多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比对.特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些问题进行总结与讨论.因为涉及内容较多,不足之处,欢迎大家补充或者批判. 生物信息学的基础是基…

本质上就是二进制压缩的SAM文件,大部分生物信息学流程都需要这个格式,为了节省存储空间以及方便索引. # BiocInstaller::biocLite('Rsamtools') library(Rsamtools) test_bam_file <- 'data/CHIP-seq.bam' #fileter bam filter <- FilterRules(list(MinWidth = function(x) width(x$seq) > 35)) res <- scanBam…

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式 第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

版权声明:本文为博主原创文章.未经博主同意不得转载. https://blog.csdn.net/Topyuluo/article/details/24232449 数据库的对象包含:表.视图.序列.索引和同义词.在前面的笔记中陆续学习了表和视图,那么本次笔记将学习剩 下的数据库对象,即:序列.索引和同义词. 序列:提供有规律的数值.可供多个用户用来产生唯一数值的数据库对象,主要用来提供主键的值. 索引:提高查询的效率. 同义词:给对象起别名. 在MYSQL 和 SQL SERVER 数据库中.…

符号: 1.HGVS的变异格式由两部分组成: 1.1 reference sequence file identifier (accession.version-number) :  actual description of a variant 比如:NG_012232.1(NM_004006.2):c.357+1G>A NG_012232.1(NM_004006.2)是the reference sequence file identifier. c.357+1G>A:the actual…

一.简单说明 yaml是一个可读性高,用来表达数据序列的格式.YAML 的意思其实是:仍是一种标记语言,但为了强调这种语言以数据做为中心,而不是以标记语言为重点 二.基本语法 缩进时不允许使用Tab键,只允许使用空格缩进的空格 数目不重要,只要相同层级的元素左侧对齐即可 # 标识注释,从这个字符一直到行尾,都会被解释器忽略 三.YAML 支持的数据结构 对象:键值对的集合,又称为映射(mapping)/ 哈希(hashes) / 字典(dictionary) 数组:一组按次序排列的值,又称为序列…

Hmmer的安装与使用   从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及. hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装: % wget ftp://selab.janelia.org/pub/software/hmmer3/3.0/hmmer-3.0.tar.gz % tar zxf hm…

hmmer 使用 » 转载文章请注明,转载自:博耘生物 » <hmmer的安装与使用> » 原文链接:http://boyun.sh.cn/bio/?p=1753   从功能基因研究的角度来讲,相关的搜索,比如从序列数据库中,找同源的序列,或者对一个对一个新的基因功能进行鉴定,使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度已经更高的搜索速度,但其应用还远没有blast普及,这里是一篇入门级的介绍文章. hmmer下载与安装 对于Mac OS/X, Linux, UNIX系统,用源代码编译安装:…

XSL 语言 XSL(eXtensible Stylesheet Language)是可扩展样式表语言,是一种用于以可读格式呈现 XML(标准通用标记语言的子集)数据的语言. XSL与xml CSS = HTML 样式表 HTML 使用预先定义的标签,每个标签的意义很容易被理解. HTML 中的 <table> 标签定义表格 - 并且浏览器清楚如何显示它. 向 HTML 元素添加样式是很容易的.通过 CSS,很容易告知浏览器用特定的字体或颜色显示一个元素. XSL = XML 样式表 XML…

1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例,简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas) hmmbuild: 用多重比对序列构建HMM模型:hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库: 步骤1:pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS.txt)如果没有就用多条参考序列进行多重比对,然后用hmmbuild构建模型(NOS基因为例)/PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux…