重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是…

Matplotlib基本图形之折线图折线图特点 折线图是用折线将各数据连起来组成的图形常用来观察数据随时间变化的趋势例如:股票价格,温度变化,等等 示例代码: import os import time import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import matplotlib.dates as mdates basedir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)) resultdir…

1.前期准备 详细可见VS2010 使用TeeChart画图控件 - 之中的一个 控件和类的导入 1. 1 加入TeeChart控件,给控件加入变量m_TeeChart 加入TeeChart控件,右击控件,选择加入变量,vs会自己主动给我们引入CTchart1这个类,可是仅仅有这个类,我们是远远不够的,须要加入teechart其它相关的类,加入方法在之前已经讲过,不再反复. 1.2. 引入必要的头文件 事实上之前的方法比較麻烦,更简单就是通过类向导,导入类型库的类 如图进入类向导,选择加入类bu…

R语言PCA 1.关键点 综述:主成分分析 因子分析 典型相关分析,三种方法的共同点主要是用来对数据降维处理的从数据中提取某些公共部分,然后对这些公共部分进行分析和处理. #主成分分析 是将多指标化为少数几个综合指标的一种统计分析方法 主成分分析是一种通过降维技术把多个变量化成少数几个主成分的方法,这些主成分能够反映原始变量的大部分信息,他们通常表示为原始变量的线性组合. 2.函数总结 #R中作为主成分分析最主要的函数是princomp()函数#princomp()主成分分析   可以从相关阵或…

要将按钮图形化,只需创建一个ImageIcon对象,将图形路径赋予ImageIcon对象,然后将该对象传递给按钮即可. 此处涉及eclipse中图形的路径设置,包括(项目路径下.非项目路径下.相对路径.绝对路径),相对路径前不加/,此处相对路径是相对于eclipse中项目文件夹而言的,绝对路径为图形所在未知的具体路径.以picture1.jpg(在H:/java/workspace/study/src/picture路径下)为例: 1.若将picture文件夹置于study/src路径(非项目路…

1.前期准备 具体可见VS2010 使用TeeChart绘图控件 - 之一 控件和类的导入 1. 1 添加TeeChart控件,给控件添加变量m_TeeChart 添加TeeChart控件,右击控件,选择添加变量,vs会自动给我们引入CTchart1这个类,但是只有这个类,我们是远远不够的,需要添加teechart其他相关的类,添加方法在之前已经讲过,不再重复. 1.2. 引入必要的头文件 其实之前的方法比较麻烦,更简单就是通过类向导,导入类型库的类 如图进入类向导,选择添加类按钮的下拉菜单,选…

打开eclipse 查看什么版本 ,我的是Oxygen help --> install newsoftware 打开地址 http://www.eclipse.org/windowbuilder/download.php 找到对应eclipse的版本 右键复制地址 下一步 accept 等待安装好,重启eclipse 新建项目…

本章将介绍一些基本但常用的图形:线型图,柱状图和饼形图. 以上三种图形对于的数据都是键值对数组,请参考第一个例子: @{ var data = new List<LineItem>(); var rd = new Random(); data.Add(new LineItem() { Name = "第一节车厢人数", Value = rd.Next(50) }); data.Add(new LineItem() { Name = "第二节车厢人数",…

持续更新~ 散点图 条形图 文氏图 饼图 盒型图 频率直方图 热图 PCA图 3D图 火山图 分面图 分面制作小多组图 地图 练习数据: year count china Ame jap '12 2.800000 1.500000 4.500000 2.500000 '13 2.941956 1.587559 5.342547 2.814862 '14 3.508838 1.648075 5.429438 2.701108 '15 4.011208 1.533966 5.419301 2.660…

本文首发于微信公众号“生信补给站”,https://mp.weixin.qq.com/s/A5nqo6qnlt_5kF3_GIrjIA 学习了ggplot2|详解八大基本绘图要素后,就可以根据自己的需要绘制图形.前面也给出了一些ggplot2绘制生信分析基本图形的例子 pheatmap|暴雨暂歇,“热图”来袭!!! ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来 ggplot2|扩展包从0开始绘制雷达图 ggplot2| 绘制KEGG气泡图 ggplot2|绘制GO富集柱形图 ggplot…