正则表达式下(x) 表示匹配'x'并记录匹配的值.这只是比较通俗的说法,甚至说这是不严谨的说法,只有()捕获组形式才会记录匹配的值.非捕获组则只匹配,…

这几天看了下正则表达式,对非捕获组(non-capturing)进行下总结.主要总结 1个 + 2组  一共5个.(?:X) (?=X) (?<=X) (?!X) (?<!X) 一.先从(?:)非捕获组说起.下面由一个例子引出非捕获组. 有两个金额:8899￥ 和 6688$ .显然,前一个是8899元的人民币,后一个是6688元的美元.我现在需要一个正则,要求提炼出它们的货币金额和货币种类.正则可以这写:(\\d)+([￥$])$  (在java中测试,所以多了转义字符'\')测试程序如下:…

Java捕获组与非捕获组的问题 先看例子: import java.util.regex.Matcher; import java.util.regex.Pattern; public class PatternTest { public static void main(String[] args) { String text = "<textarea rows=\"20\" cols=\"70\">nexus maven repositor…

非捕获组:格式:(?:xxxx), 如:(?:aaa)\\w+(bbb)\\1,\\1 代表重复捕获的第一组即是(bbb) public static void main(String[] args) { String str = "fooccccbarbarbarfo"; Pattern p = Pattern.compile("(?:foo)\\w+(bar)\\1\\1"); Matcher m =p.matcher(str); if (m.find()) {…

4191: 无向图找环 Time Limit: 5 Sec  Memory Limit: 128 MB Submit: 117  Solved: 34 Description 给你一副无向图,每条边有边权,保证图联通,现在让你判断这个图是否有异或值大于零的环存在. Input 多组测试数据,每组先输入两个数n m,表示图的点跟边的数量. 然后是m行,每行三个数a b c.代表一条边的起点,终点,边权. 1 <= n<= 100000, 1 <= m <= 200000. 1 <…

Stern-Brocot树产生了所有分子分母互素的分数 从初始0/1 1/0 -> m/n m'/n'出发,不断往中间添加 (m+m')/(n+n')容易推得 n * m' - m * n' = 1证:初始 0/1 1/0 那么1*1-0*0=1那么假设前一次符合n * m' - m * n' = 1的性质之后二叉树有两个方向行进,产生两种相邻 (m/n , (m+m')/(n+n')) ((m+m')/(n+n') , m'/n')-> 左侧n*(m+m') - m*(n+n') = n*m…