文章摘要 本文首先介绍了并行计算的基本概念,然后简要阐述了R和并行计算的关系.之后作者从R用户的使用角度讨论了隐式和显示两种并行计算模式,并给出了相应的案例.隐式并行计算模式不仅提供了简单清晰的使用方法,而且很好的隐藏了并行计算的实现细节.因此用户可以专注于问题本身.显示并行计算模式则更加灵活多样,用户可以按照自己的实际问题来选择数据分解,内存管理和计算任务分配的方式.最后,作者探讨了现阶段R并行化的挑战以及未来的发展. R与并行计算 统计之都的小伙伴们对R,SAS,SPSS, MATLAB之类…

R语言使用向量化计算,因此非常容易在集群上进行并行计算.parallel 包提供了非常方便的函数用来进行并行计算,但有一个问题是并行时对于内存中的对象会拷贝多份,因此会比较占内存,这里提供一个比较简易的方法在内存中共享对象从而达到降低内存占用的目的. cl<-makeCluster(, type="FORK") result_list <- parLapply(cl, list, function) stopCluster(cl) 非常简单,在创建集群的时候添加type为…

先上代码案例: 主要的操作: library(parallel);#加载并行计算包 cl <- makeCluster(8);# 初始化cpu集群 clusterEvalQ(cl,library(RODBC));#添加并行计算中用到的包 clusterExport(cl,'variablename');#添加并行计算中用到的环境变量(如当前上下文中定义的方法) dt <- parApply(cl,stasList, 1, stasPowerPre_Time);# apply的并行版本 all_…

本文在Creative Commons许可证下发布 什么是并行计算? 并行计算,准确地说应该包括高性能计算机和并行软件两个方面.不过,近年来随着个人PC机,廉价机群,以及各种加速卡(NVIDIA GPU, Intel Xeon Phi, FPGA)的快速发展,现在个人电脑已经完全可以和过去的高性能计算机相媲美了. 相比于计算机硬件的迅速发展,并行软件的发展多少有些滞后,试想你现在使用的哪些软件是支持并行化? 软件的并行化需要更多的研发支持,以及对大量串行算法和现有软件的并行化,这部分工作被称之为…

要学的东西太多,无笔记不能学~~ 欢迎关注公众号,一起分享学习笔记,记录每一颗"贝壳"~ --------------------------- 终于开始攻克并行这一块了,有点小兴奋,来看看网络上R语言并行办法有哪些: 赵鹏老师(R与并行计算)做的总结已经很到位.现在并行可以分为:  隐式并行:隐式计算对用户隐藏了大部分细节,用户不需要知道具体数据分配方式 ,算法的实现或者底层的硬件资源分配.系统会根据当前的硬件资源来自动启动计算核心.显然,这种模式对于大多数用户来说是最喜闻乐见的.…

本文对应<R语言编程艺术> 第14章:性能提升:速度和内存: 第15章:R与其他语言的接口: 第16章:R语言并行计算 ========================================================================= 性能提升:速度和内存 要使R代码运行速度更快,有以下建议: 通过向量化的方式优化.使用字节码编译等: 将代码中最消耗CPU的核心部分用编译型语言编写,如C或C++: 将代码用某种并行的方式编写. 消除显示循环: 采用向量化提升速度…

##################    Rancher v2.1.7  +    Kubernetes 1.13.4  ################ #######################    以下为声明  ##################### 此文档是在两台机上进行的实践,kubernetes处于不断开发阶段 不能保证每个步骤都能准确到同步开发进度,所以如果安装部署过程中有问题请尽量google 按照下面步骤能得到什么? 1.两台主机之一会作为Rancher的serve…

txt_filename = './files/python_baidu.txt' # 打开文件 file_obj = open(txt_filename, 'r', encoding='utf-8') # 读取整个文件内容 all_content = file_obj.read() # 关闭文件 file_obj.close() print(all_content) 结果: Python (英国发音:/ˈpaɪθən/ 美国发音:/ˈpaɪθɑːn/), 是一种面向对象的解释型计算机程序设计语…

{#portal.html#} {## ————————46PerfectCRM实现登陆后页面才能访问————————#} {#{% extends 'king_admin/table_index.html' %}#} {#{% block right-container-content %}#} {#<div class="container col-lg-offset-3">#} {# <h2><a class="form-signin-he…

R语言是单线程的,如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据,这样会获得运行速度倍数的提升.这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包:multicore. 我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理: 我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件,现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值(vcftools 可以很好的解决这个问题,但是假设我的vcf文件没有genotype, 或者我要实现一些个性化功能,那么可能要手动解决)…

一:R本身是单线程的,如何让其多线程跑起来,提高运算速度? 用Parallel和foreach包玩转并行计算 看完上面这篇文章就会了.说白了,要加载parallel包,再改写一下自己的代码就ok了. #-----用一个实力来演示 R 如何多线程计算func <- function(x) { n = 1 raw <- x while (x > 1) { x <- ifelse(x%%2==0,x/2,3*x+1) n = n + 1 } return(c(raw,n))} #----…

