(Gene prediction and comparison) 使用基于基因组序列的从头预测方法(Ab initio methods)(同时分别使用头预测软件( GENSCAN和 AUGUSTUS)和预测exon和intron的剪切位点.)和基于证据支持的基因预测(Evidence-based methods)(与dog和human比较).得到不同基因座数目.最后做了一个panda的参考基因集.   (measure the quality of gene prediction):通过比较不同…

参考:Fitting a Model by Maximum Likelihood 最大似然估计是用于估计模型参数的,首先我们必须选定一个模型,然后比对有给定的数据集,然后构建一个联合概率函数,因为给定了数据集,所以该函数就是以模型参数为自变量的函数,通过求导我们就能得到使得该函数值(似然值)最大的模型参数了. Maximum-Likelihood Estimation (MLE) is a statistical technique for estimating model parameters…

1.What is Maximum Likelihood? 极大似然是一种找到最可能解释一组观测数据的函数的方法. Maximum Likelihood is a way to find the most likely function to explain a set of observed data. 在基本统计学中,通常给你一个模型来计算概率.例如,你可能被要求找出X大于2的概率,给定如下泊松分布:X ~ Poisson (2.4).在这个例子中,已经给定了你泊松分布的参数 λ(2.4),…

学贝叶斯方法时绕不过去的一个问题,现在系统地总结一下. 之前过于纠结字眼,似然和概率到底有什么区别?以及这一个奇妙的对等关系(其实连续才是f,离散就是p). 似然函数 | 似然值 wiki:在数理统计学中,似然函数是一种关于统计模型中的参数的函数,表示模型参数中的似然性. 这里我们讨论的范围已经界定了,那就是在指定模型下(比如二项分布),我们观测数据和可能的模型参数之间的关系. (传统的贝叶斯定理的适用范围很广,是高度的总结推广,在似然函数里就不要过于推广了) 似然函数在直觉上就很好理解了,L(…

1.问题:    在dealloc方法中使用[self.xxx release]和[xxx release]的区别? 用Xcode的Analyze分析我的Project,会列出一堆如下的提示:Incorrect decrement of the reference count of an object that is not owned at this point by the caller 仔细看了下代码,都是在dealloc方法中使用了[self.xxx release]这样的语句引起的,把…

先不要想其他的,首先要在大脑里形成概念! 最大似然估计是什么意思?呵呵,完全不懂字面意思,似然是个啥啊?其实似然是likelihood的文言翻译,就是可能性的意思,所以Maximum Likelihood可以直接叫做最大可能性估计,这就好理解了,就是要求出最大的可能性(下的那个参数). 一些最基本的概念:总体X,样本x,分布P(x:θ),随机变量(连续.离散),模型参数,联合分布,条件分布 而似然函数在形式上,其实就是样本的联合密度:L(θ)= L(x1,x2,-,xn:θ)= ΠP(xi:θ)…

Imagination is an outcome of what you learned. If you can imagine the world, that means you have learned what the world is about. Actually we don't know how we see, at lease it's really hard to know, so we can't program to tell a machine to see. One…

最大似然法,英文名称是Maximum Likelihood Method,在统计中应用很广.这个方法的思想最早由高斯提出来,后来由菲舍加以推广并命名. 最大似然法是要解决这样一个问题:给定一组数据和一个参数待定的模型,如何确定模型的参数,使得这个确定参数后的模型在所有模型中产生已知数据的概率最 大.通俗一点讲,就是在什么情况下最有可能发生已知的事件.举个例子,假如有一个罐子,里面有黑白两种颜色的球,数目多少不知,两种颜色的比例也不知.我 们想知道罐中白球和黑球的比例,但我们不能把罐中的球全部拿出…

Maximum likelihood from incomplete data via the EM algorithm (1977)  …

Naïve Bayes Classifier. We will use, specifically, the Bernoulli-Dirichlet model for text classification, We will train the model using both the Maximum Likelihood estimates and Bayesian updating, and compare these in terms of predictive success, and…

Reference:MLE vs MAP. Maximum Likelihood Estimation (MLE) and Maximum A Posteriori (MAP), are both a method for estimating some variable in the setting of probability distributions or graphical models. They are similar, as they compute a single estim…

