主要参考这篇文章: http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA5NjU5NjQ4MA==&mid=2651154488&idx=1&sn=e693a1a1f8163960e99812a6d7473aa0&scene=23&srcid=0831PboACKYo6omCEfKhXLhV#rd 因为昨天刚装了centOS,所以这里只贴出linux下的操作: 1. 进入linux服务器,下载aspera. 输入:wgethttp://downlo…

一览众山小编辑团队 原文/ Todd Schneider 翻译/ 沈玮薇 陈翚 文献/ 蒋理 校核/ 众山小编辑/ 众山小 排版/ 徐颖 2014-2015 © 转载请注明:源自公众号"一览众山小-可持续城市与交通" : 近期的出租车和互联网约车之争一时成为了热点.只是因为缺乏具体的数据信息分析,非常多的结论都是定性为主.并为各种利益团体所把持. 因此今天我们就介绍一下 纽约的开放心态,高达几十个G的有关出租车和UBER的上下客出行数据被免费分享出来,供大家来研究. 我们觉得这种科学态…

先下载 assembly summary files The assembly_summary files report metadata for the genome assemblies on the NCBI genomes FTP site. Four master files reporting data for either GenBank or RefSeq genome assemblies are available under ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.g…

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co…

1.prefetch SRRxxxxxx         -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad…

参考:http://www.so.com/linkm=aLVHG%2FgJT4HyuVeK4%2BxX2LMFvF6oTiTCaruHE20pwjRia7DmVI2hIVfmw%2BFNPczCtvXgQcY1BJg7omFLBbISWzz%2BLRCRWyDmxMvrkDKaGmhQ%3D https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/ 1.下载与安装 下载网址: https://downloads.asperasoft.com/connect2/…

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载…

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意…

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q…

ascp -T -l 200M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh --host=ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user=anonftp --mode=recv /path/to/database .…

本文章介绍如何利用HTTP从网站上下载文件.在Qt网络编程中,需要用到协议,即HTTP.它是超文本传输协议,它是一种文件传输协议.对于HTTP就不多解释了. 在Qt网络编程中,需要用到协议,即HTTP.它是超文本传输协议,它是一种文件传输协议.这一节中我们将讲解如何利用HTTP从网站上下载文件.使用的编程环境为Windows下基于Qt4.6.3的Qt Creator 1.3.1 一.最简单的实现. 1.我们新建Qt 4 Gui QApplication . 工程名为“http”,然后选中QtNe…

从Qt5开始,官方推荐使用QNetworkAccessManager进行Ftp和http的上传和下载操作:Qt4中使用的QtFtp模块即作为独立模块,需要自己从github上进行下载编译后使用(官方地址:https://github.com/qt/qtftp). 官方的QtFtp最后一次更新为2014年,根据搜索的资料,其尚存在若干bug.不过有人对此代码在Github上进行维护和更新,如果需要使用的话,可以搜索一下. QNetworkAccessManager的相关API比较丰富,但是相应也比…

参考:http://blog.csdn.net/Cs_mary/article/details/78378552        ###prefetch 参数解释 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK158900/#SRA_download.how_do_i_use_the_sra_toolki    ##  convert data into a particular format (fastq-dump等) https://github.com/ncbi…

using System; using System.Collections; using System.IO; using System.Net; using System.Net.Sockets; using System.Text; using System.Text.RegularExpressions; /* *解析drwxr-xr-x *第一位表示文件类型.d是目录文件,l是链接文件,-是普通文件,p是管道 *第2-4位表示这个文件的属主拥有的权限,r是读,w是写,x是执行. *第5…

