生物信息学原理作业第五弹:K-means聚类的实现. 转载请保留出处! K-means聚类的Python实现 原理参考:K-means聚类(上) 数据是老师给的,二维,2 * 3800的数据.plot一下可以看到有7类. 怎么确定分类个数我正在学习,这个脚本就直接给了初始分类了,等我学会了再发. 下面贴上Python代码,版本为Python3.6. # -*- coding: utf-8 -*- """ Created on Wed Dec 6 16:01:17 2017 @…

K-means聚类 的 Python 实现 K-means聚类是一个聚类算法用来将 n 个点分成 k 个集群. 算法有3步: 1.初始化– K 个初始质心会被随机生成 2.分配 – K 集群通过关联到最近的初始质心生成 3.更新 –重新计算k个集群对应的质心 分配和更新会一直重复执行直到质心不再发生变化. 最后的结果是点和质心之间的均方差达到最小. 以 k=3 为例演示这个过程: 初始化 分配: 更新: 重新分配: 可以看到一个红色的点,变成了绿色的:一个蓝色的点变成了红色的. 我们更加接近最终…

本文转自: http://python.jobbole.com/87343/ K-Means聚类的Python实践 2017/02/11 · 实践项目 · K-means, 机器学习 分享到:1 原文出处: 搜不狐    K-Means应该是最简单的聚类算法之一了吧,理论上很简单,就是随即初始化几个中心点,不断的把他们周围的对象聚集起来,然后根据这群对象的重置中心点,不断的迭代,最终找到最合适的几个中心点,就算完成了. 然后,真正实践的时候才会思考的更加深入一点,比如本文的实践内容就是一个失败的…

主要参考   K-means 聚类算法及 python 代码实现    还有  <机器学习实战> 这本书,当然前面那个链接的也是参考这本书,懂原理,会用就行了. 1.概述 K-means 算法是集简单和经典于一身的基于距离的聚类算法 采用距离作为相似性的评价指标,即认为两个对象的距离越近,其相似度就越大. 该算法认为类簇是由距离靠近的对象组成的,因此把得到紧凑且独立的簇作为最终目标. 说白了就是无监督的聚类,大家都是同一个标注,或者没有标注,然后这一堆数据是一类,那一堆又是一类,你人为的设置好…

K-means聚类算法 算法优缺点: 优点:容易实现缺点:可能收敛到局部最小值,在大规模数据集上收敛较慢使用数据类型:数值型数据 算法思想 k-means算法实际上就是通过计算不同样本间的距离来判断他们的相近关系的,相近的就会放到同一个类别中去. 1.首先我们需要选择一个k值,也就是我们希望把数据分成多少类,这里k值的选择对结果的影响很大,Ng的课说的选择方法有两种一种是elbow method,简单的说就是根据聚类的结果和k的函数关系判断k为多少的时候效果最好.另一种则是根据具体的需求确定,比…

""" Name: study_kmeans.py Author: KX-Lau Time: 2020/11/6 16:59 Desc: 实现kmeans聚类 """ import math import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from sklearn.cluster import KMeans # -----------不…

K-means聚类算法(事先数据并没有类别之分!所有的数据都是一样的) 1.概述 K-means算法是集简单和经典于一身的基于距离的聚类算法 采用距离作为相似性的评价指标,即认为两个对象的距离越近,其相似度就越大. 该算法认为类簇是由距离靠近的对象组成的,因此把得到紧凑且独立的簇作为最终目标. 2.核心思想 通过迭代寻找k个类簇的一种划分方案,使得用这k个类簇的均值来代表相应各类样本时所得的总体误差最小. k个聚类具有以下特点:各聚类本身尽可能的紧凑,而各聚类之间尽可能的分开. k-means算…

kmeans法(K均值法)是麦奎因提出的,这种算法的基本思想是将每一个样本分配给最靠近中心(均值)的类中,具体的算法至少包括以下三个步骤: 1.将所有的样品分成k个初始类: 2.通过欧氏距离将某个样品划入离中心最近的类中,并对获得样品与失去样品的类重新计算中心坐标: 3.重复步骤2,直到所有的样品都不能在分类为止 kmeans法与系统聚类法一样,都是以距离的远近亲疏为标准进行聚类的.但是两者的不同之处也很明显:系统聚类对不同的类数产生一系列的聚类结果,而K均值法只能产生指定类数的聚类结果.具体类…

1. 聚类分析 聚类分析(cluster analysis)是一组将研究对象分为相对同质的群组(clusters)的统计分析技术 ---->> 将观测对象的群体按照相似性和相异性进行不同群组的划分,划分后每个群组内部各对象相似度很高,而不同群组之间的对象彼此相异度很高. *** 回归.分类.聚类的区别 : 有监督学习 --->> 回归,分类    /   无监督学习  --->>聚类 回归 -->>产生连续结果,可用于预测 分类 -->>产生连续…

来源:, init='k-means++', n_init=10, max_iter=300, tol=0.0001, precompute_distances='auto', verbose=0, random_state=None, copy_x=True, n_jobs=1, algorithm='auto' ) 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 参数的意义: n_clusters:簇的个数,即你想聚成几类 init: 初始簇中心的获取方法 n_init: 获取初始簇中…