INDEL的重新比对和碱基质量分数的重新校准

1.为什么要做这两步(why): indel的重新比对:这是由于比对软件的自身限制,其可能将包括indel的read解释为snp的read,这就导致calling的错误和后面的碱基质量分数的重新校准. 碱基质量分数的重新校准:这是由于测序机器的系统性误差导致的,假设机器能识别5亿个碱基有99%的概率是对,那么也就说有5千万可能是错的,这些错误就可能被作为mutation calling出来,即假阳性. 2.怎么做的(how): indel的重新比对: 1.先找到需要重新比对的区域:GATK之Re…

【转录组入门】3：了解fastq测序数据

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./…

PacBio下机数据如何看？

一开始拿到三代测序的下机数据时,蒙了,readme ?三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样 B barcode(客户自己设计) I insert 插入片段,即我们测序的目的片段由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴下了… 测序结果根据SMRTbell的…

Phred-scale quality scores的相关内容

phred-scale quality score起源于人类基因组计划,最初是用来评估碱基质量分数,后来,被广泛的推广到基因领域的其他内容. phred-scalequality score表示这件事情做对的可能性,值越高,则做对的可能性越高.一般说来,值可以从0到无穷大. phred-scale quality score的计算公式:Q=-10 * logE :Q表示score ,E表示这件事情出错的概率. 下表为一一对应的Q值和E值: 下图为上表的曲线图: 可以看得出来,phred scor…

3、PACBIO下机数据如何看

转载:http://www.cnblogs.com/jinhh/p/8328818.html 三代测序的下机数据都有哪些,以及他们具体的格式是怎么样的(以sequel 平台为主). 测序过程 SMRTbell A adapter通用接头,两端的接头可以一样也可以不一样 B barcode(客户自己设计) I insert 插入片段,即我们测序的目的片段由于SMRTbell是环状的,测序过程是边合成边测序,因此可以沿着新链合成的方向不停地读取序列,读取一圈又一圈,直到聚合酶累趴…

FASTQ格式

FASQT格式是用于存储生物序列(通常是核苷酸序列)及其相应的碱基质量分数的一种文本格式.为简洁起见,序列字母和质量分数均使用单个ASCII字符进行编码.最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)开发用于捆绑FASTA格式的序列和其碱基质量分数的,现在已成为存储Illumina Genome Analyzer(Illumina基因组分析仪)等高通量测序仪的标准输出格式. FASTQ文件格式第1行,以“@” 字符开头,后面跟着一个序列标识符和一个可选的描述…

AC日记——配对碱基链 openjudge 1.7 07

07:配对碱基链总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述脱氧核糖核酸(DNA)由两条互补的碱基链以双螺旋的方式结合而成.而构成DNA的碱基共有4种,分别为腺瞟呤(A).鸟嘌呤(G).胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C).我们知道,在两条互补碱基链的对应位置上,腺瞟呤总是和胸腺嘧啶配对,鸟嘌呤总是和胞嘧啶配对.你的任务就是根据一条单链上的碱基序列,给出对应的互补链上的碱基序列. 输入一个字符串,表示一条碱基链.这个字符串只含有大写字母A.T.G.C,分别表示腺瞟呤.胸腺嘧啶.…

OpenJudge计算概论-配对碱基链

/*===================================== 配对碱基链总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述脱氧核糖核酸(DNA)由两条互补的碱基链以双螺旋的方式结合而成.而构成DNA的碱基共有4种,分别为腺瞟呤(A).鸟嘌呤(G).胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C).我们知道,在两条互补碱基链的对应位置上,腺瞟呤总是和胸腺嘧啶配对,鸟嘌呤总是和胞嘧啶配对.你的任务就是根据一条单链上的碱基序列,给出对应的互补链上的碱基序列. 输入第一行是一个正整数n…

POJ C程序设计进阶编程题＃2：配对碱基链

编程题#2: 配对碱基链来源: POJ (Coursera声明:在POJ上完成的习题将不会计入Coursera的最后成绩.) 注意: 总时间限制: 1000ms 内存限制: 65536kB 描述脱氧核糖核酸(DNA)由两条互补的碱基链以双螺旋的方式结合而成.而构成DNA的碱基共有4种,分别为腺瞟呤(A).鸟嘌呤(G).胸腺嘧啶(T)和胞嘧啶(C).我们知道,在两条互补碱基链的对应位置上,腺瞟呤总是和胸腺嘧啶配对,鸟嘌呤总是和胞嘧啶配对.你的任务就是根据一条单链上的碱基序列,给出对应的互补链上…

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用

假设想要计算ATP1A4基因上的外显子碱基覆盖度首先查询这个基因所有exon的起始和终止位置,查询链接:http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Exons?db=core;g=ENSG00000132681;r=1:160121360-160156767;t=ENST00000368081 如下图所示,可以看到该基因有6个转录本,假定选择第二个转录本ENST00000470705.1,点击进去,显示该转录本有5个外显子具体外显子的详…

四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data）

摘要:如果不设置任何过滤标准的话,SOAPsnp会call出更多的SNVs:AtlasSNP2算法比较严格,因此call出来的SNVs数量是最少的,GATK 和 SAMtools call出来的数量位于SOAPsnp 和 Atlas-SNP2之间:四种calling算法的整体一致性是很低的,尤其在non-dbSNPs数据库中:GATK 和 Atlas-SNP2有较高的阳性call率和灵敏性,GATK call出来的SNVs数量比较多. 1.dbSNP数据库和non-dbSNPs在用四种不同软件c…

SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SNV ( single nucleotide variants ) , Indel (insertion-deletion) 的区别