我们在很多网站注册会员时,注册完成后,系统会自动向用户的邮箱发送一封邮件,这封邮件的内容就是一个URL链接,用户需要点击打开这个链接才能激活之前在该网站注册的帐号.激活成功后才能正常使用会员功能. 本文将结合实例,讲解如何使用PHP+Mysql完成注册帐号.发送激活邮件.验证激活帐号.处理URL链接过期的功能. 业务流程 1.用户提交注册信息. 2.写入数据库,此时帐号状态未激活. 3.将用户名密码或其他标识字符加密构造成激活识别码(你也可以叫激活码). 4.将构造好的激活识别码组成URL发送到…

我们在很多网站注册会员时,注册完成后,系统会自动向用户的邮箱发送一封邮件,这封邮件的内容就是一个URL链接,用户需要点击打开这个链接才能激活之前在该网站注册的帐号.激活成功后才能正常使用会员功能. 本文将结合实例,讲解如何使用PHP+Mysql完成注册帐号.发送激活邮件.验证激活帐号.处理URL链接过期的功能. 业务流程 1.用户提交注册信息. 2.写入数据库,此时帐号状态未激活. 3.将用户名密码或其他标识字符加密构造成激活识别码(你也可以叫激活码). 4.将构造好的激活识别码组成URL发送到…

参考了众多文章并结合实际操作后的感想. 参考:http://www.plob.org/2013/09/18/6174.html 参考:http://www.plob.org/2012/06/12/2207.html Orthomcl需要的linux详细配置,简单叙述. 系统:unix BLAST Database:oracle 或 mysql 内存4G,硬盘100G perl: DBI module 和 DBD-mysql MCL程序 详细操作过程及需要注意的点: 1.数据库安装和配置 我用的m…

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as…

最近正在看<寒江独钓——Windows内核安全编程>这本书,感觉这本书非常好,有兴趣的朋友可以买来看看,有关这本书的信息请参考:http://www.china-pub.com/195592 这本书里没有详细介绍如何搭建Visual Studio的内核编程开发环境,在这里我简单介绍一下,希望能让像我一样刚学习内核编程的朋友更方便地开发. 一.下载与安装WDK <寒>说,以前说的DDK.IFS已成为历史,现在已经改为使用WDK了,具体下载地址可以这里注册并下载:http://conn…

我们在很多网站注册会员时,注册完成后,系统会自动向用户的邮箱发送一封邮件,这封邮件的内容就是一个URL链接,用户需要点击打开这个链接才能激活之前在该网站注册的帐号.激活成功后才能正常使用会员功能. 查看演示 下载源码 本文将结合实例,讲解如何使用PHP+Mysql完成注册帐号.发送激活邮件.验证激活帐号.处理URL链接过期的功能. 业务流程 1.用户提交注册信息. 2.写入数据库,此时帐号状态未激活. 3.将用户名密码或其他标识字符加密构造成激活识别码(你也可以叫激活码). 4.将构造好的激活识…

单线程构建爬虫代理IP池 #!/usr/bin/python3.5 # -*- coding:utf-8 -*- import time import tempfile from lxml import etree from urllib import request user_agent = 'Mozilla/5.0 (Windows NT 6.1; WOW64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/49.0.2623.22 Safari…

2017年Wijmo的第1个Release已经发布了!它充满了令人兴奋的新控件和新功能.一个新的TreeView控件:一个只有看到你才会相信的MultiAutoComplete控件:移动平台报表查看器:以及支持服务端的OLAP. TreeView控件 在Wijmo的新TreeView中显示分层列表,其功能包括复选框,图标,拖放,延迟加载,节点编辑等.TreeView是一个新的wijmo.nav模块的一部分. TreeView控件 TreeView示例 MultiAutoComplete控件 Mu…

融合基因(Fusion gene)是指两个基因的全部或一部分的序列相互融合为一个新的基因的过程.其有可能是染色体易位.中间缺失或染色体倒置所致的结果. 异常的融合基因可以引起恶性血液疾病以及肿瘤.例如典型的EML4-ALK BCR-ABL融合基因可以导致白血病,此外还有在前列腺癌症里面经常被发现的TMPRSS2-ERG,在非小细胞肺癌里面经常发现的EML4-ALK,VTI1A-TCF7L2 (直肠癌). 目前的融合基因分类有可分为一下5种: 目前已经很多在线工具,基于高通量测序数据来对检测融合基…