Maximum Likelihood 最大似然估计 这个算法解决的问题是,当我们知道一组变量的密度分布函数与从总体采样的个体的时候,需要估计函数中的某些变量. 假设概率密度函数如下: 一般来说,为了计算的方便性,我们会采取对数的方式 现在的目标是要使得上面函数取最大值,自变量为Θ,并且可以是一个向量. 求上面函数最大值,需要用到函数的一阶导数,求极值点,最终判断所要求的点. Reference: http://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood…

一.Static Methods.Instance Methods.Abstract Methods.Concrete Methods ——Static Methods:静态方法 ——Instance Methods:实例方法(非静态方法) ——Abstract Methods:抽象方法 ——Concrete Methods:具体方法(非抽象方法) ——Deprecated Methods:废弃方法 所有的Static Methods是Concrete Methods,但不是Instance M…

化学键|甘氨酸|谷氨酸|半胱胺酸|motif|domain|疏水相互作用|序列相似性|clustering analysis|Chou and Fasman|GOR|PHD|穿线法|first-principle ab initio folding| 生命组学 对Protein的分析可以从Sequence到structure到function,最后研究interaction. Structure: 化学键形成骨架,化学元素的选取基于合成蛋白质选择容易获取的元素,氨基酸化学元素的选取决定了其结构,…

http methods & restful api methods 超文本传输​​协议(HTTP)是用于传输超媒体文档(例如HTML)的应用层协议 https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/HTTP https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/HTTP/Overview https://en.wikipedia.org/wiki/Hypertext_Transfer_Protocol#Request_…

statics are the methods defined on the Model. methods are defined on the document (instance). We may also define our own custom document instance methods too. // define a schema var animalSchema = new Schema({ name: String, type: String }); // assign…

最近在看深度学习的"花书" (也就是Ian Goodfellow那本了),第五章机器学习基础部分的解释很精华,对比PRML少了很多复杂的推理,比较适合闲暇的时候翻开看看.今天准备写一写很多童鞋们w未必完全理解的最大似然估计的部分. 单纯从原理上来说,最大似然估计并不是一个非常难以理解的东西.最大似然估计不过就是评估模型好坏的方式,它是很多种不同评估方式中的一种.未来准备写一写最大似然估计与它的好朋友们,比如说贝叶斯估计 (Beyasian Estimation), 最大后验估计(Max…

似然与概率 https://blog.csdn.net/u014182497/article/details/82252456 在统计学中,似然函数(likelihood function,通常简写为likelihood,似然)是一个非常重要的内容,在非正式场合似然和概率(Probability)几乎是一对同义词,但是在统计学中似然和概率却是两个不同的概念.概率是在特定环境下某件事情发生的可能性,也就是结果没有产生之前依据环境所对应的参数来预测某件事情发生的可能性,比如抛硬币,抛之前我们不知道最…

maximum estimator method more known as MLE of a uniform distribution [0,θ] 区间上的均匀分布为例,独立同分布地采样样本 x1,x2,-,xn,我们知均匀分布的期望为:θ2. 首先我们来看,如何通过最大似然估计的形式估计均匀分布的期望.均匀分布的概率密度函数为:f(x|θ)=1θ,0≤x≤θ.不失一般性地,将 x1,x2,-,xn 排序为顺序统计量:x(1)≤x(2)≤⋯≤x(n).则根据似然函数定义,在此样本集合上的似然函…

https://en.wikipedia.org/wiki/Maximum_likelihood_estimation http://mathworld.wolfram.com/MaximumLikelihood.html…

一.定义     最大似然预计是一种依据样本来预计模型參数的方法.其思想是,对于已知的样本,如果它服从某种模型,预计模型中未知的參数,使该模型出现这些样本的概率最大.这样就得到了未知參数的预计值. 二.过程     举例而言,我们要统计全国人口的体重,首先如果全国人口的体重服从正态分布,但均值和方差未知.因为我们没有那么多的人力和物力来统计,因此我们能够採样,通过最大似然预计的方法来评估这个正态分布的均值和方差. 1. 列出似然函数     如果样本是独立同分布,正态分布的概率密度函数用表示,未…