SNP (Single Nucleotide Polymorphism):强调在一个群体中具有一定频率的变异,一般为二态性.比如G→C SNV ( single nucleotide variants ) :包含多种单核苷酸变异,比如该位点可能由T变C,也可能由T变A.则T→C,A.SNV并没有强调在一个群体中具有一定的频率. Indel (insertion-deletion) :插入和缺失,涉及多个核苷酸的改变,插入:G→GTC, 缺失:GTC→G…

Fastqc 能够识别的碱基编码格式

Fastqc 能够自动识别序列的碱基编码格式,我查看一下源代码,发现是碱基编码格式一共分为 1)sanger/illumina 1.9 2) illumina 1.3 3) illumina 1.5 其核心的代码为 public static PhredEncoding getFastQEncodingOffset(final char lowestChar) { if (lowestChar < '!') { throw new IllegalArgumentException("No…

Fastqc 碱基质量分布图

横坐标代表每个每个碱基的位置,反映了读长信息,比如测序的读长为150bp,横坐标就是1到150: 纵坐标代表碱基质量值, 图中的箱线图代表在每个位置上所有碱基的质量值分布, 中间的红线代表的是中位数用黄色填充的区域的上下两端分别代表上四分位数和下四分位数: 箱线图最上方的短线代表90%,最下方的短线代表10% 蓝色的线代表平均值背景色从上到在下依次为green, orange, red; 分别代表very good, reasonable, poor;将碱基质量分成3个不同的标准当有一个位…

5、提取snp indel 位点

le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site…

java实现第七届蓝桥杯碱基

碱基题目描述生物学家正在对n个物种进行研究. 其中第i个物种的DNA序列为s[i],其中的第j个碱基为s[i][j],碱基一定是A.T.G.C之一. 生物学家想找到这些生物中一部分生物的一些共性,他们现在关注那些至少在m个生物中出现的长度为k的连续碱基序列.准确的说,科学家关心的序列用2m元组(i1,p1,i2,p2-im,pm)表示, 满足: 1<=i1<i2<-<im<=n; 且对于所有q(0<=q<k), s[i1][p1+q]=s[i2][p2+q]=…

如何反向推断基因型文件中的参考碱基（REF/ALT）？

目录需求解决方法一方法二需求客户随手丢来一个基因型文件,类似于hapmap格式,只是少了中间多余的那几列,像这种类hapmap格式文件,往往是芯片数据. 这样的数据因为缺乏等位基因:参考碱基和变异碱基信息,对应在vcf文件中就是REF和ALT,导致后续一些分析没法进行. 那么,问题来了:怎么根据这个基因型文件来推断参考和变异等位基因? 样本量大的时候是否能通过计算等位基因频率来判断?推断出来的结果不一定准确,鬼知道你的变异多不多? 解决在网上查了下,不能只通过基因型文件来推断,还需…

bcftools 提取vcf（snp/indel）文件子集

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集注意…

vcf格式

Variant Call Format(VCF)是一个用于存储基因序列突变信息的文本格式.表示单碱基突变, 插入/缺失, 拷贝数变异和结构变异等.BCF格式文件是VCF格式的二进制文件. CHROM [chromosome]: 染色体名称. POS [position]: 参考基因组突变碱基位置,如果是INDEL(插入缺失),位置是INDEL的第一个碱基位置. ID [identifier]: 突变的名称.若没有,则用'.'表示其为一个新变种. REF [reference base(s)]:…

samtools常用命令详解

samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)…

BWA MEM算法

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a…

【转】GATK使用方法详解（包含bwa使用）

一.使用GATK前须知事项: (1)对GATK的测试主要使用的是人类全基因组和外显子组的测序数据,而且全部是基于illumina数据格式,目前还没有提供其他格式文件(如Ion Torrent)或者实验设计(RNA-Seq)的分析方法. (2)GATK是一个应用于前沿科学研究的软件,不断在更新和修正,因此,在使用GATK进行变异检测时,最好是下载最新的版本,目前的版本是2.8.1(2014-02-25).下载网站:http://www.broadinstitute.org/gatk/downloa…

VCF （Variant Call Format）格式详解

文章来源:http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4562064.html VCF文件示例(VCFv4.2) ##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20090805 ##source=myImputationProgramV3.1 ##reference=file:///seq/references/1000GenomesPilot-NCBI36.fasta ##contig=<ID=20,length=62435964,assembly=B3…

千人基因组计划数据库下载某段区域SNP

进入http://browser.1000genomes.org/index.html网站假定要寻找“6:133098746-133108745”这段距离的SNP数据,“6”表示6号染色体,后面的数据表示距离. 点击“Go”,进入如下界面后,再点击左栏的“Get VCF data” 弹出如下界面,再继续点击“VCF to PED converter” 再点击“Next” 接下来,弹出来的窗口让你选择种族(population),比如有中国CHB,日本JPT,挑选完感兴趣的种族,然后点击“Nex…

Edit Distance编辑距离（NM tag）- sam/bam格式解读进阶

sam格式很精炼,几乎包含了比对的所有信息,我们平常用到的信息很少,但特殊情况下,我们会用到一些较为生僻的信息,关于这些信息sam官方文档的介绍比较精简,直接看估计很难看懂. 今天要介绍的是如何通过bam文件统计比对的indel和mismatch信息首先要介绍一个非常重要的概念--编辑距离定义:从字符串a变到字符串b,所需要的最少的操作步骤(插入,删除,更改)为两个字符串之间的编辑距离. (2016年11月17日:增加,有点误导,如果一个插入有两个字符,那编辑距离变了几呢?1还是2?我又验证…

samtools常用命令详解（转）

转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下是常用命令的介绍 1. view view命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件:然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作):最后将排序或提取得到…