hg19有哪些染色体? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY chrM 其实还有其他“染色体”,只是我们的研究一般用不到,所以就没有合并进来.比如做同源分析,找变异什么的,还是要选好基因组. gene_type有哪些? cat gencode.v27.annotation…

文件及内容处理 - vi.vim 1.Linux vi/vim 所有的 Unix Like 系统都会内建 vi 文书编辑器,其他的文书编辑器则不一定会存在. 但是目前我们使用比较多的是 vim 编辑器. vim 具有程序编辑的能力,可以主动的以字体颜色辨别语法的正确性,方便程序设计. 2.什么是 vim? Vim 是从 vi 发展出来的一个文本编辑器.代码补完.编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富,在程序员中被广泛使用. 简单的来说, vi 是老式的字处理器,不过功能已经很齐全了,但是还是有可…

ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh38.feature.info ENSG00000000003 TS…

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff…

很多时候我们需要删除脚本文件全部内容, 重新再写入新的内容,进行其他的操作: 很多时候我们对应用程序的排错需要查看日志文件,然而日志中通常有许多我们以前的应用程序产生的日志,其他的日志过多的时候,有时候看起当前应用程序产生的日志的时候有点费力,这时候我们可能想通过清除先前的日志,使得当前产生的日志看起来清晰: vi test.log :0,$d :wq 注释: :0,$d是删除第0行到最后一行的意思::wq是保存并退出的意思. 然后输入如下命令,就可以实时监控test.log里面的内容了: 若想…

关于如何在eclipse.myeclipse导入本地注释文件 [xxx.xml]   请看操作方式 下面是code templates文件的内容 注意  把文件中的 @@@@@@@@@@@@@@@  替换为  作者名称即可   各注释详细可在eclipse工具中修改 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="no"?><templates><template a…

在Linux系统当中,如何搜.索查找文件里面的内容呢? 这个应该是系统维护.管理当中遇到最常见的需求.那么下面介绍,总结一下如何搜索.查找文件当中的内容. 搜索.查找文件当中的内容,一般最常用的是grep命令,另外还有egrep, vi命令也能搜索文件里面内容 1:搜索某个文件里面是否包含字符串,使用grep "search content" filename1, 例如 $ grep ORA alert_gsp.log $ grep "ORA" alert_gsp.…

PHP批量清空删除指定文件夹内容: cleancache.php <?php // 清文件缓存 $dirs = array( realpath(dirname(__FILE__) . '/../data/cache_data'), realpath(dirname(__FILE__) . '/../data/cache_file'), realpath(dirname(__FILE__) . '/../data/cache_view') ); // 清理缓存 foreach($dirs as $…

首先熟悉一个dos命令 显示文件内容命令——type命令 1.格式:type [盘符:] [路径] 文件名 2.类型:内部命令 3.功能:把指定的文件内容在屏幕上显示或打印机输出,它常用作查阅和显示文本文件的内容和打印清单. 4.说明: (1)该命令只能显示ascii字符型文件, 不能显示非文本文件 如exe.com (2)文件名指全名,不能使用通配符 (3)执行时,可以按ctrl+numlock或ctrl+s暂停滚动,按任意键继续. (4)按ctrl+p可以将内容在打印机上打出 例1.将C:\…

一.题目 编写一个内核模块,在/proc文件系统中增加一个目录hello,并在这个目录中增加一个文件world,文件的内容为hello world.内核版本要求2.6.18 二.实验环境 物理主机:win7 64bit, i5双核,8G内存 虚拟机:Vmware Workstation 10.0.2 虚拟主机: CentOs-5.11,内核2.6.18 三.实验思路 在着手解决问题之前,我在网上查阅了一些资料,大多是关于模块的介绍.linux内核采用的是模块化编程,这样可以很容易的添加或删除一个…