# 参考文献: https://cosx.org/2016/09/r-and-parallel-computinghttps://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/52719232 数据分析即服务(DAAS:Data Analyst as a Services)机器学习即服务(MLAS: machine learning as a services) #内存管理 memory.size(T) #查看系统分配R内存 memory.size(F…

0.前言 虽然很早就知道R被微软收购,也很早知道R在统计分析处理方面很强大,开始一直没有行动过...直到 直到12月初在微软技术大会,看到我软的工程师演示R的使用,我就震惊了,然后最近在网上到处了解和爬一些R的资料,看着看着就入迷了,这就是个大宝库了,以前怎么没发现,看来还是太狭隘了.直到前几天我看到这个Awesome R文档,我就静不下来了,对比了目前自己的工作和以后的方向,非常适合我.所以毫不犹豫的把这个文档汉化了,所以大家一起享受吧. 说明:本文已经提交到github,地址:https:/…

1.内存查看 memory.limit():查看内存大小 memory.limit(n):申请内存大小 memory.size(NA):查看内存大小 memory.size(T):查看已分配的内存 memory.size(F):查看已使用的内存 2.内存申请 在Windows开始菜单运行: Rgui -max-mem-size 8GB 与在R GUI中执行: memory.limit(8) 都能申请8GB使用内存 3.垃圾清除 rm(x):从workplace中删除变量/文件x gc():清除内…

(此文章同时发表在本人微信公众号"dotNET每日精华文章",欢迎右边二维码来关注.) 题记:微软在收购R语言的开发商后,也独立发行或在自己的产品中集成了R语言,这里就介绍下它们包括开发工具RTVS. R是世界上最强大的统计计算.机器学习和图形化语言/平台,同时伴有一个众多用户.开发者和贡献者的全球化社区.R在我之前从事的环境分析领域也被广泛使用,据朋友说一个从环境专业毕业的博士就因为R用得熟还成功进入Facebook成为数据科学家. 众所周知,微软去年初收购了R语言的开发商Revol…

[翻译]Awesome R资源大全中文版来了,全球最火的R工具包一网打尽,超过300+工具,还在等什么? 阅读目录 0.前言 1.集成开发环境 2.语法 3.数据操作 4.图形显示 5.HTML部件 6.复用组件研究 7.Web技术和服务 8.并行计算 9.高性能 10.语言API 11.数据库管理 12.机器学习 13.自然语言处理 14.贝叶斯 15.最优化 16.金融 17.生物信息学 18.网络分析 19.R 开发 20.日志 21.数据包 22.其他工具 23.其他编译器 24.R学习…

并行计算 沿用微软的写法,System.Threading.Tasks.Parallel类,提供对并行循环和区域的支持. 我们会用到的方法有For,ForEach,Invoke. Program.Data = new List<int>(); ; i < ; i++) { Data.Add(i); } 下面我们定义4个方法,分别为for,foreach,并行For,并行ForEach.并测试他们的运行时长. /// <summary> /// 是否显示执行过程 /// <…

现在对R感兴趣的人越来越多,很多人都想快速的掌握R语言,然而,由于目前大部分高校都没有开设R语言课程,这就导致很多人不知道如何着手学习R语言. 对于初学R语言的人,最常见的方式是:遇到不会的地方,就跑到论坛上吼一嗓子,然后欣然or悲伤的离去,一直到遇到下一个问题再回来.当然,这不是最好的学习方式,最好的方式是——看书.目前,市面上介绍R语言的书籍很多,中文英文都有.那么,众多书籍中,一个生手应该从哪一本着手呢?入门之后如何才能把自己练就成某个方面的高手呢?相信这是很多人心中的疑问.有这种疑问的人…

R 语言的优劣势是什么? 2015-05-27 程序员 大数据小分析   R,不仅仅是一种语言 本文原载于<程序员>杂志2010年第8期,因篇幅所限,有所删减,这里刊登的是全文. 工欲善其事,必先利其器,作为一个战斗在IT界第一线的工程师,C/C++.java.perl.python.ruby.php.javascript.erlang等等等等,你手中总有一把使用自如的刀,帮助你披荆斩棘. 应用场景决定知识的储备与工具的选择,反过来,无论你选择了什么样的工具,你一定会努力地把它改造成符合自己应…

本文在Creative Commons许可证下发布 对于数据挖掘专业网站 KDnuggets网站的Poll持保留态度,但它的结果毕竟代表了某一类人群的使用偏好,尤其是在语言角度. 我们看排名前5位的语言: R:世界范围内的标准统计语言,以快速更新的算法,灵活的编程,广泛的扩展,绚丽的图形著称,遵循GPL协议的开源软件 SQL:大部分企业使用的,数据仓库.集市的通用查询语言,在大型数据应用上有极大的优势,同时也是数据分析/挖掘的基础 Python:传说中的Google的三大开发语言,适用于粘合一些…