模型已定,参数未知 已知某个随机样本满足某种概率分布,但是其中具体的参数不清楚,参数估计就是通过若干次试验,观察其结果,利用结果推出参数的大概值.最大似然估计是建立在这样的思想上:已知某个参数能使这个样本出现的概率最大,我们当然不会再去选择其他小概率的样本,所以干脆就把这个参数作为估计的真实值. 假设模型满足某种总体分布,但是不知道模型的参数,通过样本去估计参数. 最大似然估计提供了一种给定观察数据来评估模型参数的方法,假设我们要统计全国人口的身高,首先假设这个身高服从服从正态分布,但是该分布的…

最大似然估计提供了一种给定观察数据来评估模型参数的方法,即:"模型已定,参数未知".简单而言,假设我们要统计全国人口的身高,首先假设这个身高服从服从正态分布,但是该分布的均值与方差未知.我们没有人力与物力去统计全国每个人的身高,但是可以通过采样,获取部分人的身高,然后通过最大似然估计来获取上述假设中的正态分布的均值与方差. 最大似然估计中采样需满足一个很重要的假设,就是所有的采样都是独立同分布的.下面我们具体描述一下最大似然估计: 首先,假设为独立同分布的采样,θ为模型参数,f为我们所…

I.11 Estimating Gene Frequencies 在小样本上计算基因A的概率PA,举例如下: 通过加大样本会将通过观察值得到的数趋近于真实数据,所以该问题转化为了统计学上利用大量观察值求真实值的问题,因此通过最大似然估计得到真实值. 为了理解多项式分布可以先以二项分布为例: 该二项分布来自: 其实它的完整形式是: 因为二项分布是当多项式分布的项数为2时的分布: 所以当有三项(AA,Aa,aa)的时候我们采用多项式分布:于是就有 其中,p就是PA,就是我们估计的参数,nAA,nAa…

A Complete Tutorial on Tree Based Modeling from Scratch (in R & Python) MACHINE LEARNING PYTHON R   SHARE      MANISH SARASWAT, APRIL 12, 2016 / 52     Introduction Tree based learning algorithms are considered to be one of the best and mostly used s…

Improving Supervised Seq-to-seq Model 有监督的 seq2seq ,比如机器翻译.聊天机器人.语音辨识之类的 . 而 generator 其实就是典型的 seq2seq model ,可以把 GAN 应用到这个任务中. RL(human feedback) 训练目标是,最大化 expected reward.很大的不同是,并没有事先给定的 label,而是人类来判断,生成的 x 好还是不好.   简单介绍一下 policy gradient.更新 encode…

此主要讨论图像处理与分析.虽然计算机视觉部分的有些内容比如特 征提取等也可以归结到图像分析中来,但鉴于它们与计算机视觉的紧密联系,以 及它们的出处,没有把它们纳入到图像处理与分析中来.同样,这里面也有一些 也可以划归到计算机视觉中去.这都不重要,只要知道有这么个方法,能为自己 所用,或者从中得到灵感,这就够了. 注意:Registration可翻译为“配准”或“匹配”,一般是图像配准,特征匹配(特征点匹配). 15. Image Registration图像配准最早的应用在医学图像上,在图像融合…

Computational Methods in Bayesian Analysis Computational Methods in Bayesian Analysis  [Markov chain Monte Carlo][Gibbs Sampling][The Metropolis-Hastings Algorithm][Random-walk Metropolis-Hastings][Adaptive Metropolis]   About the author This noteboo…

BACKGROUND The present invention relates to video processing systems. Advances in imaging technology have led to high resolution cameras for personal use as well as professional use. Personal uses include digital cameras and camcorders that can captu…

Asynchronous Methods for Deep Reinforcement Learning ICML 2016 深度强化学习最近被人发现貌似不太稳定,有人提出很多改善的方法,这些方法有很多共同的 idea:一个 online 的 agent 碰到的观察到的数据序列是非静态的,然后就是,online的 RL 更新是强烈相关的.通过将 agent 的数据存储在一个 experience replay 单元中,数据可以从不同的时间步骤上,批处理或者随机采样.这种方法可以降低 non-st…