前言 这篇文章的主题是混合部署~ 混合使得本地组织和云环境像一个单一的.协作紧密的组织一样运作.当组织决定进行混合部署,达到本地Exchange Server和Office 365共存的状态时,就会面临一个选择:最小混合部署和完全混合部署. 最小混合部署和完全混合部署适应的情况不同.当组织存在以下情况的时候,我们建议选择最小混合部署,规避掉一些复杂的设置,进行快速迁移: 为用户提供无缝迁移体验的中小型客户 组织不打算将本地的邮箱保留很长时间 组织不希望再运行Azure AD Connect来将用…

转载:http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/18699154201241014835362/ http://blog.sina.com.cn/s/blog_4476400f0100iq0x.html   EST----对EST序列进行冗余查找,利用CD_HIT软件聚类,快速批量去除冗余序列 est-trimer(去掉帽子和尾巴,去掉太短而不可信的) RepeatMaster(去掉转座子等重复) seqclean(去除载体,线粒体叶绿体等序列) CAP…

通常所说的密码找回功能不是真的能把忘记的密码找回,因为我们的密码是加密保存的,一般开发者会在验证用户信息后通过程序生成一个新密码或者生成一个特定的链接并发送邮件到用户邮箱,用户从邮箱链接到网站的重置密码模块重新设置新密码. 当然现在有的网站也有手机短信的方式找回密码,原理就是通过发送验证码来验明正身,和发送邮件验证一样,最终还是要通过重置密码来完成找回密码的流程. 本文将使用PHP+Mysql+jQuery来实现一个密码找回的功能,一般步骤是: 1.表单输入注册时的邮箱: 2.验证用户邮箱是否正…

在Qt网络编程中,需要用到协议,即HTTP.它是超文本传输协议,它是一种文件传输协议. 新建工程名为“http”,然后选中QtNetwork模块,最后Base class选择QWidget.注意:如果新建工程时没有添加QtNetwork模块,那么就要手动在工程文件.pro中添加代码 QT += network 表明我们使用了网络模块. 2.我们在widget.ui文件中添加一个 Text Browser ,如下图. 实现的代码如下: widget.h文件: #ifndef WIDGET_H #d…

题目:Improving Silkworm Genome Annotation Using a Proteogenomics Approach 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:June 28, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00965 分享人:张霞 内容与观点: 1. 文章研究概述 桑蚕是一种重要的经济昆虫,并作为鳞翅目模式昆虫用于基础研究.作者通过以往的研究发现,目前对于桑蚕的基因测序和组装研究已基本解决,在基因注释…

摘要 继续坚持,继续推荐.本期共有9篇文章: 最新的ASP.NET MVC框架开发计划 Visual Studio 2008 Web开发相关的Hotfix发布 ASP.NET安全性教程系列 ASP.NET MVC的4个其他的View引擎 通过延迟加载提高ASP.NET页面的性能 如何成为一个更好的程序员? LINQ to JavaScript项目 在客户端JavaScript脚本中嵌入ASP.NET服务器端变量 Visual Studio提供对jQuery语法的智能感知 [1] ASP.NET…

目录 1.缘起 2.准备环境 2.1.安装linux系统 2.2.安装docker 2.3.安装Docker Compose 2.4.安装git 3.发布地图 3.1.拉取代码 3.2.测试网络 3.3.处理数据 3.4.发布矢量瓦片服务 3.5.自定义地图样式 3.6.注意 4.总结 1.缘起 OpenStreetMap(简称OSM)不仅可以免费在线使用,还可以免费下载原始数据,数据格式有.osm.pbf和shp. 我们将OSM原始数据下载下来,处理成矢量瓦片,发布成服务,就可以实现OSM地图…