官方文档: https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA分析最常用的谱图解析软件之一,优点是定量准确,缺点是高额收费,window版本,速度慢.一起来简单了解下用法. 这是它的界面.只要理解了DIA流程,用法其实很简单,首先构建谱图库,或者导入已建好的DDA谱图库,再导入DIA原始文件,配置好参数,最后run即可. 一开始需要准备的是各种数据,包括:DIA的rawdata,DDA…

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要…

目录 一.iMetaLab简介 二.内置工具与模块 1. Data Processing module 2. Functional Analysis 3. R Developing environment 4. R based data analysis packages 5. Web development libraries and frameworks 三.报告内容 1. 谱图肽段ID统计 2. 肽段鉴定结果分析 3. 蛋白鉴定结果分析 4. 物种分析 5. 功能分析 MetaMep fo…

一. 概述: 自顶向下的蛋白质组学技术近年来也发展成为高通量蛋白定性定量手段.该技术可以在一次的实验中定性上千种蛋白,然而缺乏一个可靠的假阳性控制方法阻碍了该技术的发展.在大规模流程化的假阳性控制手段中,假阳性的判断取决于蛋白鉴定的检索条件,包括谱图的质量,检索的数据库的大小,检索引擎,检索参数等.本文提出了一个一种依据蛋白鉴定条件设定假阳性的方法.该方法的可靠性在一个人工确认的包含546个蛋白的数据集中进行了验证.目前该方法已被封装成一个开源工具,TDCD_FDR_CALCULATOR,可以整…

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow…

这两天看了<移山之道:VSTS软件开发指南>,对团队软件开发又有了新的认识.也许对于我们这些软件开发的新手来说,最重要的是具体技术与应用框架,但读了这本书后我感觉到,实际团队项目中工具的使用是次要的,更重要的在于对人员的控制,如何高效得让一个团队各司其职.彼此之间在充分信息交流的基础上协同工作才是一个软件开发过程中最重要的因素. VSTS 就是微软在MSF框架的基础上发布的一套团队软件开发集成环境,除了开发工具外还集成了测试工具.构建工具.管理工具和协作工具.其逻辑结构简单来说,就是把源代码存…

一.概述 由于难以获得100%的蛋白氨基酸序列覆盖率,蛋白组de novo测序成为了蛋白测序的难点,由Ac-LysargiNase(N端蛋白酶)和胰蛋白酶构成的镜像酶组合可以解决这个问题并具有稳定性,这2种消化位点互补的酶能够产生目标蛋白的镜像b,y离子,基于镜像原理设计的算法pNovoM可用于蛋白组de novo测序. 二.研究背景 De novo测序是基于二级质谱谱图解析未知蛋白.翻译后修饰及蛋白突变位点的测序方法,这项技术适用于没有氨基酸序列信息的蛋白及蛋白组解析.De novo测序的难点…

MetaboAnalyst是做代谢的R包,功能十分强大.也开发了web版本,代谢组学的分析这里不介绍,主要讲讲它开发的多组学分析的相关内容. 既然是做代谢的工具,即使是增加了多组学内容,肯定也是以代谢为核心.以代谢组为中心的多组学分析想想无非就是以下几点:多元变量统计分析.网络分析.pathway分析以及mGWAS或宏组学等,这个工具就有网络分析和pathway分析.下面我们一起来试试. 网络分析 我们先看看网络分析.我这里使用软件提供的demo数据,点击进去后,会有两种ID类型供选择.第一种是…

最近打算开始写一个多组学(包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组)关联分析的R包,避免重复造轮子,在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具,部分罗列如下: 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包,有专门的团队,做了十余年了,引用量也比较高. 官网:http://mixomics.org/ 文章:mixOmics: An R package for 'omics feature selection and multiple data integration Gi…

Windows 2003]利用域&&组策略自动部署软件 转自 http://hi.baidu.com/qu6zhi/item/4c0fa100dc768613cc34ead0 ===================================================================================可以利用 Active Directory 的组策略功能来为公司的计算机部署软件.在规模比较大的网络环境里面,为了降低我们系统管理逐台给每个客户端去安装…