I.7 Different Gene Frequencies in the Two Sexes 假设存在一种基因仅在第一代亲代的不同性别之间的概率有区别,比如,A 在male中频率是Pm,a是(1-Pm):A 在female中频率是Pf,a是(1-Pf) (第一代亲代,配子,第一代子代)情况如下: 因为从第二代开始,该基因不会在两性中有所区别,所以满足哈代公式,所以第一代中基因m的频率和基因f的频率一致(为什么会一样?其实Pf即代表来自母亲的基因,而Pm代表来自父亲的基因,由于二倍体配子结合时是…

I.11 Estimating Gene Frequencies 在小样本上计算基因A的概率PA,举例如下: 通过加大样本会将通过观察值得到的数趋近于真实数据,所以该问题转化为了统计学上利用大量观察值求真实值的问题,因此通过最大似然估计得到真实值. 为了理解多项式分布可以先以二项分布为例: 该二项分布来自: 其实它的完整形式是: 因为二项分布是当多项式分布的项数为2时的分布: 所以当有三项(AA,Aa,aa)的时候我们采用多项式分布:于是就有 其中,p就是PA,就是我们估计的参数,nAA,nAa…

GWAS Catalog The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies EBI负责维护的一个收集已发表的GWAS研究的数据库 Catalog stats Last data release on 2019-09-24 4220 publications 107486 SNPs 157336 associations Genome assembly GRCh38.p12 dbSNP Build 151 Ense…

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…

做基因组注释 先用augustus训练,然后再用maker做基因注释 augustus提供一些训练好的,如果有和你的物种非常接近的,直接用提供的,没有的话再自己训练. 网址: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/ 老版本下载: http://bioinf.uni-greifswald.de/augustus/binaries/old/ 最后选择下载2.7的 新版本3.2的实在是装不上 太麻烦了!!!!! 下载好后,解压,cd src, sudo ma…

路由类 Gene\Router 介绍 Gene\Router 是gene框架的核心类之一,本框架区别于其他常见框架的最大地方就是独特.强大.简单的路由定义等.路由强大灵活,支持回调.类方法:支持rest.http请求方式(get,post,put,patch,delete,trace,connect,options,head)等: 支持定义全局.局部钩子,每个方法可以定义清理全局钩子等. 实例化 初始化路由,传递缓存key,将会把路由配置缓存起来.Gene\Router如果作为gene_appl…

欢迎使用Gene框架 最新版本:V1.2.2 开源地址:https://github.com/sasou/php-gene 作者:sasou 文档地址:http://php-gene.com/doc 概览 介绍 Gene 是一个灵活.强大.简单.高效的c扩展框架.通过精心的设计与高效的技术实现,配合数据库.缓存等类库,带来新的开发体验. 特点概述 简单 :入门快,配置简单: 灵活 :灵活安全的路由,前置.后置注入等: 强大 :配置进程级缓存,路由配置简单强大.支持函数回调.支持rest风格等.…

Human Gene Functions Time Limit: 1000MS Memory Limit: 10000K Total Submissions: 18053 Accepted: 10046 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four let…

题目地址:http://poj.org/problem?id=1080 Description It is well known that a human gene can be considered as a sequence, consisting of four nucleotides, which are simply denoted by four letters, A, C, G, and T. Biologists have been interested in identifyi…