A high min_kmer value was used to reduce noise in the assembly and to identify only transcripts that were relatively highly expressed. At lower min_kmer values, intron retention was observed, possibly from incomplete splicing of preWmRNAs. The vast m…

当使用Trinity组装时,如果数据量过大,可以考虑使用--min_kmer_cov 2参数丢弃uniquely occurring kmer, 从而降低内存消耗 设置--no_distributed_trinity_exec会在输出目录下面(trinity_out_dir)生成一个recursive_trinity.cmds文件,这里面包含了下一步运行的所有命令,这些命令是可以并行执行的时候 然后运行Trinity会自动识别已经完成部分,接着未完成的命令继续运行 运行命令如下: /home/y…

缘起因由 在一个无所事事的周末下午,突然想起魔兽世界,官方的账号很久没有上了,里面的大小号现在连满级都不是.以前曾经搭过传奇和星际争霸战网的私服自娱自乐,也听说过魔兽世界有开源的服务端模拟,既然兴致来了就小小的研究一下. 目前魔兽世界的私服比较流行的是MaNGOS和Trinity,二者都是模拟魔兽世界服务端.MaNGOS“号称”是一个研究型项目,目的是为了学习大规模的C++项目开发,有道理,不过我不信.Trinity是基于MaNGOS的代码开发的,以前主要是为了合并用户提交的补丁代码而设立的一个…

使用Trinity拼接以及分析差异表达一个小例子  2017-06-12 09:42:47     293     0     0 Trinity 将测序数据分为许多独立的de Brujin graph,理论上每一个图对应一个表达的基因. 整个流程分为三个步骤:Inchworm, Chrysalis, and Butterfly Inchworm: 从reads中提取所有的重叠k-mers,根据丰度递减的顺序检查每个k-mers,然后将重叠的k-mers延长到不能再延长,称为一个contig C…

http://trinityrnaseq.github.io/ 安装包下载地址: https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases 解压 make 最后是这个样子就是装好了! apple 安装地址: /usr/local/share/trinityrnaseq_r20140717/ peach安装地址: ~/trinityrnaseq-2.0.6/…

Atcoder 题面传送门 & 洛谷题面传送门 首先我们考虑设 \(dp_{i,j}\) 表示对于一个 \(i\times j\) 的网格,其每行都至少有一个黑格的合法的三元组 \((A,B,C)\) 的个数,那么对于原来的 \(n\times m\) 的网格,如果其存在黑格的行的集合不同,那么三元组 \((A,B,C)\) 肯定不同,因此我们可以直接枚举有多少行存在黑格来计算答案,即 \(ans=\sum\limits_{i=0}^n\dbinom{n}{i}dp_{i,m}\),因此我们只需…

题目列表 A.ABBA E.Elvis Presley G. Biological Software Utilities J. Burnished Security Updates A.ABBA 题意:就是问你一个矩阵能由几个行向量表示出来 Solution 其实就是求矩阵的秩,但是会被卡精度(被卡了好几发),直接抄个矩阵求秩的板子就AC了 Code #define CLR(x) memset(x,0,sizeof(x))//定义宏 using namespace std; double mat…

一.什么是BSP模型 概述 BSP(Bulk Synchronous Parallel,整体同步并行计算模型)是一种并行计算模型,由英国计算机科学家Viliant在上世纪80年代提出.Google发布的一篇论文(<Pregel: A System for Large-Scale Graph Processing>)使得这一概念被更多人所认识,据说在Google 80%的程序运行在MapReduce上,20%的程序运行在Pregel上.和MapReduce一样,Google并没有开源Pregel…

Indexes and search engines These sites provide indexes and search engines for Go packages: godoc.org gowalker gosearch Sourcegraph Contributing To edit this page you must be a contributor to the go-wiki project. To get contributor access, send mail t…

× 目录 [1]键值操作 [2]记数[3]回调函数[4]组合[5]栈和队列[6]顺序 前面的话 PHP中的数组功能非常强大,数组处理函数有着强大.灵活.高效的特点.PHP5提供了近100个操作数组的系统函数,包括排序函数.替换函数.数组计算函数等.下面将详细介绍数组函数 [注意]关于javascript数组的22种方法移步至此 键值操作 数组的每个元素都是由键值对组成,通过元素的键名来访问对应的键值.关于键值操作有array_values().array_keys().in_array().ar…