矩阵(matrix)是一种特殊的向量,包含两个附加的属性:行数和列数.所以矩阵也是和向量一样,有模式(数据类型)的概念.(但反过来,向量却不能看作是只有一列或一行的矩阵. 数组(array)是R里更一般的对象,矩阵是数组的一个特殊情形.数组可以是多维的.例如:一个三维数组可以包含行.列和层(layer),而一个矩阵只有行和列两个维度 1.创建矩阵 矩阵的行和列的下标都是从1开始,如:矩阵a左上角的元素记作a[1,1].矩阵在R中是按列存储的,也就是说先存储第一列,再存储第二列,以此类推. > y…

C# 4.0 并行计算部分   c#linq算法多线程list微软   目录(?)[-] C 40 并行计算部分 一简单使用 二 并行循环的中断和跳出 三并行循环中为数组集合添加项 四返回集合运算结果含有局部变量的并行循环 五PLinqLinq的并行计算   C# 4.0 并行计算部分  沿用微软的写法,System.Threading.Tasks.::.Parallel类,提供对并行循环和区域的支持. 我们会用到的方法有For,ForEach,Invoke. 一.简单使用 首先我们初始化一个L…

接着上一篇 一.减少内存使用的简单方法1.重用对象而不多占用内存 y <- x 是指新变量y指向包含X的那个内存块,只有当y被修改时才会复制到新的内存块,一般来说只要向量没有被其他对象引用,就可以正常修改,以避免复制向量带来的CPU和RAM开销.按照程序属于来说,R是按值传递,应该避免使用sort 类似的函数,会返回一个副本,资源开销至少和原对象一样大,甚至更大2.删除不在需要的中间数据注意 在调用rm()的时候,内存不会被立即释放并交还到操作系统,而是在必要的时候,或者当已删除对象的内存量超过…

一.使用并行计算加倍提升性能1.数据并行 VS 任务并行实现数据并行的算法scoket 并行性注意并行计算时间并不与执行任务的计算资源数目成正比(计算机核心),amdahl定律:并行代码的速度受限于串行执行的部分,包括并行性带来的开销在非windows系统中,parallel支持分叉集群(交叉法),新的work进程会从父R进程分叉出来,并拷贝数据.好处是不需要显示的创建和销毁集群实现任务并行的算法 2.计算机集群并行执行多个任务只有基于socket的集群可以做到这一点,因为进程不可能被分叉到另外…

要学的东西太多,无笔记不能学~~ 欢迎关注公众号,一起分享学习笔记,记录每一颗"贝壳"~ --------------------------- 接着之前写的并行算法parallel包,parallel相比foreach来说,相当于是foreach的进阶版,好多东西封装了.而foreach包更为基础,而且可自定义的内容很多,而且实用性比较强,可以简单的用,也可以用得很复杂.笔者将自己的学习笔记记录一下. R︱并行计算以及提高运算效率的方式(parallel包.clusterExport…

XGBoost不仅仅可以用来做分类还可以做时间序列方面的预测,而且已经有人做的很好,可以见最后的案例. 应用一:XGBoost用来做预测 -------------------------------------------------- 一.XGBoost来历 xgboost的全称是eXtreme Gradient Boosting.正如其名,它是Gradient Boosting Machine的一个c++实现,作者为正在华盛顿大学研究机器学习的大牛陈天奇.他在研究中深感自己受制于现有库的计…

在实操时出现以下的问题: Error: cannot allocate vector of size 2.9GB 大神指导(http://bbs.pinggu.org/thread-3682816-1-1.html) cannot allocate vector就是典型的数据太大读不了 方法有三 一.升级硬件 二.改进算法 三.修改操作系统分配给R的内存上限, memory.size(T)查看已分配内存 memory.size(F)查看已使用内存 memory.limit()查看内存上限 obj…

[怪毛匠子整理] 1.下载 wget http://mirror.bjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/R-3.0.1.tar.gz 2.解压: tar -zxvf R-3.0.1.tar.gz cd R-3.0.1 3.安装 yum install readline-devel yum install libXt-devel ./configure 如果使用rJava需要加上 --enable-R-shlib ./configure  --enable-R-shlib -…

故名思义,拆分fork+合并join.jdk1.7整合Fork/Join,性能上有大大提升. 思想:充分利用多核CPU把计算拆分成多个子任务,并行计算,提高CPU利用率大大减少运算时间.有点像,MapReduce思路感觉大致一样. jdk7中已经提供了最简洁的接口,让你不需要太多时间关心并行时线程的通信,死锁问题,线程同步,下面是它提供的接口:…

I. Scan应用--Compact 在介绍这节之前,首先给定一个情景方便理解,就是因为某种原因我们需要从扑克牌中选出方块的牌. 更formal一点的说法如下,输入是 \(s_0,s_1,...\), 我们提前预设条件来得到 Predicate,即每个元素都会根据条件输出True或False.然后我们根据Predicate(比如做与运算)就可以输出我们想要的值. 但是如下图示,我们的输出Output有两种表达形式: 第一种是 Sparse,即 \(s_0, - , s_2 , -, ...\);…