用PyMOL展示配体和受体相互作用的原子和氢键

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用PyMOL展示配体和受体相互作用的原子和氢键

转载于 https://mp.weixin.qq.com/s/P62sjqhSTxmWVicrEAk-RQ 为了简化展示过程,我们设计了一个pml脚本 (脚本内有很详细的解释),只需要修改脚本里面受体和配体的名字,然后在PyMOL的命令行界面输入PyMOL> run display.pml即可获得展示结果.当然这个脚本也可以使用程序generatePmlForHbond.py生成. #########################################################…

Docking非原生配体

转载于 https://mp.weixin.qq.com/s/VDN1qAZGIMol6prwQW4umw Docking非原生配体在前面的例子中,AutoDock Vina能把配体构象调整到几乎原生的构象,验证了这一预测方法的准确度.下面,我们尝试docking另外一个配体药物nelfinavir奈非那韦,来展示如何寻找小分子在蛋白内的结合位点.这个过程可以进一步地凝练和扩展作为“虚拟筛选(virtual screening)”的步骤. 重复上述步骤执行docking 获取nelfinavi…

Chapter5 生长因子、受体和癌症

一.Src蛋白是一种蛋白激酶可以磷酸化不同的底物,调节不同的通路 Src激酶主要磷酸化酪氨酸残基,而别的激酶主要磷酸化色氨酸.苏氨酸残基二.EGF受体拥有酪氨酸激酶功能胞内结构域有Src蛋白的同源区域,可以磷酸化某些蛋白质的酪氨酸不少酪氨酸激酶都有整体上的相似性,许多具有癌蛋白样作用各种不同的生长因子-受体组合的作用激发生长分裂形态变化细胞生存动力改变三.一种改变了的生长因子受体可以发挥癌蛋白样功能被截短了的EGF受体:ErbB蛋白源源不断向细胞内发出生长刺激信号 EGF…

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.…

（转）protein 数据库

最早关注蛋白质互作网络,是在来GDMC第一年的时候,中间停了半年看互作-各种算法,网络分析停滞不前,没想到搞到最后,还是和网络碰到了一起,我总是会潜意识走近给自己第一印象不错的object,包括人.用PPI来做证据,当然要选择证据性最强的网站,先列表如下:1. DIP (database of interacting proteins) http://dip.doe-mbi.ucla.edu/dip/Main.cgi 在页面点击 Search by:[protein] [sequenc…

生信云实证Vol.12：王者带飞LeDock！开箱即用&一键定位分子库+全流程自动化，3.5小时完成20万分子对接

LeDock是苏黎世大学Zhao HongTao在博士期间开发的一款分子对接软件,专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计.LeDock优于大部分商业软件,在Astex多样性集合上实现了大于90%的构象预测准确度,对接时间最快仅需三秒.LeDock同时支持Windows.Linux和MacOS三大操作系统. Linux版支持大规模虚拟筛选,需要通过代码操作才能实现目标. Windows版的图形界面极大简化了药物化学家常见多重复杂的对接过程,但每次任务只能对接一个分子,效率极低,只适用于少量对…

C基础如何让代码只执行一次

1.0 最简单, 最高效的方式 C 代码运行起点 main 就是个大单例函数. 如果把函数注册在其里面, 那么一定很可以 :) // 某个库需要初始化的函数 void log_init(void) { ... ... } int main(int argc, char * argv[]) { ... ... extern void log_init(void); log_init() ... ... return 0; } 是不是, 很轻松的完成了初始化工作. 不妨赠送一个好用的宏, 用于处理这…