PHP中如何在数组中随机抽取n个数据的值? 最佳答案 array_rand() 在你想从数组中取出一个或多个随机的单元时相当有用.它接受 input 作为输入数组和一个可选的参数 num_req,指明了你想取出多少个单元 - 如果没有指定,默认为 1.如果你只取出一个,array_rand() 返回一个随机单元的键名,否则就返回一个包含随机键名的数组.这样你就可以随机从数组中取出键名和值. 如下例所示: <?php $input = array("Neo", "Morp…

This article come from HEREARS-L1: Learning Tuesday 10:30–12:30; Oral Session; Room: Leonard de Vinci 10:30  ARS-L1.1—GROUP STRUCTURED DIRTY DICTIONARY LEARNING FOR CLASSIFICATION Yuanming Suo, Minh Dao, Trac Tran, Johns Hopkins University, USA; Hojj…

这篇文章的案例都是来自官方,引用的cdn来自bootcss, 因为angular的官方网站被屏了, 所以要翻, 不过我把整个文档下回来了,方便大家下载可以点击: 打开下载英文版 angular的指令 a标签(也就是html的锚标签): angular的所有事件直接绑定在元素的上,而且事件都是以“ng-****”开头,比如ng-click,ng-keydown,ng-keypress,ng-mouseover.... 基本的绑定事件代码, 点击a标签会触发该控制器内部$scope的alert事件;…

/home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/util/support_scripts/get_Trinity_gene_to_trans_map.pl Trinity.fasta > Trinity.fasta_trans_map bowtie-build Trinity.fasta Trinity.fasta.bowtie rsem-prepare-reference --no-polyA --no-bowtie --transcript-to-gen…

精通Web Analytics 2.0 : 用户中心科学与在线统计艺术 第一章:Web Analytics 2.0的新奇世界 多年以来,我们很清楚的知道,网站分析能够真正的改革网络上业务的完成方式.那么为什么不呢?你可以追踪你的网站上每个人的每次点击.这难道不是可行动的吗?遗憾的是,改革还没彻底成功.根本原因是分析师和营销人员他们对网络上的数据的看法非常局限,而且仅仅限于点击流的数据.在本章中,我使用了一个案例来说明为什么我们需要彻底地重新思考网站上数据的意义.网站分析2.0策略适应了网站的发展…

Gesture Drawing with Alex Woo Gesture Drawing with Alex Woo and Louis Gonzales http://eisneim.com/?page_id=1271 ------------------------------Animation------------------------------Basics Animation 03 Drawing for Animation (基础动画03绘图动画电子书)http://www.9…

原文:http://www.huanxiangwu.com/477/linux-nc-netcat 一.版本通常的Linux发行版中都带有NetCat(简称nc),甚至在拯救模式光盘中也由busybox提供了 简版的nc工具.但不同的版本,其参数的使用略有差异.NetCat 官方地址:http://netcat.sourceforge.net/ 引用 [root@hatest1 ~]# cat /etc/asianux-releaseAsianux release 2.0 (Trinity SP…

长阴影其实就是扩展了对象的投影,感觉是一种光线照射下的影子,通常采用角度为 45 度的投影,给对象添加了一份立体感.长阴影(Long Shadow)概念来自于最新非常流行的扁平化设计(Flat Design).扁平化设计趋势影响最大的是用户界面元素和图标,但它也开始蔓延到其他网页设计的其他部分. 这些阴影特别之处在于它们也是扁平的.网页设计师使用没有阴影.渐变的颜色来生成阴影.目前,长阴影设计主要用于较小的对象和元素,如图标.LOGO 等.这篇文章给大家带来的是25款很酷的长阴影效果 LOGO…

3.教程 3.1教程: Movie Database 我们来用Serenity创建一个和IMDB相似的编辑界面的站点. 你能在下面的站点找到教程的源代码: https://github.com/volkanceylan/Serenity-Tutorials/tree/master/MovieTutorial 创建一个新的项目名称为 MovieTutorial 在Visual Studio 点击 File -> New Project. 确保你选择了 Serene template. 输入 Mov…

docker 上需要nc 测试环境--internet上搜集了一些资料 --------------------------------------------------------------------------------- 瑞士军刀 nc //man 说的清楚了 Common uses include: · simple TCP proxies· shell-script based HTTP clients and servers· network daemon testing·…

一.什么是multipath 普通的电脑主机都是一个硬盘挂接到一个总线上,这里是一对一的关系.而到了有光纤组成的SAN环境,由于主机和存储通过了光纤交换机连接,这样的话,就构成了多对多的关系.也就是说,主机到存储可以有多条路径可以选择.主机到存储之间的IO由多条路径可以选择. 既然,每个主机到所对应的存储可以经过几条不同的路径,如果是同时使用的话,I/O流量如何分配?其中一条路径坏掉了,如何处理?还有在操作系统的角度来看,每条路径,操作系统会认为是一个实际存在的物理盘,但实际上只是通向同一个物理…

云计算平台简介(App Engine)     1   简介 App Engine: 应用程序引擎,是托管网络应用程序的云计算平台. 1.1  什么是云 云计算通常简称为“云”,是一种通过 Internet 按需交付计算资源(从应用到数据中心都属于计算资源)和按使用付费的基础架构. 富有弹性的资源:能快速轻松地扩大或缩小规模,以满足您的需求 按使用付费:计量服务的使用情况,只需为所用的服务付费 自助服务:使用自助服务可访问您需要的所有 IT 资源 1.2  云计算部署模型 1.2.1 公共云 公…

http://gmod.org/wiki/MAKER_Tutorial 简单好用 identify repeats, to align ESTs and proteins to the genome, and to automatically synthesize these data into feature-rich gene annotations, including alternative splicing and UTRs, as well as attributes such as…

注意array_rand随机返回的是KEY值的集合 <?php srand((float) microtime() * 10000000); $input = array("Neo", "Morpheus", "Trinity", "Cypher", "Tank"); $rand_keys = array_rand($input, 2); print $input[$rand_keys[0]] . &…

NetCat,在网络工具中有“瑞士军刀”美誉,其有Windows和Linux的版本.因为它短小精悍(1.84版本也不过25k,旧版本或缩减版甚至更小).功能实用,被设计为一个简单.可靠的网络工具,可通过TCP或UDP协议传输读写数据.同时,它还是一个网络应用Debug分析器,因为它可以根据需要创建各种不同类型的网络连接. 一.版本通常的Linux发行版中都带有NetCat(简称nc),甚至在拯救模式光盘中也由busybox提供了简版的nc工具.但不同的版本,其参数的使用略有差异.NetCat 官…

分类: 网络与安全 cisco-sccp 2000/tcp Cisco SCCPcisco-sccp 2000/udp Cisco SCCp# Dan Wing <dwing&cisco.com> November 2003dc 2001/tcpwizard 2001/udp curryglobe 2002/tcpglobe 2002/udp#brutus 2003/tcp Brutus Serverbrutus 2003/udp Brutus Server# Johannes Sko…

http://www.cnblogs.com/sennly/p/4135594.html 最近几天微软Azure的运营方世纪互联被Trinity做空,股价震荡巨大,先让我们回顾下整个事件: 9月11日,Trinity Research Group周三发布报告称,世纪互联(纳斯达克证券代码:VENT)可能是一场骗局,预计其股价将跌至零的影响,世纪互联股价盘中一度暴跌35%.至收盘时,世纪互联股价下跌8.04%,报收于20.12美元.在其暴跌35%之时,有大量买入,购买者大多是互联网从业人员. 9月…

vimrc的存放位置: 系统 vimrc 文件: "$VIM/vimrc" 用户 vimrc 文件: "$HOME/.vimrc" 用户 exrc 文件: "$HOME/.exrc" 系统 gvimrc 文件: "$VIM/gvimrc" 用户 gvimrc 文件: "$HOME/.gvimrc" 系统菜单文件: "$VIMRUNTIME/menu.vim" $VIM 预设值: &quo…

DocumentationScreenshotsDownload/SourcesLinksRoadmapBugs & Wishes This is the homepage of the profiling tool Callgrind and the profile data visualization KCachegrind. Both are licensed under GPL V2. Callgrind uses runtime instrumentation via the Valg…

1. 安装powerline-shell 下载powerline-shell # cd /opt/ # git clone https://github.com/milkbikis/powerline-shell 复制config.py.dist为config.py,根据需要修改该配置文件,然后运行install.py,将会生成powerline-shell.py # cd powerline-shell/ # cp config.py.dist config.py # ./install.py…